Как писал Судоплатов, «в октябре 1946 года… только что назначенный министром госбезопасности Абакумов в письме вождю обвинил руководителей Еврейского антифашистского комитета в националистической пропаганде, в том, что, по его мнению, они ставят еврейские интересы выше интересов советской страны». Позже «к Сталину поступили оперативные материалы о том, что Михоэлс якобы стремится заручиться поддержкой его зятя Г. Морозова (муж Светланы Аллилуевой с 1944 года. – Прим. авт.), чтобы обеспечить в советском руководстве выгодное ему решение вопроса по улучшению положения еврейского населения и еврейской культуры». Ссылаясь на те сведения, которые он узнал в апреле 1953 года, Судоплатов писал, что «Михоэлс был ликвидирован в так называемом специальном порядке в январе 1948 года». Эта операция, по словам Судоплатова, была осуществлена под руководством заместителя Абакумова Огольцова и министра госбезопасности Белоруссии Цанава. Михоэлс был приглашен на дачу Цанавы, ему сделали смертельный укол, и он был брошен под колеса грузовика. Судоплатов утверждал, что спецоперация проводилась с ведома Сталина.
Иную интерпретацию этих событий предложил В. Аллилуев: «9 января 1948 года И.И. Гольдштейн в ходе следствия показал, что С.М. Михоэлс, находясь в США, вступил в контакт с сионистскими кругами, которые впоследствии проявляли большой интерес к браку Светланы с Григорием Морозовым… После этих показаний арест Соломона Моисеевича был бы неизбежен. Трагическая гибель в январе 1948 года спасла его от тюрьмы. Но вот кому эта гибель была нужна, это не пустой вопрос. Думаю, Сталин в этом был абсолютно не заинтересован. Скорее всего опасались живого Михоэлса сионистские круги, которые могли быть засвечены в ходе неизбежного следствия. Тем более, что распад брака Светланы и Григория показал бесплодность их усилий. Зато его гибель можно использовать для очередного запугивания еврейской интеллигенции, подбивая ее к эмиграции».
Вопрос об эмиграции евреев из СССР остро встал после создания государства Израиль. С первых же сессий Генеральной Ассамблеи ООН СССР всемерно поддерживал создание двух государств – еврейского и арабского – на территории Палестины, находившейся под британским управлением по мандату Лиги Наций. Это обстоятельство способствовало на первых порах развитию дружеских отношений между СССР и руководителями будущего еврейского государства. Однако вскоре выяснилось, что новое государство Израиль, провозглашенное 14 мая 1948 года, целиком зависит от США и еврейских кругов американской буржуазии. Установленные же отношения между СССР и Израилем стали использоваться как еще один канал влияния Запада на советских людей еврейской национальности, как инструмент психологической войны против СССР.
Прибытие в Москву осенью 1948 года первого посла Израиля в СССР Голды Меир сопровождалось демонстрациями солидарности многих евреев столицы с новым государством. В своей биографии Сталина Эдуард Радзинский вспоминал: «Невиданная толпа в полсотни тысяч человек собралась перед синагогой, куда в еврейский Новый год пришла Голда Меир. Тут были солдаты и офицеры, старики, подростки и младенцы, высоко поднятые на руках родителей. «Наша Голда! Шолом, Голделе! Живи и здравствуй! С Новым годом!» – приветствовали ее. «Такой океан любви обрушился на меня, что мне стало трудно дышать, я была на грани обморока», – напишет Голда в своих мемуарах. И она сказала многотысячной толпе: «Спасибо! Спасибо зато, что вы остались евреями»… На приеме в МИДе к Голде подошла жена Молотова Полина и заговорила с ней на идиш. «Вы еврейка?» – изумилась Голда. «Я дочь еврейского народа», – ответила Полина».
Хотя СССР занял нейтральную позицию в ходе первой арабо-израильской войны, было очевидно, что многие лица еврейской национальности не скрывали своих симпатий к государству Израиль в этой войне. Мой отец вспоминал, как видный руководитель первого главного управления восхищался: «Здорово наши бьют арабов!». Знаменитый ученый подарил всю денежную часть Сталинской премии за атомные исследования московской синагоге, где незадолго до того состоялась массовая демонстрация солидарности с послом Израиля.
Подобные заявления и действия зачастую истолковывались как противопоставление этнических уз советскому патриотизму. Сведения о «проявлениях еврейского национализма» собирались и комментировались соответствующим образом в МГБ и в ЦК ВКП(б). Реакцией на эти сообщения стало решение ограничить число евреев на руководящих управленческих постах и добиться большей пропорциональности в представительстве различных этнических групп. Многие евреи, занимавшие важные должности, были перемешены на менее ответственные посты. При этом зачастую отправляли в отставку тех, кто был чужд националистическим настроениям до своего отстранения с высокого поста, но быстро заражался этими настроениями после опалы.