Сергей Никифорович в принципе был против массового переселения народов из родных для них мест, но что представлялось возможным сделать в условиях сталинского правления и состояния войны? Необходимо было быстро и чётко выполнять те распоряжения, которые принимала верховная власть. По своему статусу первого зама, Круглов С.Н. должен был возглавить операцию по выселению чеченцев, но, учитывая его отрицательное отношение к этому делу, старшим оперативным начальником назначили более младшего по служебной иерархии заместителя наркома Серова И.А. Всю территорию Чечни поделили на четыре сектора. В центральном, включавшем город Грозный, начальником сектора по совместительству являлся руководитель операции. Круглову С.Н. достался Гудермесский сектор, объединявший семь административных районов. Двумя другими секторами командовали первый заместитель наркома госбезопасности Кобулов Б.З. и заместитель наркома внутренних дел по войскам Аполлонов А.Н. К операции привлекли 19 тысяч оперативных работников НКВД-НКГБ и «Смерш» и около 100 тысяч солдат и офицеров войск НКВД, «стянутых с различных областей».
При выполнении правительственного задания исполнители руководствовались типовой «Инструкцией о порядке проведения переселения», которая конкретизировалась для каждой массовой операции. В данном случае депортации подлежали все жители Автономной республики по национальности чеченцы, включая членов ВКП(б) и ВЛКСМ. Переселению не подлежали женщины-чеченки, состоявшие в замужестве с лицами других национальностей. Отсутствовавшие в момент переселения брались на учёт и подлежали переселению дополнительно.
В оперативных секторах на период подготовки и проведения операции для каждого населенного пункта назначались участковые уполномоченные, в чьё распоряжение выделялось необходимое количество оперативных работников и войск НКВД в соответствии с числом переселявшегося контингента. Устанавливалась приблизительная «норма», по которой на оперативную группу, состоявшую из одного оперработника НКВД-НКГБ и двух бойцов войск НКВД, полагалось переселение четырёх семейств.
В целях успешного проведения депортации участковые уполномоченные с учётом всех мер конспирации заблаговременно знакомились с поступившим в их ведение контингентом. Затем вместе с командирами войсковых подразделений скрытно изучали маршруты движения от населённых пунктов до мест сбора и железнодорожных станций погрузки, разрабатывали планы оцепления, расположения войсковых резервов и засад на случай возникновения непредвиденной ситуации. Для приёмки, описи и обеспечения сохранности скота и прочего имущества, остававшегося на месте, к каждому оперативному сектору прикреплялась хозяйственная комиссия от советских органов, уполномоченные которой выдавали переселяемым соответствующие сохранные квитанции.
С началом операции участковый уполномоченный созывал сход взрослого мужского населения данного жилого объекта и объявлял, что решением Советского правительства всё население Чечни переселяется в выделенные для этого районы Средней Азии. При этом подробно разъяснялось, сколько и какого имущества разрешено взять с собой и на каких условиях будет произведено расселение в новых местах жительства. После этого сходу предлагалось приступить к сбору имущества и делалось предупреждение об ответственности за сопротивление или попытку уклонения от переселения. Оперативные группы сразу же расходились по закреплённым за ними домам и предлагали главам семейств сдать возможно имевшееся у них дома огнестрельное и холодное оружие. Переселявшимся разрешалось взять с собой все лично принадлежавшие им ценности, деньги, домашние вещи (одежду, обувь, посуду, инвентарь) и запас продовольствия. На каждую семью оперработник заполнял учётную карточку в двух экземплярах, где делал отметку об отсутствовавших на месте родственниках. Все подозрительные лица немедленно подвергались аресту. В случае необходимости применения оружия предлагалось действовать «твёрдо и решительно, без лишней суеты, шума и паники». В населённых пунктах, где автотранспорту приходилось останавливаться на ночёвку, принимались меры, исключавшие возможность побега или возникновения каких-либо эксцессов. При доставке на станцию погрузки участковый уполномоченный сдавал переселяемых под расписку коменданту эшелона и вручал ему один экземпляр учётных карточек. Одновременно все участковые доносили рапортом начальнику оперативного сектора о результатах операции и прилагали к своей бумаге второй экземпляр карточек.