В Новороссийск корабли пришли 1–2 мая, а уже через десять дней командующий германскими войсками ультимативно потребовал вернуть их в Севастополь. Формально советское правительство согласилось на эти требования, однако рядом личных распоряжений В.И. Ульянова (Ленина) было решено корабли затопить. Для проведения этого решения в жизнь в Новороссийск командировали члена Коллегии Наркомата по морским делам И.И. Вахрамеева. На делегатских собраниях и митингах развернулась ожесточенная борьба между коммунистами, оставшимися верными своему долгу офицерами, эсерами и украинскими националистами по вопросу о потоплении флота. 16 июня на референдуме четверть моряков высказалась за потопление, большинство воздержалось.
Активными сторонниками потопления флота были командир эсминца «Керчь» бывший старший лейтенант В.А. Кукель и заместитель наркома по морским делам бывший мичман Раскольников. Одним из главных противников уничтожения флота стал временно исполняющий должность командующего капитан 1-го ранга А.И. Тихменев. Историк Белого флота инженер-механик лейтенант Кадесников об этой трагической странице истории Черноморского флота написал: «
В ноябре 1918 г. германское командование передало часть кораблей, находившихся в занятых немецкими войсками портах, представителям Белой армии и Украины.
В ноябре — декабре 1918 г. в Черное море вошли крупные военно-морские силы Антанты — Великобритании, Франции, Италии и Греции (10 линкоров, 13 крейсеров, 13 эсминцев и другие корабли). Союзники заняли Одессу, Севастополь, Николаев, Херсон, Новороссийск и захватили находившиеся там корабли. Иностранцы чувствовали себя хозяевами в стране, охваченной войной, и вели себя соответственно. Как писал уже цитировавшийся нами Монастырев, «
Ранее, в конце августа 1918 г., части Добровольческой армии заняли Новороссийск. Командиром этого порта стал уже неоднократно упоминавшийся капитан 2-го ранга В.Н. Потемкин, участвовавший в боях на стороне белых еще в конце 1917 г. При Управлении генерал-квартирмейстера штаба Добровольческой армии было образовано Морское отделение — первый орган управления флотом на Юге России. Новороссийск стал тем центром, куда стали стекаться офицеры, желавшие продолжить участие в Белой борьбе.
В декабре 1918 г. группа морских офицеров во главе со старшим лейтенантом А.П. Ваксмутом отправилась из Новороссийска в Севастополь с целью получить в распоряжение Добровольческой армии хотя бы один корабль из числа тех, что достались Украине. Миссия закончилась провалом, т. к. не получила поддержки ни в штабе украинского флота, ни у командующего русским Черноморским флотом адмирала В.А. Канина (впрочем, последний занимал свою высокую должность скорее номинально).