Восстановительные работы начались весной 1889 года. Игумен Иосиф по итогам года докладывает начальству: «В течение 1889 года во вверенной мне Саровской пустыне вновь построены:
1. на ближней пустынке старца отца Серафима (при роднике) жилая келия с сенями на каменном фундаменте и у родника купальня на два отделения — мужское и женское. Над самым же родником начата постройка часовни, но в настоящее время она ещё не окончена;
2. на дальней пустынке, его же о. Серафима, срублена деревянная келия в том размере, в каком таковая же существовала при жизни старца. Отделкою эта келия тоже ещё не окончена»73
.К сожалению, состояние здоровья игумена Иосифа не позволило ему активно заниматься воплощением задуманного. В декабре 1889 года Саровскую пустынь, по предписанию Синода, возглавил иеромонах Рафаил (Трухин), бывший до этого настоятелем главного собора Русского монастыря Святого Пантелеймона на Афоне. При передаче монастыря под начало игумена Рафаила от прежнего настоятеля им были приняты и собранные от разных благотворителей на построение храма на месте кельи старца Серафима денежные средства в ценных бумагах на сумму 25 тысяч рублей74
.Игумен Рафаил активно включился в работу, конечной целью которой было прославление старца Серафима. Уже спустя несколько дней после приезда в монастырь нового настоятеля в канцелярии заведён журнал под названием «Сборник чудес Иеромонаха Серафима»75
, в котором вскоре были записаны исцеления и спасения «числом до 94», бережно и кропотливо собранные сёстрами Дивеевского монастыря и братией Сарова. В 1891 году тамбовскому владыке Иерониму (Экземплярскому)[95] при рапорте направляется «Сборник чудес и исцелений, полученных по молитвам старца о. Серафима», а через месяц более расширенный список76. В течение двух лет (с февраля 1892-го по август 1894 года) специальная комиссия Тамбовской духовной консистории изучала собранные случаи исцеления. 25 августа 1894 года в итоговом протоколе записано: «Обследовано 80 событий в 27 епархиях и отметили их как доступные точному и обстоятельному установлению факта, всё в достаточной мере подтвердилось». Результаты обследования были представлены в Святейший синод, который после изучения доклада предложил Тамбовской духовной консистории продолжить поиски чудесных событий и записывать их при свидетелях:«1. Собрать и записать сведения о наиболее замечательных случаях благодатной помощи по молитвам старца Серафима, не бывших доселе записанными, и 2. Тщательно вести на будущее время запись всех могущих быть новых чудесных знамений по молитвам помянутого подвижника»77
.В 1897 году в Святейший синод направлены дополнительные сведения, собранные саровскими монахами и опять последовала отписка, датированная 9 января 1898 года: «...приняв означенные заявления к сведению, поручить Преосвященному Тамбовскому предписать настоятелю Саровской пустыни продолжать, на прежних основаниях, запись могущих быть новых чудесных знамений»78
.Так бы и продолжалась до бесконечности эта переписка, если бы к делу прославления старца Серафима не подключился священник Леонид Чичагов — составитель «Летописи Серафимо-Дивеевского монастыря Нижегородской губернии Ардатовского уезда. С жизнеописанием основателей её схимонахини Александры, урождённой А. С. Мельгуновой, и блаженного старца иеромонаха Серафима и его сотрудников: М. Мантурова, протоиерея о. Садовского, блаженной Пелагеи Ивановны Серебренниковой, Н. А. Мотовилова, сподвижниц обители и других». Изданную в 1896 году книгу отец Леонид преподнёс императору Николаю II, чем очень заинтересовал царскую фамилию.
Следует отметить, что о старце Серафиме члены императорской семьи знали давно. В 1854 году Николай Мотовилов предпринимал безуспешную попытку попасть на приём к императору Николаю I и направил в подарок 28 камней (для всех высочайших особ) с изображением старца Серафима. Аудиенция не состоялась, но старец Серафим напомнил о себе сам, когда в сентябре 1860 года от его мантии получила выздоровление от тяжёлой болезни великая княгиня Мария Александровна. Описание этого чудесного исцеления хранится в Отделе рукописей Российской государственной библиотеки и интересно своими подробностями
случившееся 1860 года Сентября 21 дня в Санкт-Петербурге.
Начало исцеления было так.
Дивеевской общины от Настоятельницы и с общего согласия опытных и искусных стариц, были присланы за святое послушание седмь сестр в С. Петербург, из коих две обучались мозаичному, а 5 Масляными красками живописному художеству, для изображения Св. Икон.
Продолжая оный святый труд в Славу Божию, и в пользу единодушной и единомудренной о Господе своей общины.