В том же году русские полки из Белгородского «разряда» ходили походом на Кызы-Кермен и Таван, в низовья Днепра. Оба городка были взяты, в них оставлены русские гарнизоны.
Петр I сразу понял все значение Тавана, занятого русским гарнизоном: взятие Азова отняло у султана Дон, утверждение в Таване позволило бы держать под контролем устье Днепра.
Другая забота Петра – новые гавани на Азовском море. Дело это было поручено боярину А.С. Шеину, которому посланы специальные «статьи», одобрявшие выбор для гавани устье реки Миус.
Но планам создания гавани на Азовском море тогда не суждено было сбыться. Весной 1698 г. начались волнения стрельцов, и боярин А.С. Шеин как фактический глава военного ведомства задержался в Москве.
…11 июня 1698 г. в Разрядный приказ явились 4 капитана из 4 стрелецких полков, которые были переведены из Азова на литовскую границу. Они сообщили, что 6 июня, дойдя походом до реки Двицы в Торопецком уезде, стрельцы взбунтовались.
Со знаменами и пушками взбунтовавшиеся полки двинулись по Московской дороге; тех стрельцов, которые не хотели нарушать приказ, повели с собой насильно, под караулом.
Бояре приговорили: против мятежников идти из Москвы с войском Алексею Семеновичу Шеину.
Между тем 17 июня стало известно, что стрелецкие полки с «нарядом» уже подошли к Волоку Дамскому, что в 90 верстах от столицы, и было их более 2 тыс.
Быстрыми маршами воевода повел свое войско по Волоколамской дороге. Встреча произошла 18 июня в 46 верстах от Москвы, около Воскресенского монастыря (Новый Иерусалим). На одном берегу реки Истры раскинулся стрелецкий лагерь, окруженный телегами, к другому берегу подступили солдатские полки, выкатили вперед 25 пушек. В исходе сражения воевода не сомневался. В его распоряжении были отборные, закаленные в сражениях полки, полное превосходство в артиллерии. Но все-таки Шеин попробовал уладить дело миром. К стрельцам для переговоров выезжали генерал Гордон, князь Кольцов-Масальский…
Тщетно!
Стрельцы уже строились в боевые порядки, выкатывали вперед пушки, явно готовясь к сражению…
Тогда Алексей Семенович Шеин приказал канонирам открыть огонь…
Потребовалось всего четыре пушечных залпа, чтобы стрельцы в беспорядке побежали. Следом пустилась дворянская конница. Беглецов ловили и сгоняли в лагерь.
Боярин Шеин сам проводил розыск зачинщиков. По словам современника, он «разбирал и смотрел у них, кто воры, и кто добрые люди и которые в Москве бунт заводили; и после того были розыски великие и пытки им, стрельцам, жестокие и по тем розыскам многие казнены и повешены по дороге; остальных разослали в тюрьмы и монастыри под стражу».
Казалось, боярин сделал все возможное: разгромил мятежников и наказал зачинщиков, недаром уцелевшие стрельцы шептались «по шинкам», что боярина Шеина надо поднять «на копья»…
Но срочно возвратившийся из-за границы царь проявил недовольство. Современник писал, что Шеин «находится в величайшем страхе, так как состоит у его царского величества в подозрении, потому что он слишком быстро подверг смертной казни мятежных стрельцов и тем устранил возможность дальнейшего допроса».
Карьера боярина Шеина была подорвана, хотя формально он и оставался главой Разрядного, Пушкарского, Иноземного и Рейтарского приказов. В «боярском списке» его фамилия числилась среди бояр, которым «велено жить в деревне до указу». В марте 1699 г. он, правда, был вызван для похода в Воронеж. Однако, когда в Турцию отправился посол думный дьяк Е.И. Украинцев, воевода оказался не у дел. Командовал экспедицией генерал-адмирал Головин, его заместителем стал адмирал Крюйс, нанятый в Голландии. Шеин просто сопровождал царя в свите других знатных бояр. Положение для известного полководца унизительное…
Миссия Е.И. Украинцева, отправившегося в Константинополь на 46-пушечном корабле «Крепость», как известно, окончилась успешно. 3 июля 1700 г. был заключен мирный договор с Турцией, закрепивший Азов за Россией. Создались внешнеполитические условия для войны со Швецией за выход к Балтийскому морю.
Но Алексей Семенович Шеин до Северной войны не дожил. 12 февраля 1700 г. он неожиданно умер и был похоронен в Троице-Сергиевой лавре. На надгробии полководца не нашлось места для записи его последнего, высшего воинского звания – генералиссимуса…