Разумеется, никаких доказательств измены в распоряжении Петра Толстого и его следователей не было и быть не могло — имперские архивы для них были недоступны, а царевич, по свидетельству Ефросиньи, «подрал и сжёг» все компрометирующие его бумаги. Однако в распоряжении Тайной канцелярии были опытные палачи — заплечных дел мастера — и разрешение царя пытать обвиняемого. Не выдержав пытки, Алексей сделал следующее признание:
«Ежели б до того дошло и цесарь бы начал то проводить в дело, как мне обещал, и вооружённой рукою доставить меня короны Российской, то б я тогда, не жалея ничего, доступал наследства, а именно, ежели бы цесарь за то пожелал бы войск Российских в помочь себе против какого-нибудь своего неприятеля, или бы пожелал великой суммы денег, то б я всё по его воле учинил, также министрам его и генералам дал бы великие подарки. А войска его, которые бы мне он дал в помощь, чем бы доступать короны Российской, взял бы я на своё иждивение, и одним словом сказать, ничего бы не жалел, только чтобы в том свою волю».
В этих признаниях наследника ложно всё от первого до последнего слова. Доступные историкам австрийские архивы раскрывают до мельчайших подробностей истинное содержание переговоров царевича с имперским правительством. Никогда император не обещал вооружённой силой посадить его на трон в России, и никогда Алексей не просил об этом.
Не мог царевич встречаться в Империи и с неким французским офицером, который будто бы обещал ему помощь шведских войск в борьбе за корону, а такое тоже пришло в голову следователям. Не мог хотя бы потому, что вероятность встретить в Империи французского офицера была столь же велика, как встретить немецкого офицера на улицах Москвы или Лондона в 1946 году.
Абсурдность этих обвинений не могли не понимать ни опытный дипломат Толстой, ни сам царь, прекрасно разбиравшийся в хитросплетениях европейской политики. И тем не менее, на основании этого оговора был составлен обвинительный акт для будущего суда.
Как государь и как отец, Пётр имел все права и был обязан лично рассмотреть дело бывшего наследника и вынести ему приговор. Но царь в очередной раз уклонился от персональной ответственности и возложил её на чужие плечи. По его замыслу судить царевича должны были сенаторы вместе с высшими чиновниками страны — тем самым царь думал связать их круговой порукой и вынудить поддерживать своего наследника от второго брака. Пётр не в первый раз прибегал к этому приёму. В 1698 году царь заставил членов Боярской думы лично принять участие в казнях мятежных стрельцов.
Желая снять с себя ответственность за нарушение обещания простить сына, царь обратился к высшим церковным иерархам с просьбой о совете, как поступить в такой ситуации. Впрочем, ответ святителей вряд ли порадовал Петра. По словам Н.И. Костомарова, духовенство отвечало хотя уклончиво, но замечательно мудро. Выписав разные места из Священного Писания, свидетельствующие об обязанности детей повиноваться родителям, оно представляло на волю государя действовать по Ветхому или по Новому Завету; хочет руководствоваться Ветхим Заветом — может наказать сына, хочет предпочесть учение Нового Завета — может пощадить и простить его по образцу, указанному в притче о блудном сыне и в поступке Спасителя с женою-прелюбодейницею: «Сердце царёво в руце Божией есть; да изберёт тую часть, аможе рука Божия преконяет!»
24 июня 1718 года светский суд, состоящий из министров, сенаторов, высших военных и гражданских чинов в количестве 127 человек, вынес решение:
«Единогласно и без всякого прекословия суд приговорил, что он, царевич Алексей, за вышеобъявленные все вины свои и преступления главные против государя и отца своего, яко сын и подданный его величества, достоин смерти».
В примечании суд оговорил, что царское прощение, данное сыну, недействительно, поскольку тот утаил от отца свой главный умысел — добиться трона любой ценой.
Впрочем, суд не взял на себя ответственность за жизнь члена царской семьи, а представил свой приговор на «милосердное рассмотрение самодержавного монарха». Как ни пытался Пётр уйти от личной ответственности в деле царевича, это ему не удалось.
У читателя не должно возникнуть иллюзии относительно того, что светский суд объективно и непредвзято рассмотрел дело царевича. Члены суда прекрасно знали, чего на самом деле хочет царь, и послушно выполнили его волю.
Существует легенда, что среди высших государственных чинов России нашёлся человек, для которого честь была дороже повиновения. Фельдмаршал граф Борис Петрович Шереметев отказался участвовать в судилище. Старый полководец, которому Пётр был обязан большинством своих побед на полях сражений Северной войны, истинный создатель новой русской армии отказался прибыть в столицу для вынесения приговора невиновному. В ответе на приказ царя были прописаны полные достоинства слова: «Я рождён служить своему государю, а не судить его кровь».