Для Гиммлера же единственное, что имело значение, так это успех его операции и число ликвидированных поляков, или, выражаясь на тогдашнем жаргоне, «подвергнутых специальным мерам». В середине сентября он направил в район Катовиц с особым заданием новый эскадрон смерти – эйнзацгруппе фон Воирша для ликвидации там поляков и евреев. Они были соратниками в облавах на людей Рема, а теперь Гиммлер с его помощью начал новую фазу «восточной политики» рейха – депортацию 50 тысяч евреев из Данцига, Познани и Верхней Силезии в центральные области Польши. Появление группы Воирша, очевидно, было задумано как шоковый момент, чтобы еврейское население Силезии запаниковало и само двинулось в направлении Кракова. В это же время Гейдрих посетил Вагнера, замначштаба армии в Польше, и посвятил его в новый секретный план: сконцентрировать всех польских евреев в гетто для последующей отправки морем за границу. У Вагнера возражений не возникло. На другой день, 21 сентября, Гейдрих дал указание эйнзацгруппе сгонять евреев в глубь Польши.
Но то, что Гейдрих предупредил заранее армейское командование, оказалось его ошибкой. Солдаты неожиданно стали путаться под ногами. К тому времени в Польше уже был установлен военный оккупационный режим во главе с генерал-полковником фон Рундштедтом. Армия поделила Польшу на четыре военных округа, которыми командовали генералы, а во главе гражданской администрации стояли чиновники-нацисты. Военное руководство уже торжественно провозгласило, что «армия не рассматривает гражданское население как врагов. Все положения международного права будут соблюдаться». Однако акция СС, в первую очередь частей фон Воирша, выставила на посмешище армию с ее заверениями. К счастью, офицеры были еще способны препятствовать эсэсовским палачам. 20 сентября оперативный отдел 14-й армии докладывал, что в войсках неспокойно «из-за незаконных действий, предпринимаемых в военной зоне эйнзацгруппе Воирша (массовые расстрелы евреев). Солдаты особенно возмущены тем, что молодые люди, вместо того чтобы воевать на фронте, демонстрируют свою храбрость, стреляя в беззащитное гражданское население». Фон Рундштедт объявил, что дальнейшее пребывание частей Воирша в зоне действий вермахта является недопустимым, и Гиммлер уступил. Вдобавок военные потребовали, чтобы уже начатые меры против евреев были прекращены. И снова Гиммлер подчинился. 1 октября главное командование информировало штаб оккупационных войск, находящихся в Польше, что рейхсфюрер СС в скором времени издаст новые распоряжения эйнзацгруппе, поскольку приказ от 20 сентября был неверно понят.
Если бы вермахт был последовательным в своем давлении на Гиммлера, то, возможно, удалось бы остановить произвол на Востоке. Однако Гитлер знал своих генералов. Он быстро положил конец военному правлению в оккупационной зоне, в полной уверенности, что высшие офицеры только вздохнут с облегчением.
5 октября гауляйтер Форстер предстал перед фюрером и пожаловался на постоянное беспокойство, которым ему осаждают военные власти. В тот же день Гитлер вывел Западную Пруссию из-под армейской юрисдикции и передал ее под управление самого Форстера. Это и было началом конца власти военных на Востоке. К середине октября он создал совершенно новую систему управления оккупированной Польшей, заодно с новым лабиринтом полномочий и плодоносным полем для соперничества среди тех, кто надеялся отхватить кусок восточного пирога. Данциг и Западная Пруссия вошли в рейх в качестве нового округа – гау под управлением Форстера. Из Познани был сформирован еще один гау рейха – Вартенланд во главе с соперником Форстера Грейзером; часть Польши, граничившая с Восточной Пруссией, перешла к другому его сопернику – Эриху Коху, гауляйтеру Кенигсберга; Верхнюю Силезию решено было включить в состав Силезии под началом Йозефа Вагнера. Всю остальную территорию Польши, отделенную теперь и от Германии с запада, и от России – с востока, отдали под начало нацистского законника доктора Франка, получившего чрезвычайные полномочия.