Позже в период 1940–1942 гг. переходивших в Маньчжурию из СССР делили на настоящих перебежчиков и советских агентов, засылавшихся под видом перебежчиков, а с 1943 г. всех стали рассматривать только как советских агентов. Пытки стали применяться ко всем без исключения. Признавали только сознавшихся советских агентов, отношение к которым сразу менялось в лучшую сторону.
Для использования в разведывательной работе оставляли тех, кто был знаком с приграничными районами сопредельной советской территории. Были известны случаи обмена перебежчиками между хайларской и сахалянской ЯВМ, когда первая передавала второй перебежчика, знакомого с Амурской областью, а обратно брала перебежчика, знавшего Читинскую.
Японская военная миссия в своей структуре и деятельности претерпевала постоянные изменения и реорганизации. Так, в 1937 г. по инициативе сотрудника миссии Мацуда при харбинской ЯВМ был образован отдел по изучению советских средств связи (радио, телеграф, телефон). Этот отдел обрабатывал и систематизировал все добытые материалы о средствах связи. Его сотрудники лично опрашивали всех перебежчиков, работавших в СССР по этой линии.
В 1937 г. при харбинском бюро министерства иностранных дел Маньчжоу-Ди-Го был организован отдел военной миссии по изучению советской прессы, где работало много русских эмигрантов. В том же 1937 г. при особом отделе железнодорожной полиции был организован отдел по изучению советского ж.-д. транспорта, который просуществовал до 1941 г., после чего был переведен в харбинскую ЯВМ. Также в 1937 г. при особом отделе железнодорожной полиции организовался отдел ЯВМ по подслушиванию советских радиопередач. В 1944 г. и этот отдел был переведен в ИРУ КГВ. С 1937 по 1940 г. при почтово-телеграфных конторах имелись отделы по перехвату советских радиотелеграфных передач. Позже они также перешли в непосредственное подчинение харбинской ЯВМ (ИРУ КГВ).
Задачи разведывательной работы ЯВМ расширялись. До 1937 г. миссию интересовали главным образом войска и военные объекты. После 1937 г. проявился интерес ко всем отраслям экономики СССР, а особый упор делался на изучение топографических особенностей местности сопредельной территории.
Для проведения разведки на территории Советского Союза в 1939 г. при харбинской миссии стали организовываться различные разведывательные курсы и школы для русских эмигрантов. На них мобилизовывалась русская молодежь из числа учащихся различных учебных заведений, служащие учреждений и фирм. В 1940 г. окончившие эти школы и курсы стали прибывать на места, при миссиях организовались отделы агитации и пропаганды (АПО). Их сотрудники стали интересоваться политическими и экономическими сторонами жизни населения, мероприятиями ВКП(б) и советского правительства, а также местных властей, настроениями населения, характеристиками руководящего партийного и советского актива и пр.
Позже в ЯВМ прошла еще одна реорганизация, признаками которой явилось то, что увеличились штаты сотрудников японской национальности, прошло частичное сокращение штатов сотрудников русской национальности (за счет неспособных и не желающих работать в ЯВМ). Прошло увольнение второй и третьей категорий внештатных русских сотрудников ЯВМ (периодически привлекавшихся к разведывательной работе). Были реорганизованы: 3-й и 4-й отделы харбинской ЯВМ. Пополнились кадры разведывательной агентуры, сведенной в «партизанские» отряды, за счет демобилизованных из русских воинских отрядов.
Японская военная миссия стала главным оккупационным и разведывательным органом в Маньчжурии. В свою очередь, харбинская миссия являлась руководящим органом для всех других миссий в Маньчжурии и подчинялась, в свою очередь, штабу КГВ. По линии оккупационной деятельности ЯВМ руководила всей жизнью населения, в т. ч. и русской эмиграции, которая полностью от нее зависела.
Все маньчжурские учреждения в своей деятельности отчитывались перед ЯВМ. Это происходило на совещаниях, каждую неделю с приглашением губернатора, начальников полицейского и жандармского управлений, представителя командования гарнизона и глав всех государственных учреждений. На совещаниях под председательством начальника миссии разбиралась проделанная тем или иным учреждением работа, давались указания. По линии разведывательной работы ЯВМ занимала руководящее положение по отношению ко всем другим разведывательным органам Маньчжурии, направляя и контролируя их деятельность186
.События 1938–1939 гг. на оз. Хасан и р. Халхин-Гол не только показали военную слабость Японии, но и вскрыли серьезные недостатки в разведывательном обеспечении подготовки и хода боевых действий. Генерал Ш. Акикуса прямо указал: «…особенно ярко выразилась слабость харбинской военной миссии в части сбора информационно-разведывательных сведений о Советском Союзе»187
.