Тяжелое положение усугублялось частыми случаями нарушения дисциплины, выражавшимися в пьянстве, неповиновении и продаже оружия с кораблей. Кроме того, экипаж посыльного судна «Адмирал Завойко» (которое в 1921 г., будучи в составе флота Дальневосточной республики, ушло в Шанхай и находилось там до 1923 г.) активно занимался большевистской пропагандой, которая в нелегких условиях пребывания в Шанхае давала свои плоды. Так, полностью ушла на берег команда канонерской лодки «Магнит» во главе с лейтенантом ДА. фон Дрейером, сменилась команда на канонерской лодке «Диомид», уходили люди и с других кораблей.
Между тем в кассе флотилии оставалось лишь 15 долларов, угля практически не было, провизию приходилось брать в долг, а воду — прямо из реки. Чтобы как-то выйти из почти гибельного положения, адмирал Старк был вынужден продать часть вооружения и боезапаса кораблей китайскому флоту. Формально Старк действовал вопреки законам, но китайцы не упустили шанса дешево приобрести необходимые им предметы. За проданное оружие китайские власти первоначально заплатили 10 тысяч мексиканских долларов. Когда командование флотилии потребовало выплаты всей суммы и отказалось от дальнейшей погрузки оружия — китайцы стали угрожать вовсе отрезать флотилию от снабжения. В итоге конфликт удалось ликвидировать. Представители китайского флота согласились на дальнейшую оплату и на замену поставленного ранее угля углем лучшего качества. После продажи на кораблях осталось восемь 75-мм орудий, 800 снарядов и по десять винтовок с патронами на корабль. За время стоянки к эскадре присоединился ледокол «Илья Муромец», ранее оставленный в Гензане. За день до выхода из Шанхая, 10 января 1923 г., катера «Стрелок», «Страж» и «Резвый» были переданы на хранение китайскому флоту. В дальнейшем они длительное время находились в Нанкине и китайцами не использовались. Также перед выходом в море был расформирован 4-й дивизион флотилии.
11 января 1923 г. корабли Сибирской флотилии покинули Шанхай. Перед этим адмирал Старк списал с кораблей кадетские корпуса и часть команды (всего около 800 человек), что очень облегчило флотилию. Вскоре после выхода в море Старку пришлось перенести свой флаг на канонерскую лодку «Диомид», поскольку «Диомид» не мог идти своим ходом — его предыдущая команда, покинувшая корабль в Шанхае, вывела из строя двигатель, засыпав цементом масляные трубы, ведущие к коленчатому валу. Для поднятия боевого духа у команды на «Диомид» вместе со Старком перешли начальник штаба флотилии капитан 1-го ранга Н.Ю. Фомин и флагманский штурман лейтенант И.В. Тихомиров. 6 (19) — 7 (20) января 1923 г. в районе Пескадорских островов «Диомид», шедший на буксире парохода «Свирь», попал в шторм, буксир оторвался и канонерская лодка осталась одна в бушующем море (соединиться со «Свирью» удалось только по окончании шторма). Офицерам во главе с адмиралом Старком и команде пришлось приложить немало усилий, чтобы избежать гибели корабля. 10 (23) января «Диомид» пришел в бухту Болинао. По словам очевидца событий, «
3 (16) января 1923 г., при переходе из Шанхая в Манилу в районе Пескадорских островов, посыльные суда «Фарватер», «Парис» и «Аякс» сели на мель. Причиной аварии была навигационная ошибка. Дело было в том, что обычно в этот период в Пескадорском проливе существует сильное зюйд-вестовое течение. Чтобы избежать его, курс кораблей был проложен несколько левее генерального курса. Но на самом деле сезон муссонов только начался, и сильного течения еще не было. Из-за перемены курса корабли потеряли видимость маяка Норд-Рокс на северной оконечности Пескадорской группы и очутились вблизи западного берега Формозы, в части, освещенной двумя более слабыми маяками. В это время задул муссон, и корабли начали штормовать. Начальник дивизиона решил повернуть их против волны и дожидаться рассвета. Машины «Фарватера» начали давать перебои, судно плохо слушалось руля и не выгребало против волны. Кроме того, все три корабля потеряли свое точное место. В 6 часов 35 минут «Фарватер» оказался на мели. При этом он мог предупредить остальные корабли об опасности только гудком, которого в шуме волн просто не было слышно (средства визуальной сигнализации не работали). «Фарватер», дав полный ход вперед, смог перескочить банку (ему это позволила сделать осадка около 2,4 м), а «Парис» и «Аякс» — нет.
Правда, командир «Аякса» мог избежать посадки на мель, но из-за отсутствия средств сигнализации он не понял маневров впереди идущих кораблей. Пытаясь уйти от столкновения с «Парисом», «Аякс» выскочил на мель и плотно сел на нее. Соскочивший с банки «Фарватер» не мог оказать помощи остальным двум кораблям из-за состояния погоды.