В аналитической записке петербургского департамента полиции по поводу ситуации в столичных организациях РСДРП в конце 1908 года говорилось: «После общего упадка работы с весны текущего года, когда были арестованы многие члены Центрального и партийного комитетов и многие районные работники, работа в районах почти прекратилась, все лето прошло при крайне пониженном настроении… Невский район. Существует районный комитет и исполнительная комиссия, которая собирается очень редко… Петербургский район. С марта месяца, после провала, работы нет совершенно… Городской район. Работы большевиков совершенно нет. Меньшевики, руководящие районом, ведут работу просветительную и занялись проповедью легальной рабочей партии, ведя открытую агитацию против партии и в частности против Центрального и партийного комитетов… Московский район. Работа с зимы не налаживается. Связи с ЦК нет. Настроение угнетенное… Выборгский район. Существует два кружка очень низкого типа. Есть гектограф. Работа очень плоха… Железнодорожный район. Работы нет совершенно… Окружной район. Работы нет Василеостровский район. Партийной работы нет… Общее заключение Работа местной социал-демократической организации крайне ослаблена – нет профессионалов, равно средств, хотя бы немного приличной техники…» В подобном состоянии пребывали и многие другие подпольные организации РСДРП.
Переживали кризис и партийные органы, находившиеся за границей. Победа большевиков на V съезде РСДРП не привела к принятию партией ленинского курса. Напротив, разногласия внутри РСДРП после лета 1907 года по мере отступления революции усилились. В январе 1908 года меньшевики (Мартов, Дан, Аксельрод и другие) провели конференцию в Женеве, на которой приняли решение создать свой заграничный орган – «Голос социал-демократа». Многие меньшевики стали призывать к ликвидации существовавших партийных институтов, включая ЦК РСДРП, демонтажу нелегальной организации партии и переходу исключительно к легальным формам работы. Сторонников этой точки зрения стали именовать «ликвидаторами».
Некоторые большевики призывали отозвать депутатов от РСДРП из Государственной думы и отказаться от всех легальных форм работы и подпольно готовиться к новому революционному выступлению. Сторонников этой позиции называли «отзовистами». На III общепартийной конференции, состоявшейся в ноябре 1907 года в Финляндии, «отзовисты» преобладали среди большевиков.
Сходную позицию заняла и сложившаяся в 1908 году группа большевиков, именовавшаяся «ультиматистами» (В.Л. Шанцер, М.Н. Покровский, Г.А. Алексинский, А.В. Луначарский, М.Н. Лядов). В отличие от «отзовистов», призывавших к немедленному бойкоту Думы, «ультиматисты» предлагали отозвать депутатов из Думы в том случае, если они не объявят о своем беспрекословном подчинении указаниям ЦК РСДРП.
Одновременно в партии возникли споры и по вопросам марксистской философии. Один из вождей «ультиматистов» А. Луначарский в своей работе «Религия и социализм» считал необходимым определить место социализма среди религиозных систем. Луначарский называл социализм «новой религией», «религией труда» и призывал «сбросить ветхий плащ серого материализма». Активным сторонником Луначарского стал меньшевик В. Базаров, автор работ «Богоискательство и богостроительство», «Христиане третьего завета и строители башни Вавилонской». Это направление, к которому присоединились П. Юшкевич, Н. Валентинов, получило название «богостроительства».
Стремясь преодолеть противостояние духовного и материального начал, Базаров, Луначарский, Богданов и другие опубликовали сборник статей «Очерки по философии марксизма», в котором выступили за соединение марксизма с философией эмпириокритицизма, изложенной в работах австрийского физика и философа Эрнста Маха и швейцарского философа Рихарда Авенариуса.
В 1909 году руководители «отзовистов», «ультиматистов», «богостроителей» (А. Луначарский, А. Богданов, Г. Алексинский) создали на острове Капри (Италия) свою школу. В работе Каприйской школы активное участие принял Максим Горький. В конце 1909 года Каприйская школа стала издавать свою газету «Вперед», обвинявшую Ленина и ЦК в меньшевизме.
Одновременно активизировал свою деятельность Троцкий, который, начиная с V съезда РСДРП, предпринимал попытки, играя на противоречиях внутри партии, занять «надфракционную», центристскую позицию «беспристрастного арбитра», а затем и лидера социал-демократии России. В конце 1907 года Троцкий организовал издание эмигрантской газеты «Правда».