Увы, не все из детей казненного короля смогли порадоваться реставрации монархии и воцарению своего самого старшего брата, ставшего Карлом II. Принцесса Елизавета пережила отца всего на год, две другие сестры, Мария и Генриетта, вышли замуж, но умерли совсем молодыми. В сущности, из всей семьи у короля Карла II оставался только Иаков (Джеймс), герцог Йорский. Ему, своему единственному остававшемуся в живых брату, король и отдал дворец-тезку.
Итак, Сент-Джеймсский дворец снова стал семейным гнездом, как это было при Карле I. В 1662 и 1665 на свет появились дочери герцога и его первой супруги, Анны, принцессы Мария и Анна, которые впоследствии по очереди стали королевами Англии (сама же герцогиня Йоркская скончалась в 1671 году, в этом же дворце).
Когда в 1685 году герцог Йоркский сменил на троне своего брата и стал королем Иаковом II, он переехал в главную королевскую резиденцию, дворец Уайтхолл. Сент-Джеймс же перешел к его второй супруге, Марии Моденской. Очаровательная Мария, единственная дочь Альфонсо IV д’Эсте, герцога Моденского, была младше своего супруга на двадцать пять лет, но брак оказался весьма удачным. За исключением одного – Мария была католичкой, как и две ее предшественницы – королева-француженка Генриэтта-Мария, супруга Карла I, и королева-португалка Катерина Браганца, супруга Карла II. Сам король Иаков тоже был католиком, и политическое напряжение в стране, в частности, межу католиками и протестантами, нарастало.
Летом 1688 во дворце Сент-Джеймс, после пятнадцати лет брака, в королевской семье наконец появился на свет наследник, причем наследник католический – это стало последней каплей. Стране не нужен был следующий король-католик, и разразившаяся Славная революция заставила короля Иакова вместе с семьей покинуть не только дворец Сент-Джеймс, но и страну.
Новые король и королева, Вильгельм III и дочь Иакова, Мария II, не захотели жить в Сент-Джеймсе, и навещали его только время от времени, а в 1695 году, после смерти Марии, Вильгельм отдал дворец ее младшей сестре Анне. Анна была единственной наследницей бездетной королевской пары, так что старый дворец как следует привели в порядок. А всего несколько лет спустя, в 1698 году, сгорел Уайтхолл, так что главную королевскую резиденцию перенесли в Сент-Джеймс.
Когда после смерти своего зятя Анна стала королевой, она осталась в Сент-Джеймсе. Теперь дворец пришлось дополнить новым крылом, в котором находились покои правящей королевы, в том числе тронным залом и залом для официальных приемов (они сохранились и до наших дней). Именно в годы правления королевы Анны Сент-Джеймс стал не просто одним из королевских дворцов, как было ранее – он стал самым главным, и блестящий английский двор собирался именно там.