Новая история Саровского городища связана с подвижниками из среды монашествующих. Первые монахи появились на берегах Сатиса и Саровки в середине XVII века. Вековые леса, окружавшие Старое городище со всех сторон, изобилие ключевой воды, тишина и покой привлекали сюда первых поселенцев. В то же время всего в нескольких верстах западнее от Старого городища проходила старинная почтовая дорога, позволявшая в случае необходимости совершить путешествие на север: через Арзамас на Нижний Новгород или через Ардатов во Владимир и Москву. Почтовый тракт в районе Темникова пересекался с Большой посольской дорогой и уводил путника на юг.
Северный склон Саровской гряды, где селились первые монашествующие, круто обрывающийся к пойме Сатиса, привлекал к себе наличием изобильного родника, заливная луговина позволяла поселенцам посадить небольшой огородик.
Предположительно в 1664 году, «первее всех на сие место прииде монах Феодосий и жил с пять лет с некоторыми пришедшими монахами проводяща безмолвие. И в пребывание его было явление, повествовал всем приходящим, что он видел над горою свет дивный яко огненная заря, а в другое время звон бяша во многие колокола... Сей же монах Феодосий сие провидев и впредь идущие лета на сем месте быть некоторому смотрению Божию и тщатеся собрати братию и построить обитель, но не созволящу Богу взят в строители в Град Пензу»2
.Феодосий покинул монашескую общину, оставив вместо себя инока Герасима, прожившего на Саровском городище около десяти лет. С уходом Герасима община распалась, и поселение пришло в запустение.
Только в 1690 году (предположительно), наконец, на берега Сатиса приходит человек, положивший всю свою жизнь на строительство новой монашеской обители. Это был монах Арзамасского Введенского монастыря Исаакий. Его трудами вновь созданная монашеская община окрепла, встала на ноги и по праву стала называться «Академией монашества». Кто же он, монах Исаакий?
Мирское имя его Иван Фёдорович (фамилия неизвестна). Родился в 1669 году в селе Красном, что расположилось в трёх верстах от города Арзамаса, в семье приходского дьячка Фёдора Степановича. После поступления Фёдора Степановича в Арзамасский Введенский монастырь и пострижения его в великую схиму с именем Феофан за отцом последовал и сын. Произошло это в 1687 году. Спустя два года, 6 февраля 1689 года, послушник Иван Попов пострижен в монахи с именем Исаакий. В это время пришёл в Введенский монастырь монах Филарет из Санаксарского Рождество-Богородичного монастыря, который рассказал молодому монаху о старом городище и о его явно избранном Богом предназначении. В начале 1690-х годов Исаакий начинает постепенно обживать городище. В первое посещение он устанавливает православный крест в знак своего серьёзного намерения утвердить в глухих мордовских лесах оплот православия. В следующий раз строится временное жильё.
2 февраля 1692 года Исаакий по рекомендации настоятеля (или строителя, как называется ещё эта должность) Санаксарского монастыря и благословению святейшего Адриана, архиепископа Московского и Всея Руси и всех Северных стран Патриарха, рукоположен в сан иеромонаха митрополитом Сарским и Подонским Евфимием. Возвратясь из Москвы на Саровское городище, Исаакий положил основание монастырским пещерам, как бы в подражание пещерам Киево-Печерской лавры. Несколько лет Исаакий с переменным успехом продолжал осваивать премудрость пустынножительства. Редкие посетители долго не задерживались в лесной келье. В 1700 году на соседней мельнице, располагавшейся на почтовом тракте у реки Сатис, Исаакий повстречал старообрядца Иоанна Карелина и после долгих бесед сумел обратить его в православие и постриг к себе в пустыню с именем Ириней.
В этом году братия Введенского монастыря убедила отца Исаакия вернуться в родной монастырь и выбрала его настоятелем. Оставив на Саровском городище Иринея одного, Исаакий переселился во Введенский монастырь и был там настоятелем в продолжение шести лет. За это время он преуспел в деле обращения представителей старой веры. Специально для этой миссии ездил за Волгу и вернул в лоно Православной церкви три скита в полном составе — всего 65 человек.
Тем временем на Саровском городище к Иринею присоединились шесть пустынножителей, четверых из которых постриг в монашество Исаакий. Один из новопостриженников — Афиноген — так понравился Исаакию, что он взял его с собой во Введенский монастырь, с надеждой передать ему настоятельскую должность.