Осознав, что Берия снова в фаворе, а над ним сгущаются тучи в связи с расследованием по письму Лидии Тимашук, Власик нанес контрудар по кругам, близким к Берии. «Во время последней поездки Сталина в Грузию в 1951 году, когда мы жили в Боржоми и Цхалтубо, ко мне поступили сведения от замминистра путей сообщения Грузии, сопровождавшего наш состав, о неблагополучном положении в Грузии, – писал Власик. – При поступлении в вузы требовалась взятка в размере 10 тысяч рублей, и вообще о процветании взяточничества в Грузии. Я доложил об этом Сталину. Он вызвал министра госбезопасности Грузии, который подтвердил, что такие факты действительно имели место и виновные были привлечены к ответственности. По возвращении в Москву было созвано Политбюро, на котором Сталин информировал членов правительства о положении в Грузии, в частности о взяточничестве. В результате расследования вышеизложенные факты подтвердились. Первый секретарь ЦК партии Грузии Чарквиани был снят с работы и другие виновные тоже понесли наказание». Как отмечает Судоплатов, Чарквиани сменил давний враг Берии Мгеладзе.
Начавшись как чисто уголовное дело в связи с фактами взяточничества в Грузинской ССР, расследование обросло обвинениями лиц мегрельской народности в заговорщических связях с зарубежными странами. Поскольку сам Л.П. Берия принадлежал к этой народности Грузии, расследование выявило связи между ним и арестованными. При этом Судоплатов, как и многие, утверждает, что «мегрельское дело» было задумано Сталиным, чтобы убрать Берию. Зачастую ссылаются на фразу, которую яко бы сказал Сталин о том, что в этом деле надо искать «главного мегрела». Однако этим версиям противоречит то обстоятельство, что самому Берии было поручено возглавить комиссию по расследованию «мегрельского национализма». 6 ноября 1951 года в разгар расследования Л. П. Берия, сделал доклад на торжественном собрании в Москве о 34-й годовщине Октябрьской революции, и наконец при жизни Сталина положение Берии осталось прочным. Из этого скорее всего следует, что усилия Власика поколебать положение Берии не увенчались успехом, но очевидно, если бы этим делом занялся лично Сталин, то не понадобилось бы много времени, чтобы «главный мегрел» был бы обнаружен и Берия оказался бы в опале. В то же время Берия знал о роли Власика в провоцировании расследований в Грузии. Власик писал: «Берия никогда не мог мне этого простить. Это еще больше восстановило его против меня, и он стал ждать удобного случая, чтобы скомпрометировать меня перед Сталиным».
«В мае 1952 года, – вспоминал Власик, – мне заявили, что в Управлении охраны не все благополучно. (На самом деле очевидно раньше. – Прим. авт.) Сталин предложил создать комиссию для проверки работы возглавляемого мною Управления охраны под председательством Маленкова, который настоял на том, чтобы ввести в комиссию Берию. С первого заседания было видно, что руководит комиссией не Маленков, а Берия». По словам Власика, подсчеты расходов на содержание дачи были произвольно завышены. «Получилась баснословная сумма, которую и доложили т. Сталину, не дав ни мне, ни моему заместителю объяснить, каким образом получилась эта сумма, ее ошибочность».
По мнению же члена этой комиссии генерала В.С. Рясного, Н.И. Власик вопиющим образом злоупотреблял своим служебным положением, и Сталин был возмущен, когда его ознакомили с итогами работы комиссии. Как вспоминал Рясной, «Сталин потом сам смотрел все выкладки… «Это что, я столько съел, столько износил одежды? – шумел Сталин. – Я одни ботинки который год ношу! А тут еще одна селедка у Власика десять тысяч рублей стоит!» По словам Рясного, Сталин «поразился тому, что селедка, которую ему подавали на стол, стоила на бумаге в тысячу раз дороже обычной. «Это что же за селедка такая! – возмутился Иосиф Виссарионович. – Пусть Власик посидит и подумает, что почем в нашем государстве». 29 апреля 1952 года ветеран охранной службы был отстранен от должности, а 16 декабря 1952 года арестован.