В это время над Европой нависла новая угроза – армии Наполеона. Недавние противники Россия и Турция объединились против революционной Франции, составив коалицию с Англией и Неаполитанским королевством.
По просьбе союзников адмирал Ушаков возглавил совместную русско-турецкую эскадру. В своём приказе император Павел I повелел: «Действовать вместе с турками и англичанами против французов, яко буйного народа, истребляющего в пределах своих Веру и Богом установленные законы».
Второго августа 1798 года эскадра под командованием Ушакова взяла курс на Стамбул. Здесь под его начало была передана турецкая эскадра, после чего объединённый флот выступил в поход.
За шесть недель русский морской десант освободил Ионические острова: Китиру, Законф, Кефалонию и Лефкас. Ушаков поступил мудро. Он обратился с письменным воззванием к жителям островов, призывая их содействовать в «низвержении несносного ига» безбожников-французов. Ответом была повсеместная вооружённая помощь населения, воодушевлённого прибытием русской эскадры.
Началась подготовка к штурму неприступного острова-крепости Корфу. После усиленной тренировки десантников Ушаков блокировал Корфу с моря и суши. Сначала был захвачен остров Видо, прикрывавший основную крепость с моря. Восемнадцатого февраля 1799 года после мощной бомбардировки был высажен десант. Через два дня крепость капитулировала. В плен сдались три тысячи человек, захвачены шестнадцать кораблей и шестьсот тридцать орудий. При этом русские воины спасли от разъярённых турок многих пленников. За эту победу Ф. Ф. Ушаков был произведён в адмиралы.
Фельдмаршал Суворов писал Ушакову: «Ура! Русскому флоту! Я теперь говорю сам себе: зачем не был я при Корфу хотя мичманом?»
На другой день после сдачи крепости, когда главнокомандующему привезены были на корабль «Святой Павел» французские флаги, ключи и знамя гарнизона, он сошёл на берег, «торжественно встреченный народом, не знавшим границ своей радости и восторга, и отправился в церковь для принесения Господу Богу благодарственного молебствия. Радость греков была неописуема и непритворна. Русские зашли как будто на свою родину. Все казались братьями, многие дети, влекомые матерями на встречу войск наших, целовали руки наших солдат, как бы отцовские», – писал свидетель тех знаменательных дней. Был отслужен благодарственный молебен с выносом мощей особо почитаемого в России святителя Спиридона Тримифунтского.
Фёдор Фёдорович Ушаков составил конституцию республики Семи островов, освобождённых русскими войсками. Так образовалось первое греческое национальное государство Нового времени. Ушаков говорил впоследствии, что «имел счастие освобождать оные острова от неприятелей, установлять правительства и содержать в них мир, согласие и спокойствие…». Русское влияние распространилось на Адриатику и Средиземное море.
Не менее восторженно позже встречали русских воинов-освободителей в Италии. Ушаковский десант освободил Бари, где также был отслужен молебен у мощей покровителя мореходов святителя Николая. Следом была освобождена столица Южной Италии Неаполь. Тридцатого сентября 1799 года русские вступили в Рим! Вот что писал адмиралу Ушакову командир русского отряда, освободившего Вечный город от французов, лейтенант Балабин: «Вчерашнего числа с малым нашим корпусом вошли мы в город Рим. Восторг, с каким нас встретили жители, делает величайшую честь и славу россиянам. От самых ворот св. Иоанна до солдатских квартир обе стороны улиц были усеяны обывателями обоего пола. “Виват Павло примо! Виват московито!” – было провозглашаемо повсюду с рукоплесканиями. “Вот те, кои бьют французов и коих они боятся! Вот наши избавители!” Вообразите себе, Ваше Высокопревосходительство, какое мнение имеет о нас большая и самая важная часть римлян и сколь много радости произвела в них столь малая наша команда!»
Неаполитанский министр Мишуру, находившийся при нашем отряде, с изумлением писал адмиралу Ушакову: «В 20 дней небольшой русский отряд возвратил моему государству две трети королевства. Войска заставили население обожать их… называли их своими благодетелями и братьями… Конечно, не было другого примера подобного события: одни лишь русские войска могли совершить такое чудо. Какая храбрость! Какая дисциплина! Какие кроткие, любезные нравы! Здесь боготворят их, и память о русских останется в нашем отечестве на вечные времена».