Советские военные не только не вмешивались во внутренние дела прибалтийских стран, но панически боялись, чтобы их уличили в попытках такого вмешательства. Правящие круги Эстонии признавали пунктуальное выполнение советской стороной положений договора. «Сейчас, – сообщал полпред Никитин в Москву, – ни у правительства, ни у буржуазных кругов нет никаких сомнений в том, что мы пакт выполним согласно духу и букве».
Если бы события в ту пору не развивались так быстро, то, возможно, что положение в Прибалтике и характер отношений СССР с Эстонией, Латвией и Литвой не претерпели бы серьезных изменений в течение долгих лет. Однако уже весной 1940 года ситуация в Европе резко изменилась. «Странная война» превратилась в обычную войну с танковыми марш-бросками, беспорядочным отступлением и окружением многотысячных войск, паникой среди мирного населения и капитуляциями армий и правительств. Германские армии за несколько часов без боя захватили Данию, за пару дней овладели почти всеми крупными городами и портами Норвегии, а затем за 5-7 дней – Голландией и Бельгией.
Один из руководителей компартии Эстонии тех лет X. Аллик впоследствии писал о влиянии германского блицкрига на правящие круги Прибалтики: «Если до сих пор часть прибалтийской, и особенно эстонской буржуазии была ориентирована на победу Англии и Франции в идущей борьбе, то теперь решительно победила прогерманская ориентация. Буржуазия не без оснований ждала, что после победы на Западе Гитлер обратит оружие на восток – против Советского Союза, и начала подготовку к созданию для него плацдарма». Американские исследователи балтийского происхождения Р. Мисиунас и Р. Таагепера констатировали: «Советы, очевидно, понимали, что в случае любого военного конфликта они не могут полагаться на балтийские государства как на своих союзников».
В то же время захват Голландии, Бельгии и Люксембурга показал советским руководителям, что через малые нейтральные страны Европы германские войска могут успешно прорваться к центру крупной державы. Аналогия между положением Голландии, Бельгии и Люксембурга относительно Парижа и положением Эстонии, Латвии и Литвы относительно Ленинграда и Москвы была полной. Тем временем из Прибалтики поступили сведения о том, что «под видом проведения «балтийской недели» и «праздника спорта»15 июня фашистские организации Эстонии, Латвии и Литвы при попустительстве правительств готовились захватить власть и обратиться к Германии с просьбой ввести войска в эти страны. Трудно сказать, насколько реальной была угроза путча или провокационного фарса, который бы помог правителям Прибалтики обратиться за помощью к Гитлеру, не дожидаясь осени 1940 года, но, вероятно, советские руководители расценивали эти сообщения в контексте международной обстановки.
В день, когда немецкие войска вступили в Париж, и за день до предполагавшегося фашистского путча в Прибалтике, 14 июня 1940 года, Советское правительство потребовало от Литвы немедленно сформировать новое правительство, которое было бы способно честно выполнять советско-литовский Договор о взаимопомощи и не препятствовать вводу «на территорию Литвы советских воинских частей для размещения в важнейших центрах Литвы в количестве, достаточном для того, чтобы обеспечить возможность осуществления советско-литовского Договора о взаимопомощи и предотвратить провокационные действия, направленные против советского гарнизона в Литве».
Схожие требования-были предъявлены 16 июня 1940 года правительствам Латвии и Эстонии. В Таллин, Ригу и Вильнюс были направлены эмиссары Сталина – А. Жданов, А. Вышинский и В. Деканозов, которые должны были наблюдать за формированием новых правительств. 15—17 июня на территорию Эстонии, Латвии и Литвы были введены новые контингента советских войск, чему правительства этих прибалтийских государств не стали чинить препятствий, и потому все обошлось без осложнений. Во многих городах Прибалтики население тепло встречало советские войска.
В то же время под видом помощи вступающим советским войскам эстонская полиция по приказу Л айдонера разгоняла митинги и арестовывала ораторов, приветствовавших Красную Армию. В Риге же при разгоне демонстрантов, вышедших приветствовать советские части, было ранено 29 человек, из них двое скончались. Однако советские войска не препятствовали действиям местной полиции, а Жданов запрашивал Москву: «Не следует ли вмешаться в это дело или оставить до нового правительства». Лишь получив сообщения о расстрелах в Риге и арестах в Таллине, Молотов 20 июня телеграфировал Жданову: «Надо твердо сказать эстонцам, чтобы они не мешали населению демонстрировать свои хорошие чувства к СССР и Красной Армии. При этом намекнуть, что в случае стрельбы в демонстрантов советские войска возьмут демонстрантов под свою защиту».