Важнейшим событием для самозванца стала его встреча с мнимой матерью — Марией Федоровной Нагой, в иночестве Марфой. Ее было приказано доставить из Никольского монастыря на Выксе, где опальная царица-инокиня находилась в ссылке. Встреча произошла в селе Тайнинском, куда Лжедмитрий выехал встречу Марфе. По свидетельству современников, они обнялись и плакали как мать с сыном. Что стояло за этой сценой и что творилось в душе царицы-инокини, мы никогда не узнаем. Не могли понять этого и современники. «Тово же убо не ведяше никто же, яко страха ли ради смертново, или для своего хотения назва себе его Гришку прямым сыном своим, царевичем Дмитрием», — пишет автор «Нового летописца». Впрочем, ранее он же утверждает, что самозванец послал к Марфе с угрозами ее родича Семена Шапкина: «Не скажет и быт ей убитой». Бывшую царицу поселили в Вознесенском монастыре, куда к ней на поклон не раз впоследствии приезжал самозванец. Нагие были возвращены из ссылки и получили богатые пожалования.
Самозванец торжествовал. Он сразу показал, что не собирается быть послушным орудием Боярской думы. Вскоре после вступления Лжедмитрия в Москву были обвинены в подготовке мятежа один из наиболее знатных бояр — князь Василий Иванович Шуйский и его братья. Только ходатайство царицы Марфы Нагой спасло боярина от смертного приговора, замененного ссылкой. Этим Лжедмитрий I нажил себе опаснейшего врага. Совершая одну ошибку за другой, новый царь и не собирался идти навстречу ни боярам, ни москвичам, ни своим польским друзьям и покровителям. В столкновение с послами польского короля Лжедмитрий I вступил сразу после своего воцарения, отказавшись принять грамоту, адресованную «великому князю всея Руси» (король не признавал царского титула московских государей). Вместо этого самозванец требовал от короля, чтобы тот именовал его «непобедимым цесарем», т. е. императором. Обещания территориальных уступок были забыты. Другой конфликт вскоре возник у Лжедмитрия с высшими иерархами. Предложенная им кандидатура нового патриарха — рязанского архиепископа, грека Игнатия, человека малоизвестного, с непонятным прошлым — прошла далеко не сразу. Однако самозванец настоял на своем. Игнатий, первым из иерархов признавший самозванца, был щедро награжден им и впоследствии оказал Лжедмитрию еще одну важную услугу.
Забегая вперед, отмстим, что взаимоотношения между Лжедмитрием I и духовенством долгое время считались враждебными. Ссылаясь на публицистические источники, историки писали, что Лжедмитрий I грабил монастыри и высказывал демонстративное пренебрежение православными обрядами. Однако, как установлено недавно В. И. Ульяновским, самозванец хотя и действительно брал у монастырей крупные суммы, но брал их для военных нужд — он готовился к войне с Турцией. Подобного рода займы были обычной практикой. Установлено, что новый царь подтвердил жалованные грамоты и льготы своих предшественников, данные иерархам и монастырям, и сам давал немалые вклады в различные обители. И все же, несмотря на проводившуюся Лжедмитрием традиционную политику по отношению к Церкви, духовенство приняло активное участие в подготовке переворота и свержении самозванца. Несомненно, ненависть духовного сословия к Лжедмитрию I была вызвана его личными качествами — беглый монах и расстрига, самозванец, пренебрегавший исполнением обрядов и симпатизировавший «поганым латинянам», — новый царь не имел шансов снискать симпатии ортодоксального московского духовенства.