Папа проявил осторожность и не упомянул императора по имени, но все же предпринял смелый шаг, и воздаяние не замедлило совершиться. Ночью 5 июля его арестовали и доставили странным, кружным путем через Гренобль, Баланс и Ниццу в Савону. Здесь он оставался три года, пока его, жестоко страдающего от лихорадки (он даже соборовался), скорее мертвого, чем живого, не доставили в закрытой карете в Фонтенбло. В отличие от своего предшественника, скончавшегося во Франции в изгнании, ему суждено было возвратиться в Рим в мае 1814 г. Он прожил до 1823 г.; к этому времени христианский мир принял совершенно иной вид по сравнению с тем, каким знал его папа в ранние годы своего понтификата.
Осенью 1807 г., когда португальцы отказались закрыть свои порты для британских торговых кораблей, Наполеон отправил генерала Жюно — с которым мы уже встречались во время венецианских событий, происходивших десять лет назад, — с армией численностью 30 000 человек, дабы тот пересек Испанию и вторгся в Португалию. Португальская королевская семья тотчас бежала в Бразилию, оставив страну французам. Затем большая часть армии вторжения двинулась в северную Испанию. Тем временем Наполеон послал своего зятя, блистательного кавалерийского генерала Иоахима Мюрата, дабы тот занял Мадрид и привез испанского короля Карла IV и его сына Фердинанда к нему в Байонну. Там 5 мая 1808 г. они отреклись от права на трон; в обмен на это Наполеон пообещал, что Испания непременно останется независимой страной, где будет господствовать римско-католическая церковь, но власть в ней получит тот, чье имя он вскоре назовет. Через короткое время он сделал это: оказалось, что на трон должен взойти его брат Жозеф. Но правление Жозефа было обречено, даже не успев начаться. 2 мая жители Мадрида восстали против интервентов.
В Неаполе Жозеф Бонапарт, что называется, хорошо начал. По приказу своего брата он выступил с инициативой программы постепенной ликвидации гигантских феодальных владений в королевстве, реформировал монашеские ордена и сделал все, что мог, для урегулирования финансовой, образовательной и судебной систем. Однако в Неаполе он никогда не чувствовал себя счастливым, и когда Наполеон предложил ему испанскую корону, он с радостью согласился. Император заменил его в Неаполе Иоахимом Мюратом. Ради своего удовольствия Мюрат создал там дорого обходившийся, экстравагантный и несколько забавный двор, но продолжил работу, начатую Жозефом, проведя ряд важных социальных реформ, разделив на части огромные поместья и заменив давние, в чем-то устаревшие неаполитанские законы кодексом Наполеона. Ему суждено было оставаться в Неаполе вплоть до отбытия в 1812 г. на войну с русскими, во время которой он еще раз блеснул храбростью при Бородине. Однако будучи оставлен Наполеоном во главе отступающей, потрепанной армии, он, в свою очередь, покинул ее, пытаясь спасти свое Неаполитанское королевство. Когда известие о бегстве Наполеона с Эльбы достигло Италии, Мюрат, вернувшийся в Неаполь, одним из первых поддержал его, немедленно возглавив итальянскую армию. Но 3 мая, нарушив инструкции императора, он совершил неразумный поступок, атаковав большой австрийский контингент, и потерпел сокрушительное поражение при Толентино. Мюрат укрылся на Корсике и в октябре предпринял последнюю попытку вернуть Неаполь, но к этому времени терпение неаполитанцев кончилось. Они взяли его в плен и расстреляли.
Мадридское восстание было очень быстро и жестоко подавлено, но другие мятежи, начавшиеся в провинциях, распространились по всей Испании. Испанцы всегда отличались превосходным умением вести партизанскую войну. Они вытеснили французов из Валенсии, и генерал Пьер Дюпон, вторгнувшийся в Андалусию, в конечном итоге вынужден был сдаться вместе со всей своей армией при Байлене 23 июля. Теперь мятежники двинулись на Мадрид и через несколько дней изгнали оттуда Жозефа. К этому времени в события вмешались англичане: британские силы под командованием Артура Уэлсли — будущего герцога Веллингтона — высадились в Португалии 1 августа. Во многом благодаря этому французам, предпринявшим мощную контратаку, не удалось полностью подавить восстание.