Наполеон считал, что для Франции в те дни не было ничего важнее, чем национальное примирение. Он отменил законы против эмигрантов, позволив последним не только вернуться в страну, но и занимать государственные должности и служить в армии. Одновременно он гарантировал права тем, кто после революции приобрел конфискованную собственность. Роялистские выступления на западе страны незамедлительно подавлялись, но любой, кто добровольно сдавался, мог рассчитывать на неслыханное доселе снисхождение. Публично объявленная цель Первого консула заключалась в следующем: «Никаких якобинцев, умеренных или роялистов — только французы». Вновь были открыты церкви, а из тюрем выпущены все до одного священника. Разбой и грабежи искоренялись самым беспощадным и весьма эффективным образом. Началось финансовое оздоровление страны. Обесцененные бумажные деньги заменялись полновесными золотыми и серебряными монетами. Был создан Французский банк.
За пределами страны Наполеон приложил все усилия для восстановления мира. К сожалению, австрийцы никак не желали расставаться с Северной Италией. Англичане поставили целью изгнать французов из Египта. На Рейне талантливый генерал Моро сдерживал поползновения австрийцев, но в Италии Массена оказался (в Генуе) в блокаде числено превосходящих его сил неприятеля, и, судя по всему, в ближайшем будущем ему ничего не оставалось делать, как сдаться на милость победителя.
Бонапарт решил, что только он сам лично способен спасти Итальянскую армию. В мае 1800 года через снега перевала Сен-Бернар он перешел Альпы и оказался в тылу у командующего австрийскими войсками барона Меласа, отрезав таким образом, последнему путь к отступлению. Когда Наполеон вошел в Милан, австрийцы растерялись от неожиданности. Сам он рассредоточил свою армию так, чтобы держать под контролем переправы и не дать врагу спастись бегством, в то время как Мелас, опытный и опасный враг, сосредоточивал силы в одном месте. Поэтому, когда он 14 июня атаковал французов у Маренго, то имел при себе 30 тысяч человек. У Наполеона было не более 24 тысяч и гораздо меньше пушек. Несмотря на стойкость французов, особенно 800 гренадеров Консульской гвардии, Наполеон был вынужден медленно отступать под численным перевесом противника. Однако к нему на подмогу вовремя подоспел с 5 тысячами воинов генерал Дезе и ценой собственной жизни превратил поражение в победу. Первый консул был принят в Париже с невероятным триумфом. К концу года генералы Наполеона изгнали из Италии последние силы австрийцев.
После того как Моро нанес тяжелое поражение австрийским войскам у Гогенлиндена, французы дошли до ворот Вены. Император запросил мира. В феврале 1801 года в Люневиле он принял почти те же условия, что и в Кампо-Формио, признав все марионеточные государства Франции: Батавскую (Голландскую), Цизальпинскую (Итальянскую) и Швейцарскую республики. Оказавшись в изоляции, англичане вскоре обнаружили, что бремя военных расходов для них попросту непомерно. К тому же французские войска в Египте были немногочисленны и не представляли особой угрозы. Соответственно, в Амьене в марте 1802 года Англия подписала мир, причем в роли полномочного представителя Франции выступал Жозеф.
Жозеф никак не мог удержаться от того, чтобы не сыграть на повышении государственных ценных бумаг. Он пребывал в уверенности, что это непременно произойдет после объявления мира. Однако случилось обратное, и он потерял такие крупные деньги, что, если верить Бурьену, «не мог удовлетвориться теми сделками, в которые его вовлекала его алчная и глупая тяга к спекуляциям».
Сумма оказалась столь велика, что даже брат был не в состоянии ссудить ему столько денег. Положение спас Талейран, предложив ловкую манипуляцию с катастрофически падающим госкапиталом. Впервые за десять лет Франция не находилась в состоянии войны. Вскоре после этого был достигнут еще один желанный мир — Конкордат с Римом, упрочивший положение тех, кто во время революции приобрел церковную собственность, и одновременно гарантировавший священнослужителям государственную компенсацию. Государству вверялось право назначать епископов, а священникам вменялось в обязанность молиться во время мессы за здравие Первого консула. Незаменимый Феш, вновь принявший священный сан (бросил азартные игры и перестал посещать балы и театр, хотя и не оставил своих спекуляций), сыграл в этих переговорах весьма важную роль и в 1802 году был назначен архиепископом Лионским. Годом позже он получил сан кардинала и место французского посланника в Риме.