Не думая превзойти учителя в знании летописных подробностей, Соловьев больше заботился о соответствии теории и фактов и делал это настолько умело, что ревнивый к чужому успеху Хомяков заметил: «Это исследование г. Соловьева есть истинная заслуга». Приступая к диссертации, Соловьев избегал бесед с Погодиным, который хотел, чтобы ученик занялся «окончательным решением вопроса о варягах». Здесь сравниться с Погодиным было трудно, и Сергей отвечал, что вопрос кажется ему решенным. «Почему вы со мной не советуетесь?» — спрашивал Погодин. «Я не нахожу приличным советоваться: хорошо ли, дурно ли напишу диссертацию — она будет моя. Буду следовать вашим советам — она станет не вполне моя». — «Что за беда! — восклицал Погодин. — Мы так и скажем, что диссертация написана под моим руководством». Соловьеву это крайне не нравилось.
В конечном счете магистерская диссертация получила название: «Об отношениях Новгорода к великим князьям: историческое исследование». Она была издана в 1845 году типографией Московского университета тиражом в 100 экземпляров, и уже в конце года ее невозможно было достать. Герцен писал о ней как о чрезвычайной редкости.
Кроме диссертации, предстояли экзамены. Соловьеву ли, всегдашнему первому ученику, беспокоиться? Именно ему. Не он ли в статье «Парижский университет» восхвалял «высокую мудрость правительства», не он ли восклицал «стыд и горе!» в адрес университета, где — что вы, речь не о Московском! — несчастный юноша погибает окончательно, встречая «чуждое направление». Было отчего радоваться тогда Погодину и Шевыреву. Но теперь молодые профессора, московские западники, смотрели косо: они были рады, что избавились от Погодина, что ослабела «черная уваровская партия», и не хотели пускать в свои ряды погодинского ученика, ретиво судившего «чуждое направление». Как писал Соловьев, они «не хотели обуваться из сапогов в лапти».
О том, что статья в «Москвитянине» написана в погодинском духе, знали все. Но никто не знал, что из Парижа в Москву вернулся серьезный молодой ученый, которого пристальные занятия русской историей спасли от русофилизма и чей патриотизм, как он сам признавал, был благодаря науке введен «в должные пределы». Соловьев чувствовал свое одиночество: «Итак, против меня готовилось сильное сопротивление; на кого же я мог опереться, в ком искать защиты против профессоров западной стороны, могущественных своим единством, достоинствами, силою у попечителя?»
Экзамены начались в январе 1845 года. Сергей готовился к ним, перечитывая студенческие конспекты и выписки, сделанные в Париже Отвечать следовало из истории, географии, народного права, политической экономии и статистики. Историю, русскую и всеобщую, оп знал. В географии, древней и новой, любимой с детства, трудностей не предвиделось, да и экзаменовать должен был берлинский знакомый Ефремов, который к тому времени стал приват-доцентом университета Ради политической экономии и статистики Соловьев сделал визит профессору Александру Чивилеву, холодному и зло-остроумному человеку, чьи лекции, будучи студентом, он слушал с удовольствием, запоминая рассуждения о природе стран и ее значении в жизни народов. С Чивилевым разговор не получился. На представление Соловьева, что ему нужно доказать способность к занятию кафедры русской истории и написать хорошую диссертацию, а не отвлекаться на предметы побочные, профессор сухо ответил, что будет совершенно достаточно прочитать для экзамена все книги, рекомендованные на лекциях. Для историка, занятого диссертацией, это было непосильно. Заранее определить вопросы, которые он предложит на экзамене, Чивилев отказался, хотя в те годы это было в обычае. Ничего не поделаешь — Соловьев ушел раздосадованный, понимая: нелюбезность Чивилева есть проявление позиции западной партии. К другим профессорам обращаться он не стал. С Чивилевым потом, став профессором, он очень сблизился, тот был честен, точен в исполнении служебных и гражданских обязанностей, джентльмен в наружности и манерах — всем хорош, но в делах религии «не верил ни во что». Для строго православного Соловьева это оставалось непостижимым.
В канун первого экзамена по всеобщей истории Грановский подошел с упреком: зачем Соловьев не переговорил о вопросах, которые он желал бы получить. Времени на удивление не было, Сергей поблагодарил, сказал, что ему интересна Реформация, он особенно ею занимался. Грановский отклонил выбор: тема щекотливая, неловко говорить о ней в присутствии Строганова, обязанного блюсти православие. В таком случае пусть Грановский сам назначит вопросы — Соловьеву было все равно. Грановский указал строптивому молодому человеку три вопроса: Франция при первых Капетингах, средневековая Испания и параллель западного и русского летописания. Третий вопрос был с подвохом: Шевырев доказывал, что русская летопись выше западной, и экзаменаторам хотелось знать, что думает Соловьев. Ему вопрос не понравился, но Грановский настаивал, и надо было согласиться.