В навигацию 1950 года приказом министра внутренних дел предписано было через Ванинский транзитный пункт завезти в лагеря Дальстроя 58 000 заключённых, в том числе 8000 «особо опасных государственных преступников для Берегового лагеря МВД». Начальнику ГУЛАГа Добрынину Г.П. поручалось обеспечить отбор и отправку заключённых мужчин и женщин (последних не более 30 процентов) в возрасте от 18 до 45 лет «только первой категории физического труда, пригодных для работы в условиях Крайнего Севера, независимо от состава преступления, осуждённых преимущественно к большим срокам наказания».
Для того чтобы отметить успешную работу заключённых, а также разгрузить колымские места лишения свободы для приёма новой подневольной рабочей силы, Совет Министров разрешил МВД по согласованию с Генеральным прокурором освободить из лагерей 15000 заключённых разных специальностей, «осуждённых за должностные, хозяйственные, имущественные и воинские преступления, с оставлением их в Дальстрое для работы по вольному найму до конца неотбытого срока наказания, используя эту меру как поощрение за добросовестный труд и хорошее поведение в лагерях» [47].
Насколько нелегко было командовать суровым Северо-Восточным краем страны, говорит тот факт, что всего через полтора года после назначения на должность Петренко И.Г. серьёзно заболел. 22 июня 1950 года первый заместитель министра внутренних дел Серов И.А. доложил Берия Л.П., что дано указание отправить начальника Дальстроя в Москву самолётом в сопровождении врача. Несмотря на принятые меры, 3 августа 1950 года И.Г.Петренко скончался.
Новым начальником Дальстроя постановлением Совета Министров СССР от 30 сентября 1950 года был назначен заместитель министра внутренних дел СССР Митраков И.Л. (без освобождения его от обязанностей зама). За счёт этого впервые статус главного руководителя Колымского края оказался поднят на более высокую ступень, что говорило о важной роли, которую играл Дальстрой в экономике страны.
В 1950 году в связи с передачей ряда административных функций из МВД в МГБ оказалось, что объём работы Управления внутренних дел по Дальстрою резко сократился. Было предложено ликвидировать «изживший себя аппарат», передав его функции Управлению исправительно-трудовых лагерей. После долгих споров Круглов С.Н. подписал приказ «Об упорядочении структуры органов МВД и ИТЛ на территории Дальстроя», которым местное УМВД упразднялось, а его функции передавались «соответствующим аппаратам Дальстроя».
С учётом всех сложностей, выпавших на 1950 год, план добычи золота удалось выполнить в объёме 49 тонн, что стало нормой для последующих лет. Олова в этом году произвели значительно меньше — всего 3612 тонн [47].
Стремясь ликвидировать провал в добыче олова за счёт повышения производительности труда подневольных рабочих, начальник Дальстроя Митраков И.Л. обратился с просьбой к руководству о разрешении на распространение «шкалы зачётов рабочих дней заключённым», введенной для лагерей 1‑го управления Дальстроя, на всех заключённых, работавших на оловянных приисках и рудниках. Однако этому предложению воспротивился куратор Дальстроя Чернышов В.В., посчитавший, что делать это «нецелесообразно», поскольку «высшие зачёты» (4 дня срока наказания за 1 день ударной работы) были утверждены правительством по просьбе МВД «в порядке особого исключения». Ранее таких примеров в практике ГУЛАГа не было, и поэтому «широко распространять такие зачёты будет неправильно».
Вместо этого было создано Производственно-техническое управление по олову, начальником которого по совместительству назначили заместителя начальника Дальстроя Грушу М.В. с освобождением его от должности главного инженера. Новым главным инженером стал по совместительству первый заместитель начальника Дальстроя Кузнецов И.К.
В 1951 году произошли и другие штатные изменения. Начальник Политуправления Шевченко В.Ф. был освобождён от занимаемой должности в связи с тем, что он «неправильно понимал роль Политуправления и не укреплял единоначалия начальника Дальстроя». На его место назначили полковника Буланова П.С., ранее являвшегося первым заместителем начальника ГУЛАГа МВД СССР. Кроме того, 23 апреля 1951 года Круглов С.Н. направил своим заместителям Серову И.А. и Обручникову Б.П. и начальнику ГУЛАГа Долгих И.И. следующее предписание: «Дальстрой (тов. Митраков) давно просил нас послать нового начальника Севвостлагерей вместо тов. Деревянко. Министерство до сих пор этого не сделало. Прошу дать Ваши предложения». В соответствии с этим указанием на должность начальника Управления исправительно-трудовых лагерей и заместителя начальника Дальстроя был рекомендован и 3 мая 1951 года назначен генерал-лейтенант Жуков Г.С., занимавший до этого пост заместителя начальника УМВД по Новосибирской области.