Царь находился сначала в Могилеве, а затем непосредственно с семьей — под домашним арестом в Царском Селе. Николай и Александра надеялись, что им разрешат уехать в Ливадию. Министр юстиции Керенский не разрешил этой поездки. Тогда они уцепились за иллюзию эмиграции в Англию — к кузену — королю Георгу. Британское правительство дало положительный ответ на соответствующий запрос из Петрограда. С уходящим военным счастьем России исчезла и английская готовность забрать из России находящихся под стражей родственников. Король Георг «сожалел». И в других западных странах императорская семья была нежелательной. В качестве обоснования постоянно находился аргумент, что благоволящая к немцам Александра в значительной мере виновна в волнениях в России. Николаю, Александре и детям оставалось лишь с внутренним достоинством и природной гордостью переносить свое заточение и предаваться смутной надежде, что по меньшей мере жизнь могла бы быть спасена. Только однажды Александра утратила самообладание, когда молодые солдаты в парке Царского Села на ее глазах выкопали, вывезли и позднее сожгли гроб Распутина. Следствием были дикие кошмарные сны. В ходе расследований и допросов, продолжавшихся недели, правительство пыталось составить против Александры и Николая обвинение в измене родине. Хотя были вскрыты темные махинации Распутина, улик персональной вины Александры не было.
1 августа 1917 года семью доставили в Тобольск, в Сибири. К этому моменту Временное правительство правило уже без Советов. Прошли месяцы, не внеся в издевательское обращение с царской семьей никаких перемен. В уединенности Александра с большим тщанием посвятила себя семье и вере. Октябрьское восстание 1917 года, которое привело к власти большевиков, сначала не обнаружило ощутимых перемен в Тобольске. Александра воспользовалась временным покоем и начала вести дневник. Начав с 1 января 1918 года и закончив почти в час смерти, она рисовала объективную картину повседневности в стесняющем и тяготящем ее мире: «…Встала около половины восьмого. Около 8-ми в церковь. Ольга в постели, 37,73 градуса. Татьяна так же, 38. Корь. У Татьяны повсюду сильная сыпь, головная боль и кровоизлияния в глазах. У Алексея вновь все хорошо. Сидел с девочками и шил…» Она никогда не жаловалась, а с внутренним достоинством покорялась судьбе. Лишь очень редко она вставляла безобидные политически символичные замечания, так, 2 марта 1918 года: «Год с отречения H.Ü!» Напротив, краткие сообщения о только что прочитанных местах в Библии были полны намеков на реальную ситуацию: «…Смерть Соломона после 40-летнего правления. Его сын Рехавам (Ровоам) восходит на трон». Таким образом, Александра все еще надеялась на трон для своего сына Алексея.
В марте 1918 года в Тобольске объявился уполномоченный руководимого Лениным правительства, якобы чтобы доставить царя в Москву. Кайзер Германии Вильгельм II хотел видеть подпись Николая под Брест-Литовским германо-русским договором о мире. Николай Романов категорически отверг это: «Если акция имеет отношение к мирному договору, то я скорее дам отрубить себе руку, чем подпишу такую бесстыдную бумагу». Его семья питала иные опасения: царь будет изолирован и тайно убит. В отчаянии решились на разлуку; Александра, дочь Мария и врач Боткин сопровождали царя — другие, также и больной Алексей, оставались в Тобольске. Александра отмечала 12 апреля: «…Я должна была решить, оставаться с больным Baby или сопровождать Н. Решилась сопровождать его, поскольку это может быть более необходимым, и он в опасности, так как мы не знаем, куда и зачем (мы подозреваем, в Москву). Страдаю ужасно…»
Николай и Александра никогда не достигли Москвы. Поезд ехал в Екатеринбург, в «дом особого назначения», который был реквизирован местным Советом у купца Н. Н. Ипатьева. Во время боев Гражданской войны в Москве царило единодушие в том, что царь не может попасть ни в руки немцев, ни в руки других сил. Уже в апреле его смерть была делом решенным. Чем ближе белые войска продвигались к Екатеринбургу, тем интенсивнее становилась подготовка исполнения приговора. Царская семья не знала, какая судьба ее ожидает.