13 апреля 1605 г., неожиданно для всех, скоропостижно скончался Борис Годунов. Летопись сообщает: «Случися царю Борису в царствующем граде сидети за столом в царском доме своем, обеднее кушание творяще по обычаю царскому и то отшествии стола того мало времени минувшю, царю же в постельной своей храмине седяще и внезапу случися ему смерть и, пад изше». Умирающего царя успели постричь в монахи с именем Боголеп, а на следующий день Москва принесла присягу царевичу Федору Борисовичу Годунову, единственному сыну покойного царя. Внезапная смерть государя вызвала множество слухов о том, что царь в ужасе и порыве раскаяния принял яд, однако более верным представляется известие, что причиной смерти Бориса Годунова стал апоплексический удар — паралич. Царь, хотя и не был стар, но в последние годы своего правления сильно хворал. Особенно тяжело дались царю месяцы упорной и, как оказалось, бесполезной борьбы с самозванцем, что и свело его в могилу. Годунов был похоронен в древней царской и великокняжеской усыпальнице — Архангельском соборе Московского Кремля.
Судьба царя Бориса связана с удивительным парадоксом — правитель, стремившийся оказать реальную помощь народу, повысить его благосостояние, укрепить военную мощь и внешнеполитическое положение державы, в народе не только не был популярен, но и наоборот, зачастую ненавидим. Причина подобного отношения к правителю крылась, вероятно, в том, что общество не могло простить ему стремительного возвышения до царского престола. В русских исторических повестях начала XVII в. Годунов часто называется «рабоцарем». Восхождение его на престол венчало процесс разрушения идеи незыблемости и недосягаемости царской власти, имеющей не земное, а небесное происхождение. «Первый, — писал о Годунове и Лжедмитрии I дьяк Иван Тимофеев, — был учителем для второго… а второй для третьего и для всех тех безымянных скотов, а не царей, которые были после них».
Избрание Годунова состоялось для большинства населения страны не вполне понятным образом — вряд ли выборным участникам Собора искренне доверяли, несмотря на то, что сама процедура была вполне честной. Если в мирное время вопрос о правах Годунова на трон не подвергался сомнению — никто особенно не задумывался об этом, — то в кризисные времена, которые наступили вместе с голодом, русские люди того времени справедливо задумались — а не карает ли Господь царство по грехам ложного царя? И поэтому появление самозванца, выдававшего себя за «истинного» царевича и наследника древней династии, правившей испокон века, оказалось очень своевременным, а его успехи — вполне ожидаемыми.
Современники оставили многочисленные характеристики царя Бориса: «Благолепием цветуще, образом своим множество людей превзошед… муж зело чюден, в расзуждении ума своего доволен и сладкоречив велми, благоверен и нищелюбив. И строителен зело о державе своей и многое попечение имея, и многое дивное особе творяше (всякие диковины создавал. —
«Борис был дороден и коренаст, невысокого роста, лицо имел круглое, волосы и бороды — поседевшие, однако, ходил с трудом, но причине подагры… Он был весьма милостив и любезен к иноземцам, и у него была сильная память, и хотя он не умел ни читать, ни писать, тем не менее, знал все лучше тех, которые много писали… за время своего правления он украсил Москву, а также издал многие добрые законы и привилегии… Одним словом, он был искусен в управлении и любил возводить постройки… но он больше верил священникам и монахам, нежели своим самим преданным боярам, а также слишком доверял льстецам и наушникам и допустил совратить себя и сделался тираном, и повелел извести все знатнейшие роды… и главной к тому причиной было то, что он допустил этих негодяев, а также свою жестокую жену (имеется в виду Мария Григорьевна Годунова, урожденная Скуратова-Бельская, дочь Малюты Скуратова. —
Наконец, английский посол Т. Смит отмечает, что царь «был рослый и дородный человек, своею представительностью напоминавший об обязательной для всех покорности его власти; с черными, хотя и редкими волосами, при правильных чертах лица, он обладал в упор смотрящим взглядом и крепким телосложением».
Трагическая фигура царя Бориса привлекала многих мыслителей, поэтов и драматургов. До сих пор историками не решен вопрос о том, виновен ли правитель в гибели царевича Дмитрия Углицкого. Свое видение событий Смутного времени и объяснение личной драмы царя предложили А. С. Пушкин в драме «Борис Годунов» и А. К. Толстой в драматической трилогии «Царь Федор Иоаннович» — произведениях, вошедших в сокровищницу русского театрального искусства.