Прошло совсем немного времени, и стало ясно, что единственная церковь уже не вмещает в своих стенах всех желающих. Поэтому решено было просить в Духовном ведомстве о разрешении строительства двух новых храмов: первого во имя Преображения Господня и второго в честь Архистратига Михаила над Святыми вратами. К этому времени назрел и вопрос о самостоятельности новой обители. Монашествующие и благотворители на общем собрании составили челобитную об утверждении иеромонаха Исаакия строителем Саровской пустыни. Копия этой челобитной сохранилась в монастырском архиве и представляет интерес ещё тем, что содержит первый список монашествующих обители. Челобитную подписали лично или при помощи грамотных собратьев монахи: Иоарам (казначей), Иннокентий, Гервасий, Акакий, Иуст, Гаврил, Серафим, Геласий, Симон, Фома, Арсений, Феолог, Феогност, Софроний, Иоанникий, Иосия, Савватий, Сергий, Тихон, Корнилий. Всего 20 человек. Утвердительная грамота, подписанная Местоблюстителем Патриаршего престола митрополитом Рязанским и Муромским Стефаном[56]
, выдана 5 февраля 1709 года: «Велеть ему, иеромонаху Исаакию, в той пустыне быть строителем».Жизнь в пустыни была сурова и скудна. Многие приходящие в обитель пробовали испытать свои духовные и физические силы, и не у каждого получалось пройти это испытание даже на начальной стадии. Около четырёх лет жила обитель по уставу, составленному Исаакием, взявшем за основу всё самое лучшее из трудов Святых Отцов. Так называемый общежительный устав устанавливал равенство всех друг перед другом и в еде, и в одежде, и в послушании, но в то же время присутствовало строгое подчинение младшего старшему. В ноябре 1710 года братия общим собранием принимает решение об официальном утверждении устава и составляет новую челобитную на его утверждение.
Одновременно среди монашествующих, вслед за Исаакием, появились подвижники, бравшие на себя дополнительные испытания, «которые, ревнуя о больших подвигах ко своему спасению», уединялись на время Великого поста в пещеры. Подземные галереи, продолблённые в толще доломита, представляли уже небольшой комплекс, состоящий из нескольких маленьких келий и большего по размеру зала, в котором монашествующие собирались на общую молитву. И задумано было обустроить на этом месте подземную церковь в честь Антония и Феодосия, Киево-Печерских чудотворцев.
Для решения этих жизненно важных вопросов и отправился Исаакий в Москву. Находясь в столице, Исаакий в поисках благотворителей дошёл даже до апартаментов родных сестёр Петра I — Марии и Феодосии. Высокопоставленные покровительницы оказали Исаакию содействие в получении разрешения на освящение пещерной церкви, пожертвовали иконостас с иконами, облачения для священнослужения, богослужебные книги и предметы. Кроме этого, Мария и Феодосия передали для обители 14 частиц мощей некоторых Киево-Печерских чудотворцев. Освятили пещерный храм по церковному чиноположению 30 мая. Первое время храм использовался и для проведения служб по умершей братии10
.В этот же день при общем собрании братии была прочитана и благословенная грамота на общежительный устав, присланная митрополитом Стефаном. Все присутствующие со вниманием и «со слезами на глазах» выслушали особое завещание в стихах, сочинённое самим преосвященным митрополитом:
«Божию милостию Смиренный Стефан Митрополит Рязанский и Муромский, Саровской пустыни Настоятелю и иже о Христе с братиею.