23 января флотилия прибыла на Филиппины. В Манилу пришли 7 кораблей — «Диомид», «Взрыватель», «Патрокл», «Свирь», «Улисс», «Илья Муромец» и «Батарея». Малые корабли и катера — «Страж», «Фарватер», «Стрелок» и «Резвый» — остались в Шанхае. «Байкал», «Магнит» и «Парис» задержались там из-за ремонта и вскоре тоже пришли в Манилу. На первых кораблях на Филиппины прибыло 145 морских офицеров, 575 матросов, 113 женщин и 62 ребенка. До тридцати человек, записанных в команду, составляли мальчики от 13 до 14 лет. По прибытии кораблей команды построились и приветствовали американский флаг; американцы, в свою очередь, подняли русский флаг на стеньгах своих кораблей.
Характеризуя состояние флотилии к концу похода, адмирал Старк писал: «
Американцы радушно приняли русских моряков и беженцев. Американский Красный Крест доставил провизию, после дезинфекции и бани офицеры и матросы вернулись на корабли, а женщин и детей разместили на берегу. Американский флот принял на хранение огнестрельное оружие нижних чинов, оставив в неприкосновенности офицерские револьверы и винтовки.
Из беседы Старка с генерал-губернатором Филиппинских островов генералом Леонардом Вудом выяснилось, что положение флотилии, несмотря на благожелательное отношение американцев, весьма неоднозначно. Во-первых, по американским законам интернирование кораблей (как фактически произошло с Русской эскадрой в Бизерте) было невозможно. Во-вторых, в этот период уже разгорался конфликт между представителями американских властей и властей местного самоуправления. В-третьих, по местным законам каботажное плавание иностранных судов было запрещено. Генерал-губернатор предложил внести к этому закону поправку, но реализовано это предложение так и не было. Помощь флотилии мог оказать американский Красный Крест и местное общество на добровольных началах.
Перед чинами флотилии и беженцами резко встала проблема трудоустройства. Даже само местное население работало за мизерную зарплату, и все равно работы всем не хватало. Кроме того, климатические условия были крайне непривычны для русских людей. Сложно оказалось и организовать переезд всего личного состава и беженцев в Америку, так как по американским законам эмигранты должны были сами оплатить дорогу. В итоге снабжение флотилии провизией на себя взял американский Красный Крест.
Неопределенность положения и большая моральная усталость команд привели к возникновению «брожения» среди части личного состава. По свидетельству Старка, «