Тем временем Деканозов, Вышинский и Жданов вели переговоры о формировании просоветских правительств. Местные коммунисты настаивали на том, чтобы новые правительства состояли из членов компартий и их союзников, однако эмиссары Сталина не поддерживали этих предложений. В новом правительстве Эстонии во главе с И. Варесом преобладали социалисты и беспартийные, коммунистов же не было вообще. По настоянию Деканозова в правительство Литвы, которое сформировал В. Креве-Мицкевичус, вошел и министр финансов Э. Галанаускас, занимавший тот же пост при режиме Сметоны. Единственный коммунист в новом литовском кабинете занял пост министра внутренних дел. Лишь коммунисты Латвии добились включения четырех членов своей партии в новое правительство, которое возглавил беспартийный А. Кирхенштейн. В то же время президенты Латвии и Эстонии Ульманис и Пяте сохраняли свои посты. (Президент Литвы Сметона эмигрировал в Германию.)
Новые правительства пользовались широкой поддержкой населения Прибалтики. Комиссия АН Эстонской ССР в своем докладе, цель которого состояла в том, чтобы обосновать «противозаконность» вступления Эстонии в СССР, все же признала, что «большая часть народа Эстонии приветствовала новое правительство по различным причинам: демократически настроенная интеллигенция связывала с этим устремления к демократизации государственного строя, наиболее бедные слои населения надеялись на улучшение своего материального и социального положения, основная часть крестьянства добивалась уменьшения долгов, ложащихся на хутора, малоземельные и безземельные крестьяне хотели получить землю, коммунисты видели в этом один из этапов реализации своих программных требований. Это подтверждают многочисленные митинги, народные собрания, резолюции трудовых коллективов и программные документы созданных новых организаций».
В то же время специальные уполномоченные Кремля постоянно подчеркивали, что «демократические перемены» не приведут к изменению государственного устройства в этих республиках. Выступив в Риге на митинге, А. Вышинский закончил свою речь по-латышски: «Да здравствует свободная Латвия! Да здравствует нерушимая дружба между Латвией и Советским Союзом!»
Рекомендации полпреда К. Н. Никитина, которые он направил в Москву 26 июня, свидетельствовали о том, что полпредство в это время даже не помышляло о возможности установления в республике советских порядков, он предлагал лишь меры, укладывавшиеся в отношения СССР с дружественными зарубежными странами. В тот же день, 26 июня, первый секретарь полпредства Власюк, ссылаясь на указания Жданова, просил Москву выделить Всесоюзному обществу культурных связей с заграницей (ВОКСа) дополнительные средства «в 5000 крон в связи со значительным увеличением объема работы до конца года». Совершенно очевидно, что еще 26 июня Жданов, как и работники советских дипломатических учреждений в Таллине, исходил из того, что Эстония надолго останется «заграницей» со своей-«иностранной валютой».
Однако в считанные дни позиция советского руководства изменилась радикально. 30 июня Молотов стал убеждать премьер-министра Литвы Креве-Мицкевичуса в том, что для Литвы было бы лучше, если бы та вступила в Советский Союз.
Почему же это произошло? Не исключено, что в значительной степени такая перемена могла произойти под влиянием реакции Германии на действия СССР в Бессарабии и Северной Буковине. 23 июня 1940 года Молотов вызвал Шуленбурга и сообщил, что «решение бессарабского вопроса не требует отлагательства». Хотя в секретном протоколе от 23 августа 1939 года Германия объявляла о своей незаинтересованности в Бессарабии, заявление Молотова, по словам У. Ширера, вызвало «тревогу в вермахте, которая распространилась на Генеральный штаб». Возникли опасения, что Советский Союз намерен завладеть Румынией, от нефти которой зависела судьба всех военных операций Германии.
Когда король Румынии Кароль II обратился к Гитлеру за помощью, тот порекомендовал ему принять советские требования. Однако, по словам Риббентропа, фюрер был «ошеломлен», узнав, что СССР потребовал от Румынии помимо Бессарабии эвакуации также Буковины, населенной украинцами. С точки зрения Гитлера, эта земля была населена «преимущественно немцами» и являлась «исконной землей австрийской короны». Как утверждал Риббентроп, Гитлер «воспринял этот шаг Сталина как признак русского натиска на Запад». 24 июня 1940 года Гитлер в узком кругу заявил о намерении захватить Украину, хотя тут же оговорился, что это вопрос не будет решаться в ближайшие недели. Вероятно, советское правительство узнало о такой реакции Гитлера и решило форсировать укрепление своих позиций на всем протяжении будущего советско-германского фронта, в том числе и в Прибалтике.