Серьёзное изменение ситуации в конфликте произошло после 1991 года. Воспользовавшись ослаблением режима С. Хуссейна после его поражения в Войне в Персидском заливе и введением США с их союзниками «беспилотных зон» иракские курды начали всеобщее восстание и взяли под фактический контроль огромные территории на севере Ирака. Турция отреагировала немедленно, проведя летом и осенью 1991 года серию крупных войсковых операций и массированных авиационных ракетно-бомбовых ударов по курдским лагерям на севере Ирака. Турецкие войска там стали находиться на постоянное основе, даже не получая согласие иракского правительства. Тем самым Турция пыталась сорвать попытку РНК взять под свой контроль весь Иракский Курдистан. При этом преследовались и политические цели: настроить иракских курдов против присутствия турецких курдов на их территории и ликвидировать инфраструктуру НОАК в Ираке силами местных курдов. В значительной мере это удалось: в 1992 году отряды Джаляля Талабани начали вооружённую борьбу против баз РПК и поддерживавших их отрядов Масуда Барзани. Вспыхнувшая в итоге гражданская война в Иракском Курдистане позволила турецким властям усилить блокаду турецкого Курдистана и добиться там определённых успехов. Другим успехом Турции стал союз с Масудом Барзани, вступившим в вооружённую борьбу против РНК в северном Ираке в 1992 году и причинившим ей тяжелые потери. В условиях хаоса в Иракском Курдистане вторжения войск Турции в этот регион стали регулярными, невзирая на недовольство США.
Крупнейшим успехом Турции в борьбе против РПК стал захват американскимиспецслужбами лидера этой организации Абдуллы Оджалана в Кении (15 февраля 1999 года). Незадолго до своего захвата (1 сентября 1998 года) Абдулла Оджалан призвал РПК объявить перемирие, а после захвата — стянуть все боевые силы на север Ирака. С этого момента партизанская борьба РПК пошла на спад. В августе 1999 года РПК заявила о выводе своих вооружённых формирований из Турецкого Курдистана. Среди руководства РПК усилились позиции сторонников мирных переговоров и поиска политических путей решения с официальной Анкарой. Казалось, многолетняя война близится к завершению.
В начале 2000-х боевые действия на юго-востоке Турции практически прекратились. Однако в 2005–2006 годах курдское сопротивление усилилось и курдские партизаны вновь активизировались. Как и ранее, они действовали с уцелевших или восстановленных ими баз на севере Ирака, но теперь к ним прибавились объекты на территории Сирии, где под контроль курдов перешли значительные районы в ходе гражданской войны и им достались значительные запасы вооружения. Нередко такие операции показывали высокую эффективность. Например 20 октября 2007 года курдские бойцы в ходе двух атак убили 14 и ранили 19 турков.
В феврале 2008 года турецкая армия провела самую крупную операцию против этих баз за последнее десятилетие.
К 2008 году число погибших в боевых действиях оценивалось примерно в 40 тысяч человек.
В августе 2011 года турецкая армия произвела серию безуспешных воздушных рейдов на территорию Иракского Курдистана.
13 сентября 2011 года министр внутренних дел Турции Наим Шахин заявил о намерении ввести турецкие войска на территорию Иракского Курдистана.
10 октября 2011 года в результате авиаудара по одной из баз РПК в Иракском Курдистане погибли 14 курдских партизан, среди них представители руководства РПК.
19 октября 2011 года в районе Чукурджа провинции Хаккяри курдские партизаны нанесли удар по 19 военным объектам, дислоцированным в районе, в результате чего, согласно официальному заявлению главы Генштаба Турции, потери турецкой армии составили 26 солдат. По данным близкого к РПК информационного агентства Firat, турецкая сторона потеряла 87 солдат убитыми и ещё около 60 ранеными, курдская сторона — 7 партизан убитыми.
21—23 октября 2011 года в результате продолжительных авиаударов по предполагаемым местам нахождения курдских партизан в районе Чукурджа погибли 36 курдских партизан. Курдская сторона и оставшиеся в живых очевидцы происшествия заявляют о применении химического оружия против курдских партизан. Турецкое военное командование опровергает обвинение. Ведётся расследование с участием немецких независимых экспертов.
25 июля 2015 года Рабочая партия Курдистана заявила о невозможности дальнейшего перемирия с Турцией. Это стало результатом бомбардировок турецкими ВВС территории Ирака, затронувших как территории, контролируемые Исламским государством, так и позиции курдов. Перемирие действовало с 2013 года в связи с необходимостью совместных действий против Исламского государства. Последовавшее затем вторжение турецких войск на север Ирака продолжается до сих пор.