Как писал В. Кожинов,«18 ноября 1950 года за резкие «антисоветские высказывания был арестован врач Я.Г. Этингер. Допрашивавший его старший следователь по особо важным делам подполковник М.Д. Рюмин обвинил его в убийстве в 1945 году секретаря ЦК А.С. Щербакова, а также других высокопоставленных пациентов. Но Абакумов, к которому был затем доставлен Этингер, после допроса последнего заявил, что «ничего, совершенно ничего связанного с террором, здесь нет».
Однако вскоре Рюмин добился признания своей правоты, обратившись к Маленкову. Очевидно, что к этому времени, как это обычно бывает в коллективе, сотрудничество Маленкова, Берии и Абакумова после разгрома «ленинградской группы» сменилось соперничеством. Как указывал Судоплатов, весной 1951 года секретарь Маленкова Суханов принял в приемной ЦК Рюмина, которому помог составить письмо Сталину с обвинениями против своего шефа Абакумова. Последний обвинялся в том, что не дал ход делу по «заговору сионистов». Рюмин сообщал, что по вине Абакумова Этингер умер во время допроса в тюрьме. Возможно, против министра были выдвинуты и другие обвинения. Так, Судоплатов при встрече со Сталиным в конце февраля 1953 года, напоминал ему об ответственности Абакумова за внезапную отмену тщательно подготовленной диверсии против американских складов с горючим с Инсбруке, в Австрии.
В результате этой диверсии могла быть сорвана операция по снабжению Западного Берлина по «воздушному мосту» во время берлинского кризиса 1948—1949 годов. В конце июля 1951 года Абакумов был арестован, и некоторое время пост министра государственной безопасности оставался вакантным. Очевидно, что предложение об отставке и аресте Абакумова мог внести лишь влиятельный член Политбюро, каким был Маленков, и соответствующее решение было принято лишь с согласия Сталина.
Исполнявший обязанности министра госбезопасности Огольцов начал расследование «дела о заговоре Абакумова», в ходе которого были арестованы видные руководители МГБ. Среди них было немало лиц еврейской национальности. Был арестован, в частности, Майрановский, который возглавлял токсикологическую лабораторию МГБ, в которой готовились яды.
В 1951 году из архива Сталина было извлечено письмо Лидии Тимашук, заведующей кабинетом электрокардиографии кремлевской больницы. Еще 29 августа 1948 года, за 2 дня до смерти Жданова, она написала заявление, в котором утверждала, что Жданова лечили, игнорируя показания его кардиограммы о наличии инфаркта миокарда. В своем заявлении она указывала, что Егоров и Виноградов «предложили ей переделать заключение, не указывая на инфаркт миокарда». 30 августа министр госбезопасности Абакумов направил заявление Тимашук Сталину, а тот написал резолюцию «В архив». (По словам Судоплатова, «реакция Сталина» на письмо Тимашук «выразилось в презрительном «чепуха».)
В своем закрытом докладе Хрущев так изложил историю письма Тимашук: «На самом деле не было никакого «дела», кроме заявления женщины-врача Тимашук, на которую, по всей вероятности, кто-то повлиял или же просто приказал (кстати, она была неофициальным сотрудником органов государственной безопасности) написать Сталину письмо, в котором она заявляла, что врачи якобы применяли недозволенные методы. Для Сталина было достаточно такого письма, чтобы прийти к немедленному заключению, что в Советском Союзе имеются врачи-вредители. Он дал указание арестовать группу видных советских медицинских специалистов. Он лично посоветовал, как следует вести следствие и какие методы применять при допросах арестованных. Он сказал, что академика Виноградова следует заковать в кандалы, а другого избить».
О лживости этой версии свидетельствует хотя бы то, что письмо Тимашук, направленное Сталиным в архив, пролежало там почти три года. Следует также учесть, как подчеркивал Судоплатов, что «Тимашук никого не обвиняла в заговоре. В письме она лишь сигнализировала об имевших место недостатках и упущениях в обеспечении лечением руководителей партии и государства». Судоплатов считал, что «по этой причине текст письма так до сих пор и не опубликован, в нем излагаются, по существу, взаимные претензии лечебного персонала друг другу, как правило, склочного характера». Публикация текста доказала бы также несостоятельность постоянных утверждений о том, что Лидия Тимашук руководствовалась антисемитскими мотивами. Дело в том, что среди врачей, которых она обвиняла, не было ни одного еврея.