Микоян писал: «Шло время. Вознесенский не имел никакого назначения. Сталин хотел сперва направить его в Среднюю Азию во главе Бюро ЦК партии, но пока думали, готовили проект, у Сталина, видимо, углубилось недоверие к Вознесенскому. Через несколько недель Сталин сказал, что организовать Бюро ЦК нельзя, потому что если Вознесенский будет во главе Бюро, то и там будет обманывать. Поэтому предложил послать его в Томский университет ректором. В таком духе шли разговоры. Прошло месяца два. Вознесенский звонил Сталину, Сталин его не принимал. Звонил нам, но мы тоже ничего определенного сказать не могли, кроме того, что намечалось. Потом Сталин принял решение – вывести Вознесенского и из состава ЦК». Разумеется, и это решение было принято не единолично Сталиным, а всем руководством страны.
К этому времени произошло падение и другого кандидата на роль преемника Сталина – А. А. Кузнецова. И в этом случае решающую роль сыграло свидетельство обмана. Были установлены факты фальсификации результатов выборов на ленинградской партконференции, к которой оказались причастны некоторые руководители горкома и обкома. К этому добавилось сообщение о том, что в ходе проведения в Ленинграде Всероссийской ярмарки в январе 1949 года было загублено немало продовольствия, что было скрыто от правительства. Эти сообщения настроили Сталина не только против Кузнецова, но и других руководителей Ленинграда и Ленинградской области. По словам Микояна, Маленков и Берия «как-то сумели убедить Сталина отправить Кузнецова на Дальний Восток, для чего придумали идею создать Дальневосточное бюро ЦК… Как и Среднеазиатское бюро ЦК для Вознесенского, это было придумано специально как некая ступенька на случай, если Сталин не согласится на более суровые меры».
Раз поверив в склонность Вознесенского, Кузнецова и других к обману, Сталин утратил к ним доверие и был готов поверить и другим обвинениям, свидетельствовавшим об их лжи и коварстве. К тому же не только Берия и Маленков, но и другие члены Политбюро собирали компромат на своих соперников из «ленинградской группы». Сведения, которые в конечном счете легли в основу так называемого «ленинградского дела», включали обвинения в том, что Кузнецов и Вознесенский противопоставляли Ленинград Москве, РСФСР – остальному Союзу, а потому планировали объявить город на Неве столицей Российской Федерации и создать отдельную компартию РСФСР (до 1990 года отдельной организации коммунистической партии в России, подобно тем, что существовали в других союзных республиках, не было). Вскоре против Кузнецова, Вознесенского и других были выдвинуты обвинения в попытке антиправительственного заговора и измене Родине. Хотя Хрущев изображал дело так, что он не имел никакого отношения к поддержке этих обвинений, в своих мемуарах он признался: «Допускаю, что в следственных материалах по нему может иметься среди других и моя подпись». Вероятно, помимо Хрущева арестовать этих людей требовали и другие члены Политбюро.
Весной 1949 года Вознесенский, Кузнецов, Родионов, а также секретарь Ленинградского горкома партии Попков были арестованы. Вскоре в Ленинграде было арестовано около 200 человек (а не 2000, как утверждает Э. Радзинский). В конце сентября 1950 года ведущие фигуранты по «ленинградскому делу» были преданы закрытому суду, который состоялся в Ленинграде в присутствии 600 человек из партийного актива города. Обвиняемые были присуждены к высшей мере наказания и расстреляны. Из тех, кого причисляли к «ленинградской группе», уцелел лишь Косыгин, но его положение пошатнулось, и после XIX съезда он был введен в состав вновь созданного Президиума ЦК КПСС лишь в качестве кандидата. («Ленинградское дело» ударило и по Микояну, сын которого женился на дочери Кузнецова накануне ареста последнего.)
Разгром «ленинградской группы» способствовал укреплению позиций ряда лиц, оставшихся в Политбюро. Как справедливо отмечал Судоплатов, «в последние годы правления Сталина в небольшой круг руководителей входили Маленков, Булганин, Хрущев и Берия». Сталин имел основания быть довольным ими, так как большинство из них (вероятно, за исключением Булганина) отличалось исключительной трудоспособностью и настойчивостью в проведении решений, принятых на Политбюро. Однако Сталин вряд ли мог доверить им с легким сердцем руководство страной, поскольку до «ленинградского дела» он не видел ни в одном из них своего возможного преемника. И хотя, вероятно, он не сомневался в виновности членов «ленинградской группы» в обмане, а возможно и в тайном заговоре, Сталин вряд ли не разглядел корыстные мотивы «обличителей» Вознесенского и других. В то же время он прекрасно понимал, что в условиях «холодной войны» малейший намек на раскол в руководстве страны будет использован врагами СССР и может даже спровоцировать войну. Поэтому в стране не было объявлено о «ленинградском деле», аресте Вознесенского, Кузнецова и нескольких десятков других лиц. Просто во время очередного праздника портреты Вознесенского перестали вывешивать вместе с другими портретами членов Политбюро.