Итак, состоялись поздней осенью того же 1868 г. общие выборы, причем платформой либералов было уничтожение государственной церкви в Ирландии. Либералы одержали полную победу, и Дизраэли, не ожидая открытия парламента, подал в отставку, а уже 1 декабря 1868 г. королева пригласила Гладстона образовать кабинет. «Моя миссия — успокоить Ирландию», — сказал он, узнав, что генерал Грей едет к нему с письмом от Виктории. На предполагаемую реформу он смотрел, по собственному признанию, как на «условие, необходимое для успеха всякой меры, направленной к обеспечению спокойствия и удовлетворению этой страны», т. е. Ирландии, и соответствующий билль не заставил себя долго ждать. Премьер быстро работал над последней отделкой законопроекта, и уже 1 марта (1869 г.) предложение Гладстона было внесено в палату общин. Оно сводилось к тому, что епископальная протестантская церковь в Ирландии объявлялась совершенно отделенной как от епископальной (государственной) церкви в Англии, так и от правительства Соединенного королевства. Из принадлежащих ирландской епископальной протестантской церкви 16 миллионов фунтов около половины (от 8 до 9 миллионов) предназначалось на удовлетворение и вознаграждение лиц и учреждений, материальные интересы которых затрагиваются этой реформой, а остальная сумма отходила в виде фонда на нужды благотворительности, на помощь населению в случае тех или иных неотвратимых бедствий и т. п. 24 марта билль прошел во втором чтении большинством 368 голосов против 250. Страшное возбуждение и негодование доносилось до Гладстона со стороны духовных лиц епископальной церкви в Ирландии. Не материальные убытки их страшили, а потеря того престижа, который им давало их «господствующее» положение. Многие из них называли министерство «кабинетом разбойников», другие намекали на необходимость сопротивляться вооруженной рукой… Ничего не помогло. 31 мая билль победоносно прошел в третьем чтении и затем поступил в палату лордов. Здесь борьба была труднее; лорды отчаялись в возможности совсем похоронить билль, но они решили зато насколько мыслимо увеличить материальные блага, которые должны остаться за церковью. Билль возвратился в палату общин после изменений, потребованных палатой лордов, но Гладстон, согласившись на самые небольшие денежные прибавки в пользу церкви, отверг главные требования лордов, и палата общин с ним согласилась. При новом обсуждении билля в палате лордов снова вышли затруднения; палата лордов, как и всегда при всяких прогрессивных начинаниях, играла роль тормоза. Но были пущены со стороны правительственной партии и вообще либералов угрожающие слухи, о назначении новых пэров королевой по совету Гладстона, чтобы набрать в верхней палате достаточно голосов для проведения реформы, угодной большинству народных представителей, но не угодной кучке наследственных законодателей.
Тем не менее это было даже не определенной угрозой, а именно лишь слухами; до такого мероприятия, крайнего из всех конституционных средств, не дошло. Не добившись сколько-нибудь серьезных уступок, лорды уступили, и 26 июля (1869 г.) акт об уничтожении государственного характера епископальной церкви в Ирландии был подписан королевой.
Впечатление, произведенное этим актом на католическое духовенство в Ирландии, было самым отрадным; он вызвал в этой среде чувство, близкое к энтузиазму. При том огромном влиянии, которое католическое духовенство имело в ирландском народе, Гладстон мог только радоваться непосредственным результатам своей политики, тем более, что и все более образованное городское население Ирландии также не скрывало своего удовольствия по поводу «закрывшейся раны», заставлявшей страдать национальное самолюбие. Но эта реформа была лишь первым шагом; вторым должна была стать попытка облегчить материальное положение многочисленнейшего слоя ирландской нации — крестьян-арендаторов.