Но подлинные инициаторы «дела царевича» — Меншиков, Екатерина и узкий круг их клевретов — хорошо понимали, что на самом деле ничего не изменилось. Из числа многочисленных сторонников царевича среди аристократии к ответственности был привлечён лишь князь Василий Долгоруков, но и он подвергся весьма мягкому наказанию. По ряду внутри- и внешнеполитических соображений царь не рискнул привлекать к следствию представителей правящей элиты.
Тревожные сигналы поступали и снизу. Как мы помним, царевич пользовался популярностью среди простонародья и низового дворянства. И это расположение общества было не поверхностным. 2 марта 1718 года некий человек простого звания подал царю бумагу. Эта бумага оказалась присяжным листом на верность царевичу Петру Петровичу, объявленному наследником престола, на которой стояла следующая надпись:
«За неповинное отлучение и изгнание от всероссийского престола царского Богом хранимого государя наследника Алексея Петровича христианскою совестью и судом Божиим и пресвятым Евангелием не клянусь и на том животворящего креста Христова не целую и собственною своею рукою не подписуюсь; ещё к тому и прилагаю малоизбранное от богословской книги Назианзина могущим вняти в свидетельство изрядное, хотя за то и царский гнев на мя произлиется, буди в том воля Господа Бога моего Иисуса Христа, по воле Его святой за истину аз раб Христов Иларион Докукин страдати готов. Аминь, аминь, аминь».
Илариона Докукина пытали и казнили, его желание «пострадать за имя Христово» исполнилось. Но его пример показал Петру и его окружению, что среди сторонников царевича есть люди отчаянные, готовые на смерть ради своего законного государя.
Несмотря на отречение Алексея, династические позиции царевича Петра Петровича были весьма непрочными. Даже после отстранения сводного брата от престола он не являлся единственным человеком, имеющим на него права. Партия сторонников Алексея могла сплотиться вокруг нового претендента, которым являлся его сын — царевич Пётр Алексеевич. Будучи рождённым до отречения отца от престола и в силу своего малого возраста защищённый от каких-либо обвинений в свой адрес, он куда более импонировал и аристократии, и русскому обществу в целом в качестве законного наследника престола. По смерти отца Алексей мог формально сдержать свою клятву, но стать регентом при своём сыне.
Для Меншикова и Екатерины это означало одно — поражение в политической борьбе и справедливое возмездие. Поэтому для них пусть и отрёкшийся, но живой и здравствующий Алексей по-прежнему был опасен и потому должен был быть уничтожен.
Ведущую роль в расправе над царевичем сыграл глава Тайной канцелярии Пётр Андреевич Толстой — один из самых авантюрных, циничных и жестоких деятелей эпохи Петра Великого. Спустя два века его прямой потомок, граф Лев Николаевич Толстой, задумает написать роман о своём предке и начнёт собирать исторические материалы. И такое в этих материалах отыщет, что откажется от первоначального замысла — больно непривлекательный образ получался.
Проблема противников Алексея заключалась в наличии царского прощения за все его вины. После возвращения в Россию царевич находился под строгим контролем и никакого повода для нового преследования дать не мог. Но Толстой быстро нашёл возможность обойти это препятствие. Как уже упоминалось выше, после своего торжественного отречения в Кремле царевич дал отцу письменные показания, назвав тех, кто «побудил его к побегу». Показания были даны в виде ответов на вопросы, составленные царём, которые предваряли следующие условия:
«Понеже вчерась прощение получил на том, дабы все обстоятельства донести своего побегу и прочаго тому подобного, а ежели что утаено будет, то лишён будешь живота».
«А если что укроешь, а потом явно будет, на меня не пеняй: понеже вчерась пред всем народом объявлено, что сие пардон не в пардон».
Этим условием царь несколько отступал от своего обещания о полном прощении без всяких условий. Но тогда, в Москве, это отступление не грозило непосредственно царевичу, а сейчас начальник Тайной канцелярии увидел в нём возможность для расправы над Алексеем.
Закрытое было, дело началось снова и вошло в историю под названием «Петербургского розыска». Если прежде в Москве и Суздале царские следователи искали сторонников царевича, их связи, покровителей и т.д., то теперь розыск сосредоточился непосредственно на фигуре бывшего наследника. По своему характеру следственное дело царевича Алексея сильно напоминает политические процессы в СССР в 30-е годы — в распоряжении следователей Петра Андреевича Толстого практически не попали изобличающие царевича и его сторонников письменные документы или другие материальные улики. Только признания, выбитые часто под пытками. Хотя в XVIII веке пытка считалась легальным и допустимым инструментом следствия, но её применение было, как правило, довольно ограниченным — следствие уже тогда предпочитало опираться на материальные улики.