Далее Гален переходит к обсуждению заболеваний сложных частей тела, продолжая отстаивать в своей классификации телеологический подход: «Те состояния, которые препятствуют функционированию органа не сами по себе, но постольку, поскольку причиняют вред органу, являются не болезнями, но причинами болезни. А если некое состояние, не причиняя вреда самой [сложной] части тела, препятствует ее функционированию, то его уже следует называть болезнью» (фрагмент 6).
Гален неоднократно подчеркивает, что все части тела созданы природой с целью выполнения определенной функции, следовательно, именно повреждения, нарушающие их функцию, и следует квалифицировать как болезни, нарушения, которые «приводят к повреждению действующей части тела», называются причинами болезней (фрагмент 6). Здесь Гален обращается в качестве примера к нарушениям функции нижних конечностей. Ранее он указывал, как неверное обращение с ребенком (неправильное пеленание, слишком ранняя или, наоборот, поздняя двигательная активность) может привести к косолапости или плоскостопию. Далее он указывает на то, что болезни могут стать следствием неверных действий врача: например, неграмотное лечение перелома также приводит к нарушению функции конечности. Нарушения функции (болезни) могут быть и врожденными, формируясь внутриутробно (фрагмент 7). Он разбирает вопрос о заболеваниях внутренних органов, вызываемых закупоркой каналов, через которые при их нормальном состоянии осуществляется дренирование полостей тела. Такая закупорка происходит как на поверхности тела (это Гален ранее иллюстрировал примерами воспалительных заболеваний — рожи и т. п.), так и во внутренних полостях. Однако этот процесс нельзя отождествлять с тезисом методистов о засорении пор. Более того, эта закупорка может быть как собственно заболеванием, так и следствием внешнего воздействия. Например, печеночная вена может быть поражена собственным заболеванием (флебит различного происхождения), а может быть пережата под давлением опухоли соседнего органа. Точно так же закупорка кишечника может являться болезнью, если вызвана воспалительным процессом внутри его, а может быть вторичным проявлением внешнего воздействия. Тогда необходимо говорить о двух болезнях. Ярким примером такой ситуации является развитие лихорадки при воспалительных заболеваниях. Судя по тому, какие примеры приводит Гален — лихорадка при рожистом воспалении, пустулах и т. п., — он имеет в виду не просто повышение температуры, но генерализацию заболевания — формы септицемии. Следует вывод: «…сама закупорка является болезнью, тогда как жидкости представляют собой ее причину. Итак, все болезненные состояния полостей, как являющиеся следствием закупорки, так и произошедшие от несоразмерного расширения, должны быть отнесены к болезненным изменениям структуры органов, так как во всех этих случаях происходит нарушение природного устройства [органа]» (фрагмент 7). Сходным образом Гален оценивает шершавость горла, вызывающую кашель. Здесь речь идет об ассоциации субъективной жалобы больного с объективно наблюдаемым симптомом. Гален прекрасно понимает, что конкретные субъективные ощущения больного означают воспаление или сдавление дыхательного канала.
Болезнь может быть следствием нарушения первоначального устройства органа, когда наблюдается как его недоразвитие (Гален использует слово «недостаток»), так и его «избыток». В качестве примера он приводит врожденную шестипалость (фрагмент 8). Речь идет именно о количественном принципе оценки, историкам медицины следует в таких случаях избегать использования понятий «аномалия» или «аномальное развитие». В медицине Галена еще нет разделения на нормальную и патологическую анатомию — оно возникает гораздо позже. Вариантом патологического «избытка» являются болезни, «полностью противоречащие природе», например, «гельминты (ἕλµινς) или аскариды (ἀσκᾰρίς), камни в мочевом пузыре, трихинеллез глаза, катаракта, гной, бородавки, кисты, жировые отеки, сальные опухоли, белые лишаи, проказа, струпья, известковые отложения в суставах и все, что бывает внутри нарывов» (фрагмент 8). Соответственно, вариантом «недостатка» части тела являются противоречащие «избытку» крайности, такие как атрезия костей. К болезненному избытку, может быть не совсем логично, Гален также относит заболевшие части тела, требующие резекции, — кариозные зубы или воспаленные части полового члена. Следующим примером «недостатка» частей тела он считает состояния их утраты вследствие болезни или несчастья: «Известны случаи, когда человек, сжав зубы от сильного мышечного напряжения, откусывал кончик языка. Затем, освободившись от спазма, он уже не может разговаривать, как раньше. К этой разновидности [повреждений] относится так называемое “отрубание” губ, носов, ушей и других частей тела, которые были утрачены в результате несчастного случая или пострадали от гниения и поэтому были полностью удалены» (фрагмент 8).