Победитель приказал Кобаякаве Хидэаки и другим «тайсё», перебежавшим к нему из стана Исиды, преследовать их спасшегося бегством бывшего сюзерена и взять его замок Саваяму. Замок был взят (доблестно, но безуспешно оборонявшие его родичи Мицунари совершили над собой обряд «сэппуку»), но сам Исида Мицунари снова ускользнул и целую неделю скрывался от преследователей в густой лесной чаще на горе Ибуки.
6 ноября 1600 года злополучный Кацусигэ Исида был схвачен преследователями в селении Игути, доставлен в Киото и обезглавлен, как государственный преступник, недостойный почетной смерти от собственной руки, вместе с Кониси Юкинагой и буддийским воином-монахом Экэем Анкокудзи, фаворитом Тэрумото Мори, который сражался при Сэкигахаре, а также другими «тайсё» потерпевшей поражение «Западной Армии». Юкинаге Кониси, из уважения к его доблести, было предложено совершить над собой обряд «сэппуку», но Кониси, будучи ревностным христианином, даже под угрозой «утраты самурайской чести», наотрез отказался совершить грех самоубийства, и потому был обезглавлен наравне с другими осужденными.
Успех Токугавы в кровопролитной битве при Сэкигахаре еще больше укрепил его авторитет. Он щедро раздавал своим сторонникам новые земли, и с подчеркнутым пиететом относился к особе Божественного Тэнно, однако реальную власть, разумеется, оставил за собой. По его приказу были пересмотрены границы прежних провинций и округов. В 1614 году Иэясу Токугава, идя по стопам Хидэёси Тоётоми, но действуя несколько более мягкими методами, издал ряд указов, направленных против христиан, всячески ограничивая и осложняя их присутствие и жизнь в Стране Восходящего Солнца. Только в 1603 году, через три года после грандиозной битвы при Сэкигахаре, Иэясу Токугава официально получил от Божественного Императора Японии Го-Ёдзэя титул «сёгуна», положив тем самым начало сёгунату Токугава (1603–1667), последнему сёгунату в истории Страны Восходящего Солнца. Своей резиденцией и местопребыванием своего «бакуфу» он избрал город Эдо (известный ныне под названием Токио). Поэтому период правления «сёгунов» клана Токугава именуется в японской исторической традиции еще и «периодом Эдо».
Формально передав титул «сёгуна» сыну, Иэясу Токугава организовал составление «Уложения о самурайских родах» («Букэ сё хатто»), определявшего нормы поведения японских «боевых холопов» как на военной и гражданской службе, так и в личной жизни. В «Уложении о самурайских родах» были в сжатой форме кодифицированы традиции военно-феодального сословия Японии («бусидо»), дотоле передававшиеся в устной форме.
В области внешней политики Иэясу Токугава, в отличие от своего бывшего сюзерена Нобунаги Оды, сделавшего, как известно, ставку на «латнняи»-португальцев и союз с папой римским, главой римокатолической Церкви, предпочитал сотрудничать с голландскими торговцами – протестантами и заклятыми врагами католиков (дело дошло даже до того, что в 1637–1638 годах голландцы помогли войскам Иэясу подавить вспыхнувший в Симабаре, на севере острова Кюсю, мятеж крестьян и самураев, сохранивших верность христианству, в его римско-католическом варианте, вопреки строжайшему запрету на исповедание христианской веры, введенному Токугавой для своих японских подданных).
Английский моряк Уильям Адамс, прибывший в Японию на голландском судне в 1600 году, стал советником Токугавы по некоторым вопросам европейской политики. Его история послужила основой для сюжета книги и известного художественного фильма «Сёгун».
При Иэясу Токугаве голландские «заморские дьяволы» получили монополию на торговлю с Японией (впрочем, в порту Нагасаки существовала и китайская торговая фактория).
Два года спустя после получения от Божественного Тэнно титула «сёгуна» Иэясу Токугава отрекся от сёгунского титула в пользу своего сына Хидэтады Токугавы (главной целью данного шага было желание обеспечить наследование этого высочайшего, после Императорского, титула по линии собственной семьи).
Однако в действительности он продолжал зорко следить за политической жизнью, хотя формально удалился в Сумпу (Сидзуока), где посвятил свой досуг занятиям изящной словесностью.
Так в Стране Восходящего Солнца началась эпоха правления очередной династии «сёгунов», на этот раз – из «военного дома» Токугава, даровавшая стране мир на протяжении двух с половиной столетий. Лишь однажды, в начале XVII века, этот мир был ненадолго нарушен, когда Иэясу хитростью и силой оружия устранил достигшего к тому времени совершеннолетия Хидэёри Тоётоми – сына усопшего «тайко» Тоётоми Хидэёси, не пожелавшего отказаться от титула «сёгуна», завещанного ему отцом на смертном одре. Сын Тоётоми Хидэёси и его сторонники обосновались в городе Осака, остававшимся центром оппозиции власти Токугавы на протяжении пятнадцати последующих лет.