29 декабря 1938 г. в берлинской клинике Charité после операции на желудке умер советский дипломат и по совместительству резидент НКВД в Берлине старший лейтенант госбезопасности Александр Иванович Агаянц. Он был последним сотрудником резидентуры — за время Большой Чистки все остальные были отозваны в Центр. Из восьми операторов Корсиканца, пятеро было расстреляно. Не будем заниматься инсинуациями и обвинять врачей Charité в выполнении заказа Гейдриха. Вне зависимости от того, была ли смерть резидента случайной или нет, это был удар, окончательно подорвавший позиции советской разведки в Германии. Отныне Харнак, Леман и другие агенты не имели посредников, способных доставить их информацию в Москву.
Положение стало выправляться только девять месяцев спустя. В сентябре 1939 г. новым резидентом был назначен майор госбезопасности Амаяк Захарович Кобулов (оперативный псевдоним «Захар»). Эта фамилия хорошо знакома читателям, знакомым с закулисой сталинских спецслужб. Новый резидент был младшим братом заместителя Берия Б. З. Кобулова. В НКВД Кобулов-младший имел пожалуй не меньший фактический вес, чем молодой начальник разведки Фитин, но при этом не имел опыта работы в разведке — большая часть его чекистской карьеры прошла по линии Экономического управления ОГПУ — НКВД. Возможно, при назначении предполагалось, что он сосредоточится на добыче научно-технической информации, но вскоре оказалось, что в этом нет нужды, поскольку немцы и без того охотно делятся ею по официальным каналам.
Центр спешно укреплял резидентуру кадрами. В том же 1939 г. в Берлин прибыл недавний выпускник Центральной школы НКВД лейтенант ГБ Б.Н. Журавлев (оперативный псевдоним «Николай»), а в августе 1940 г. под прикрытием должности 3-го секретаря посольствав в качестве заместителя резидента был направлен опытный разведчик лейтенант ГБ А.М. Коротков («Степанов»). Он взял на себя большую часть работы. Всего же к февралю 1941 г. штат резидентуры составил 13 чел.
В сентябре 1940 года Коротков впервые после двухлетнего перерыва встретился с Брайтенбахом, а затем и с Корсиканцем. Выяснилось, что за время, которое Харнак находился без связи, его организация значительно выросла. Об этом свидетельствует доклад Короткова в Центр: