Нижне-Днепровская флотилия (именовалась также Отрядом судов особого назначения) — дивизион речных канонерских лодок (6 единиц), 3 буксира, 2 катера — в октябре — ноябре 1919 г. вела боевые действия против повстанческих формирований (в частности, руководимых Н.И. Махно) в районах Каховки, Берислава, Никополя и Херсона. Периодически усиливалась легкими кораблями Черноморского флота. С выходом войск Красной армии к устью Днепра зимой 1920 г. корабли флотилии перебазировались в порты Крымского полуострова.
В литературе также встречается упоминание о Верхне-Днепровской флотилии, но архивные документы не подтверждают ее существования.
С созданием ВСЮР была учреждена должность начальника морских и речных сил Дона (контр-адмирал С.С. Фабрицкий). Донская флотилия, сформированная в 1918 г., летом 1919 г. состояла из Речного отряда Сил Дона, Морского отряда Сил Дона и Транспортной флотилии. Основной задачей речного отряда стала поддержка действий сухопутных частей артиллерийским огнем и высадка десантов. К концу июня 1919 г. корабли отряда вышли в верховья Дона. Донская флотилия (ее речная часть) взаимодействовала с отрядом обороны Азовского моря. Боевых столкновений с красной Донской военной флотилией белые моряки не имели. В августе 1919 г. расформированный 1-й дивизион кораблей перешел на Днепр, личный состав и вооружение двух других дивизионов были направлены на формирование Волжского отряда под Царицын (совр. Волгоград). Окончательно Донскую флотилию расформировали 29 декабря 1919 г.
На Нижней Волге в июне 1919 г. был сформирован Волжский отряд судов, впоследствии называвшийся Волжской военной флотилией. Флотилия формировалась в освобожденном от красных Царицыне. На Волгу из Ростова по железной дороге прибыли сторожевые катера из состава Черноморского флота, моторные катера Донских флотилий и четыре броневых катера флотилии Кубанского казачьего войска. Был также сформирован ряд береговых частей. Части флотилии действовали до конца 1919 г. в прибрежной полосе у Царицына, Черного Яра и Солодников, занимались минными постановками и провели ряд артиллерийских боев. В конце 1919 г. при отступлении белых эвакуировать в Керчь удалось только шесть катеров (в том числе все четыре броневых) 7-го дивизиона, а артиллерию и остальные 28 катеров пришлось оставить в Сарепте, Царицине, Мариуполе и в эшелонах на станции Караванная. Во время отступления отстала и пропала без вести бóльшая часть личного состава флотилии. В начале 1920 г. остатки личного состава флотилии собрались в Симферополе.
В связи с активным наступлением войск Красной армии на Южном и Юго-Восточном фронтах, начавшимся 11 октября 1919 г., и занятием красными районов, в которых действовали флотилии, с осени 1919 г. началось свертывание их деятельности и эвакуация кораблей и личного состава в Крым 12 февраля 1920 г. из остатков Волжской флотилии сформировали 1-й отряд судов Речных сил Юга России, а корабли Верхне- и Средне-Днепровских флотилий вошли во 2-й и 3-й отряды. Штаб Речных сил Юга России существовал, скорее всего, до середины апреля 1920 г. Затем, в период, когда основные боевые действия развернулись в Крыму, необходимость в существовании его отпала, и штаб расформировали (комиссия по его ликвидации работала до середины июля). Моряки флотилий, оказавшиеся в Крыму, продолжили службу в составе Черноморского флота.
Действовали на Юге и морские бронепоезда. В боях с противником отличился бронепоезд «Дмитрий Донской», созданный в августе 1918 г. и ставший одним из первых бронепоездов Добровольческой армии. Неофициально бронепоезд носил имя трагически погибшего адмирала Великой войны — «Адмирал Непенин», поскольку основу его команды составляли офицеры флота. Уже в начале службы, под командой капитана 2-го ранга В.Н. Маркова, бывшего артиллерийского офицера линейного корабля «Слава», бронепоезд помог двум тысячам дроздовцев отбиться у Армавира от 30-тысячной армии «красного казака» И.А. Сорокина. 15 ноября «Адмирал Непенин» под командой артиллерийского офицера с линейного корабля «Иоанн Златоуст» старшего лейтенанта А.Д Макарова попал в западню и погиб у разъезда Базовая. Смертью храбрых пали старший лейтенант Макаров, лейтенант А. Варгасов, мичманы Н. Турцевич, А.Н. Хрущев и гардемарин Иван Завадовский. Остальным морякам с замками от орудий удалось после тяжелого боя пробраться к белым частям. Находившемуся на соседнем участке бронепоезду «Единая Россия», на котором служили также морские офицеры и гардемарины, после ожесточенного боя удалось пробиться к своим Впоследствии «морской бронепоезд» восстановили, и он провоевал до 2 ноября 1920 г. До середины августа 1919 г. им вновь командовал морской офицер — старший лейтенант (с 27 марта 1919 г. — капитан 2-го ранга) Б.Н. Бушен.
При взятии Харькова в 1919 г. особенно отличился бронепоезд «Князь Пожарский», которым командовал капитан 1-го ранга Потемкин, бывший командир Морской роты, потерявший глаз в февральских боях 1918 г. Моряки также входили в состав еще ряда бронепоездов, действовавших на Юге России.