Но Промысел Божий по отношению к нему был иной. Через год проживания на келлии его вызвал отец Иероним и сказал: «Гряди, чадо Божье, в Россию и обращай там раскольников. Здесь таких, как ты, много, а там нет! Место, где ты остановишься, там будет тебе и многим во спасение. Там ты построишь новую иноческую обитель и в ней окончишь дни свои».
Глубоко озадаченный, отец Пантелеимон повиновался благословению своего любимого старца и в 1849 году вернулся в Россию. Здесь, у окраины своего родного села Старые Костычи, сам построил себе келью-землянку и затворился там. Он никого не принимал и никому не отвечал, исключение делал только для своего духовника, который приходил к нему, чтобы исповедовать и причастить его Святых Таин. В келлию ему приносили пресный хлеб и кувшин воды.
В первое время еду ему приносила священническая жена, а потом по ее примеру стали приносить и другие – тайно клали через маленькое окошко в сени. Двадцать лет безвыходно подвизался отец Пантелеимон в своей убогой келлии. Выходил он из нее только перед праздником Благовещения для того, чтобы исповедаться и причаститься в приходском храме Святых Таин. В келлии имел большой плоский гранитный камень, на который становился на молитву и который от продолжительного стояния и частых коленопреклонений сделался черным и как бы отполированным.
На этом камне всю ночь до самого утра, не засыпая, стоял он на молитве и клал земные поклоны. Во все время своих дивных подвигов, с 1840-х по 1880-е годы, постели он не имел. Никто не видел, чтобы он когда-нибудь ложился спать. Но часто находили его около полуночи дремлющим стоя. Делал он это прислонившись спиной к печке и опершись на костыль. Поэтому многие думали и утверждали даже, будто он никогда не ложился спать. Только когда он достиг глубокой старости, телесные немощи заставили его ложиться на кровать, состоявшую из голых досок. В головах вместо подушки лежал камень, покрытый кожаным ранцем. Пищу он вкушал не каждый день. Среду и пятницу проводил вообще без пищи, а в остальные дни ел пресный хлеб. Воду пил из колодца.
Слава о подвигах старца Пантелеимона распространялась по всей округе, и люди стали со всех сторон приходить к нему, ища утешения и духовной поддержки. Тогда подвижник после двадцатилетнего уединения и подвигов, в 1869 году, открыл двери своей келлии и с удивительным детским незлобием, простотой и кротостью принимал всех, кто нуждался в его помощи. Многие священники, а также образованные люди, видевшие его и разговаривавшие с ним, говорили: «В нем воистину обитает благодать Божия». Множество болящих, одержимых, бесноватых получили от него исцеление.
Особенной заботой старца стала борьба против раскольничества. А борьба эта выражалась не в силе проповеди, а в очевидности его высокой христианской жизни. Видя его добрую жизнь, безграничную любовь к людям и чудесные исцеления страждущих, раскольники немедленно обращались и оставляли свои заблуждения. По возвращении домой они распространяли о затворнике добрую славу, и по примеру их все новые и новые люди приходили к отцу Пантелеимону и обращались в Православную веру.
Благодарный народ начал щедро жертвовать отцу Пантелеимону, и он решил создать на месте своего подвига обитель, но перед реализацией задуманного отправился в Иерусалим, чтобы там укрепиться в своем решении. «Девять месяцев, – рассказывал он впоследствии, – и днем и ночью я молился у Гроба Господня. В последнюю ночь, утром, я как-то задремал и вижу во сне, будто Ангел Господень спустился ко мне и дал мне ветку винограда. На ней три ягоды, крупные, продолговатые. Я одну съел сам, а две отдал митрополиту. В этот день меня постригли в схиму и нарекли Пантелеимоном».
После возвращения из Иерусалима отец Пантелеимон энергично приступил к строительству обители. Ничто не могло остановить его: ни препятствия, ни обиды, ни обманы. Он твердо шел к своей намеченной цели. Многие удивлялись, как этот неграмотный крестьянин без всяких средств мог осуществить такое трудное предприятие. Но благодать Божия творит чудеса, она преобразовывает человека полностью.
Отец Пантелеимон семь раз ездил в Петербург по делам обители и был представлен Государю Императору. Он посетил также Дивеевский женский монастырь, по образу которого и намеревался создать свою новую обитель. Одной из причин его намерения создания женской общины считали его стремление поместить туда свою бывшую жену и дочерей, что впоследствии было осуществлено.
Вначале он построил деревянную церковь в честь Смоленской Иконы Божией Матери, которая была освящена в 1869 году. После этого обитель, несмотря на многочисленные препятствия, стала быстро разрастаться. Многие девицы и вдовы пожелали поступить в новую обитель и поселились в построенных помещениях около храма. Старец дал им устав, и община зажила обычной монашеской жизнью.