На Филиппинах все еще оставались русские моряки: не прошедшие медицинскую комиссию перед эвакуацией, занятые охраной кораблей, а также лица, не успевшие вернуться с острова Минданао. С 23 мая Красный Крест прекратил снабжение флотилии продовольствием, а еще через четыре дня был ликвидирован лагерь в Олонгапо. Холостые моряки перебрались на корабли, семейные — на частные квартиры. О моральном состоянии оставшихся на Филиппинских островах людей адмирал Старк говорил: «
Средства на жизнь и пропитание доставались русским эмигрантам с огромным трудом. За работы на кораблях, а также за пресную воду приходилось платить наличными деньгами. Группа офицеров во главе с капитанами 2-го ранга А.П. Ваксмутом и М.М. Кореневым пыталась организовать плантацию, но, увы, безуспешно. За время пребывания на Филиппинах из числа команд кораблей скончались матрос Блеткин и кондуктор Герасимов.
Помимо необходимости поддержания кораблей флотилии в должном состоянии требовалось срочно эвакуировать людей с острова Минданао, проживавших там в трудных условиях, и почти не получая денег за работу. Их удалось вывезти только после продажи первого корабля — канонерской лодки «Фарватер».
К 1 января 1924 г. в Олонгапо собралось более 200 человек. Для их эвакуации адмирал Старк решил продавать корабли. В итоге одна часть кораблей и судов была продана, другая — брошена за негодностью. Большинство личного состава, кто как сумел, перебрались в Австралию, Новую Зеландию, США, Китай или Европу. Полтора десятка морских офицеров с флотилии Старка остались в Маниле, где они организовали кают-компанию под председательством контр-адмирала В.В. Ковалевского. После Второй мировой войны они все перебрались в США.
Как и при эвакуации частей Русской армии из Крыма, во время эвакуации Приморья командованию Белой армии удалось спасти от наступающих большевиков как воинские части, так и гражданских беженцев, не пожелавших оставаться в захваченной стране. При этом эвакуация, проведенная кораблями и судами Сибирской флотилии, проходила в несравненно более трудных условиях, нежели на Юге России и своим успешным завершением она обязана именно отваге русских моряков.
Помимо корабельных соединений в Гражданской войне на Востоке России приняли участие и морские части, действовавшие на сухопутном фронте. Наиболее известными и активно воевавшими подобного рода формированиями по праву считаются Отдельная бригада морских стрелков и Отдельный морской учебный батальон вооруженных сил Всероссийского правительства Колчака.