В то время как создание Совета по делам религиозных культов должно было служить урегулированию в конструктивном духе взаимоотношений между государством и конфессиями, положение Украинской греко-католической церкви (УГКЦ), после освобождения Красной армией территории Западной Украины, где проживало подавляющее большинство ее приверженцев, стало непрочным. Наличие на территории СССР Униатской церкви с ее 3,5 млн членов, без сомнения, оставалось проблемой для советского руководства потому, что униатство, во-первых, связывалось с проблемой украинского национализма, а во-вторых, рассматривалось как инструмент влияния Ватикана. В то же время ликвидация УГКЦ изначально не была единственным запланированным решением. Советское руководство рассчитывало на то, что удастся «советизировать» эту конфессию, так как к лету 1944 г. митрополит А. Шептицкий обозначил свою лояльность к советской власти. А. Шептицкий, получив чрезвычайные полномочия от папы Пия X, стал почти «патриархом униатов» и пользовался большим уважением среди населения Западной Украины. В сентябре 1944 г. он выступил на Соборе униатского духовенства с речью, в которой провозгласил, что не выступает против коммунизма, а также осудил УПА и ОУН-Б (в то же время это было его личным мнением, которое не разделяло большинство священнослужителей УГКЦ). Советское руководство приняло решение развить сотрудничество с А. Шептицким[1029], который пользовался большим авторитетом среди населения Западной Украины[1030]. Это начинание не удалось воплотить в жизнь, так как 1 ноября 1944 г. А. Шептицкий скончался.
После смерти главы УГКЦ советские органы власти продолжали действовать по отношению к этой конфессии осмотрительно. Немедленного отказа от диалога с ней не последовало. В декабре 1944 г. в Совете по делам религиозных культов был принят представитель УГКЦ архимандрит К. Шептицкий[1031]. Однако скоро стало очевидным, что «униатская проблема» не может игнорироваться в связи с ростом националистических проявлений на Западной Украине[1032] и взятого курса на борьбу с Ватиканом (были опасения, что УГКЦ может полностью перейти в католичество). Поэтому советское руководство приняло решение о ликвидации УГКЦ. В марте 1945 г. был арестован преемник А. Шептицкого митрополит И. Слипый, пять епископов и несколько священников УГКЦ. В апреле 1945 г. внутри УГКЦ была создана инициативная группа священнослужителей, заявивших о разрыве с Ватиканом[1033]. В 1946 г. эта группа осуществила ликвидацию УГКЦ и переход греко-католических приходов в РПЦ.
Непосредственное участие в ликвидации УГКЦ и возвращении ее в лоно православия принимала РПЦ. 19 марта 1945 г. патриарх Алексий издал послание «Пастырям и верующим греко-католической церкви, проживающим на древле-галицкой земле, в западных областях Украинской ССР», в котором он апеллировал к тому, что «сейчас… воссоединена русская земля в древних своих границах» и теперь все православные могли бы «молиться совместно в наших святых храмах едиными устами и единым сердцем». Патриарх призвал униатов порвать «узы с Ватиканом, который ведет… к мраку и духовной гибели» и «вернуться в объятия… родной матери — Русской Православной Церкви». В такой редакции послание патриарха Алексия было санкционировано В. М. Молотовым[1034]. Необходимость борьбы с униатством понималась советскими и партийными органами на местах. В частности, в уже упоминавшихся тезисах отдела пропаганды и агитации Дрогобычского обкома КП(б)У от 15 апреля 1945 г. ставилась задача «вести разговор со священниками греко-католической церкви в направлении идейного и организационного разрыва с римским католицизмом, за очищение греко-католической церкви от католизации, за ее идейное и организационное объединение с православным Востоком»[1035]. Хотя авторы тезисов были наказаны за такие идеи, они всего лишь немного предвосхитили ход событий.
Патриотические усилия Армянской апостольской церкви (ААЦ) во время войны, в частности издание обращений к верующим и сбор средств на строительство танковой колонны, названной по имени армянского национального героя Давида Сасунского, также не остались незамеченными[1036]. 4 сентября 1944 г. политбюро ЦК ВКП(б) дало согласие на созыв Собора ААЦ[1037]. 3 апреля 1945 г. глава ААЦ архиепископ Г. Чорекчян обратился к И. В. Сталину с просьбой разрешить восстановление Эчмиадзина, создание Духовной академии и типографии, издание журнала, возвращение храмов, открытие счета в Госбанке[1038]. 19 апреля 1945 г. состоялась личная встреча И. В. Сталина, В. М. Молотова, И. Н. Полянского с архиепископом Г. Чорекчяном[1039], на которой И. В. Сталин, «выслушав… доклад о ряде нужд Св. Эчмиадзина… дал этим вопросам положительное разрешение»[1040].