В Каунасе 23 июня 1941 г. литовские повстанческие группы захватили отделения милиции и несколько арсеналов[1066]. По оценкам ряда исследователей, в первые недели войны в Литве были активны до 130 тыс. повстанцев, которые нападали на отступавшие части Красной армии[1067]. В Риге 28 июня 1941 г. произошло антисоветское восстание. Рижская радиостанция провозгласила формирование «латвийского правительства». Контроль над городом был восстановлен Красной армией на следующий день[1068]. В Эстонии отряды антисоветских партизан («лесных братьев») нападали на мелкие подразделения Красной армии и советские учреждения. Отряды эстонских дезертиров совершали убийства советских воинов и диверсии на путях их отхода в районах Пскова и Выру, а также в Таллине. В начале июля 1941 г. «лесные братья» на время взяли власть в некоторых волостях Эстонской ССР. Советские воинские подразделения совместно с бойцами местных истребительных батальонов в июне и июле 1941 г. уничтожили 210 «лесных братьев»[1069].
Начало войны закономерным образом спровоцировало колоссальный рост бандитизма на всей территории СССР — в 11,9 раза[1070]. Наибольшая часть бандповстанческих групп носила чисто уголовный характер. В то же время часть их имела антисоветскую ориентацию. В Хабаровском крае появились повстанческие группы, созданные бывшими белогвардейцами. В Якутии с сентября 1941 г. действовала подпольная группа Коркина, в начале 1942 г. — Общество спасения России от большевизма. В ноябре 1941 г. в Краснодаре была раскрыта Партия нового порядка, которая ставила своей задачей «свержение Советской власти, восстановление капитализма, создание местного правительства после оккупации Кубани немцами, а также оказание помощи немецким оккупантам в проведении их мероприятий». Партия имела свою программу, которая называлась «Крах Советской империи и задачи русского народа», ей был намечен состав будущего местного правительства, подбиралась кандидатура для поездки в оккупированный Таганрог с целью установления связи с германскими властями. В январе 1942 г. в Усть-Лабинске (Краснодарский край) была раскрыта молодежная организация «Союз друзей России». В сводке прокуратуры особо подчеркивалось, что «все они являются комсомольцами». Организация провела с сентября 1941 г. около двенадцати собраний, на которых обсуждались программные вопросы и методы борьбы с советской властью с целью восстановления в СССР «буржуазного демократического строя». Методом действий был избран «призыв населения к восстанию». В том же регионе была выявлена армянская повстанческая группа. В Грузии националистические группы планировали поднять восстание при приближении оккупантов. В Армении возникли повстанческие группы курдов и мусаватистов. В Средней Азии с началом войны произошла общая активизация «басмаческих элементов». Антисоветские повстанческие группы действовали также в Узбекистане, Туркменистане, Киргизии, Казахстане и Таджикистане. Так, выявленная в Казахстане группа Омарова и муллы Туспекова ставила задачу создания независимого казахского государства[1071].
Политическая ситуация в национальных регионах Северного Кавказа была сложной и до войны. Значительная часть местного населения была недовольна правительственной политикой — в первую очередь коллективизацией сельского хозяйства. Во-вторых, среди некоторых народов региона отмечались отсутствие или слабость просоветской элиты, что создавало ситуацию постоянного кризиса в отношениях между властью и населением. Так, в Чечено-Ингушетии, после репрессий против «кулацко-мулльских элементов» в 1930-х гг. «устойчивость советской власти стала все более сомнительной», а «удары по органичной и далеко не советской социальной и культурной элите вайнахов привели к радикальному ослаблению среди них лояльности к Советскому государству»[1072]. По некоторым данным, в 1940 г. Генштаб РККА предлагал применить в отношении населения ряда регионов Северного Кавказа «специальные меры» в виде депортации[1073]. Так, на территории Чечено-Ингушетии антисоветские выступления происходили в 1925, 1930, 1932 гг. и январе 1941 г. В рамках проведенной с 20 сентября 1937 г. по 1 июля 1938 г. чекистско-войсковой операции в ЧИАССР были ликвидированы 82 банды в составе 400 человек. К началу 1941 г. в этой республике действовала 21 банда в составе 96 человек[1074]. В период с 1 января по 22 июня 1941 г. был выявлен 31 факт бандповстанческой активности[1075].