2 апреля Балмашёв, переодетый в форму офицера-фельдъегеря и вооруженный пистолетом, зашел в Мариинский дворец. Узнав, что Сипягина еще нет, он на несколько минут вышел из здания, но, увидев подъезжающего министра, вернулся назад. Когда Сипягин вошел в комнату, Балмашёв подошел к нему и сказал, что у него важное письмо от генерал-губернатора Москвы великого князя Сергея Александровича. Когда министр повернулся к террористу, тот два раза выстрелил в него из браунинга. Пули смертельно ранили Сипягина, через час он скончался в Максимилиановской больнице.
Балмашёва схватили на месте. Через несколько дней он был осужден военным судом и приговорен к смертной казни через повешение. Приговор был приведен в исполнение в Шлиссельбургской крепости 16 мая 1902 г. Полиция вскоре узнала через Азефа о том, кто стоял за покушением.
В день убийства Сипягина в помещении Синода бомбой должен был быть убит обер-прокурор Победоносцев. Исполнитель – 23-летний слушатель Михайловской артиллерийской академии поручик Е.Г. Григорьев – якобы вовремя не получил телеграммы Гершуни с датой операции. Мол, телеграфист перепутал адрес. Думаю, это было сделано полицией специально, дабы отвести подозрения от Азефа, выдавшего план операции.
Тем не менее Гершуни попытался исправить положение. 5 апреля Григорьев должен был из револьвера убить Победоносцева, а его любовница Ю. Юрковская – петербургского генерал-губернатора Н.В. Клейгельса. Однако «сладкая парочка» испугалась и на место покушения не прибыла.
В феврале 1903 г. Григорьев, выданный Азефом, был арестован. Психопат-поручик на следствии нес всякую околесицу, выгораживая себя и выдавая всех, кого знал. Аналогично вела себя и его беременная подруга.
Следует заметить, что параллельно с поручениями БО, о которых через Азефа знала полиция, шли теракты беспартийных одиночек. Так, 14 февраля 1901 г. на прием к министру народного просвещения Н.П. Боголепову явился студент П.В. Карпович. Он выстрелом из револьвера попал министру в шею. Через несколько дней Боголепов скончался.
Любопытно, что Карпович, еще будучи в Берлине, в кругу русских эмигрантов открыто призывал к террору. Начальник зарубежной агентуры Рачковский был уведомлен о его высказываниях и о приготовлениях к поездке в Петербург, но не стал докладывать в Департамент полиции.
Статистик Самарского губернского земства Николай Константинович Лаговский, не принадлежавший ни к одной политической партии или кружку, в инициативном порядке решился убить Победоносцева. Несколько дней он безрезультатно бродил по улицам Петербурга, надеясь встретить обер-прокурора. В конце концов у Лаговского сдали нервы, и в первом часу ночи 9 марта 1901 г. он 4 раза выстрелил из револьвера по освещенному окну кабинета Победоносцев, расположенного на 1-м этаже. Все 4 пули ушли в потолок.
Тем не менее по сему поводу революционер и публицист Владимир Львович Бурцев писал: «Одиночные выстрелы Карповича и Лаговского заставили правительство вздрогнуть».
Террор входил в моду. Иные революционные партии и группировки даже начали приписывать себе удачные покушения. Так, социал-демократы в своей газете «Искра» доказывали, что Балмашёв совершил убийство Сипягина по приказу руководства РСДРП.
После покушения на харьковского губернатора Ивана Оболенского в деятельности Боевой организации наступило затишье. Гершуни уехал из Киева в Москву, где остановился на квартире инженера Зауэра. Вскоре к нему приехал Азеф и предложил организовать покушение на уфимскго губернатора Николая Богдановича.
Богданович получил печальную известность после подавления демонстрации рабочих в Златоусте. Он приказал солдатам открыть огонь по толпе, осадившей дом горного начальника, в результате чего погибли, по официальным данным, 45 человек, в том числе женщины и дети.
Убить губернатора поручили рабочему железнодорожнику члену БО Егору Олимпиевичу Дулебову, хотя Азеф предлагал в качестве исполнителей двоих членов БО, скрывавшихся в Двинске. Гершуни сам приехал в Уфу, чтобы лично участвовать в приготовлениях к убийству. 6 мая 1903 г. Дулебов в уфимском городском саду подошел к прогуливавшемуся там Богдановичу и несколько раз выстрелил в него. Богданович был тяжело ранен и вскоре скончался, а Дулебову удалось скрыться, отстреливаясь от преследовавших его полицейских. Рядом с убитым был найден листок бумаги с написанным на нем приговором Боевой организации.
Гершуни и Дулебов благополучно выбрались из Уфы, и полиция потеряла их. Дулебов уехал за границу, а Гершуни – в Киев.
Ко времени покушения за поимку Гершуни Департамент полиции назначил вознаграждение в 10 тыс. рублей. Азеф донес, что Гершуни поехал в Уфу, но отправившийся за ним из Петербурга полицейский агент Медников опоздал. Тогда Азеф выдал местонахождение Гершуни, и 13 мая 1903 г. тот был арестован в Киеве.