Александра вновь сделала неверное заключение и еще более изолировалась от общественной жизни. В начале XX века она, кроме того, вместе со своей подругой Анной Вырубовой усиленно занималась мистикой и спиритизмом. Эта все усиливающаяся тенденция имела особую почву: императрица произвела на свет четырех дочерей, наследника престола все еще не было. Чем дальше шло время, а сын не появлялся, тем неспокойнее становилась она. В то время как в Царском Селе обе дамы музицировали, молились или растворялись в маленьком счастье детей, император должен был решать большие и серьезные проблемы.
Он продолжил консервативную линию отца. Константин Победоносцев на несколько лет оставался важнейшим советником. Император осознавал, что Россия должна обновляться. Его отец назначил одаренного, неудобного и убежденного Сергея Витте министром финансов, и этот факт был для Николая гарантией того, что Витте не коснется принципа самодержавия. В остальном финансовая политика Витте за счет строительства железных дорог, индустриализации, монополии на торговлю водкой, валюты, имеющей золотое обеспечение, и заграничных кредитов приносила выгоды государству. Несмотря на экономический подъем и первые законы по облегчению социального положения рабочих, угнетение крестьян усиливалось, и их недовольство находило выражение в бунтах. Студенты протестовали против урезания академических свобод, и рабочие осознали свою силу. Забастовки и демонстрации с середины 90-х годов усиливающимися волнами приводили страну в движение. Николай не понимал, почему народ возмущается. Он последовал совету Победоносцева и предпринял жесткие репрессивные меры. Боголепов в качестве нового министра образования душил полицейским террором студенческие волнения. Боголепов был убит студентом. Ничего не получилось и у назначенного для наведения порядка в стране министра внутренних дел Сипягина.
В то время как царские чиновники вели борьбу с внутренними мятежами, Николай сохранял сдержанность. Насколько отзывчивым он был в тесном семейном кругу, настолько же строго он соблюдал дистанцию по отношению к другим людям. Близкие к нему современники, такие как германский посол барон фон Шён, знали, что Николай живо интересуется политическими проблемами, хорошо о них информирован и обладает пониманием. Это редко выражалось в силу его природной застенчивости. Главная же проблема императора заключалась в том, что он хотел равно самодержавно править и быть любимым подданными. Это неразрешимое противоречие Сергей Витте облек в формулировку: «Характер его величества — корень всех несчастий. Государь, которому нельзя довериться, который сегодня что-то одобряет, а завтра отвергает, неспособен надежно править государственным кораблем. Его основная ошибка — прискорбный недостаток силы воли. Хотя он хороший человек и не глуп, но этот недостаток его полностью дисквалифицирует, в конце концов он — единоличный правитель, абсолютный монарх русского народа… Он не был рожден для значительной исторической роли, которую возложила на него судьба».
Николай избегал любого спора, никому не мог прямо высказать свое мнение, однако настойчиво претворял свою волю. В этом отношении Николай и Александра были полностью похожи. Поэтому Аликс вмешивалась в личные решения царя. Когда в 1900 году Николай заболел, царица приняла министров для доклада и отобрала информацию, которую следует представить царю. Николай не воспринял эту активность как неуместную. Он знал, что Аликс так же любит его, как и он ее. Он был терпим даже в отношении ее религиозных эскапад. Переход в православную религию дался ей тяжело. Она не понимала ни России, ни внутренней сущности православия. Но она любила обрядность. Русский фольклор с балалайкой и тройкой и сверкающий золотом иконостас в наполненных дымом церквах — это для нее была Россия. Бродячие паломники, подозрительные просящие подаяния монахи и ложные пророки встречали благосклонное отношение с ее стороны. Позднее Витте саркастически писал: «…легко понять, как вера подобной женщины, живущей в больной атмосфере восточной роскоши и окруженной легионом льстецов, которые постоянно перед ней преклоняются, фатальным образом приближается к гнилому мистицизму и фанатизму, который не смягчается ни малейшей дружеской мягкостью». Он не считал бы все это особой проблемой, если бы у Николая не было недостатка силы воли: «Едва ли можно представить себе, как велико было влияние, которое Александра оказывала на своего мужа».
Витте впал в немилость. Его суждение «Судьба миллионов людей находится сегодня в руках этой женщины» было, разумеется, преувеличенным. Ее пуританский дух, негативно направленный в отношении «безбожных» членов семьи Романовых, находил полное понимание императора. Николай опасался многих дядьев и великих князей, которые находились на его обеспечении, которые порочили фамильную честь и постоянно указывали императору, что он должен делать и что он может допустить.