По его инициативе правительство издало резолюцию по формированию судов чести во всех центральных аппаратах советского государства для проверки наличия антипатриотических, антигосударственных и антисоциальных действий тамошних чиновников, и работников. Во исполнение постановления суд чести министерства здравоохранения проверил случай Клюевой и Роскина, действовали ли они корректно, или нет, передав секреты советской медицинской науки иностранцам. В своём представлении суду чести Жданов указал, что двое учёных действовали индивидуалистически и без согласования с вышестоящими.
Но обвинений в преступных действиях Клюевой и Раскину не предъявлялось. Решением так называемого суда чести было указано, что этот случай должен стать политическим и идеологическим уроком опасности сношения с иностранцами. (Этот судебный процесс прошёл публично, перед аудиторией в 800 человек). Центральный Комитет дал закрытый циркуляр для членов партии: «О деле профессоров Клюевой и Роскина». Документ критиковал «раболепие и пресмыкательство перед иностранцами», призвав «воспитывать советскую интеллигенцию в духе советского патриотизма», и предостерегая против «низкопоклонства, и раболепия перед западной буржуазной культурой».
Патриотический императив был очевиден также в так называемом деле Лысенко. Трофим Лысенко, советский биолог, специализировавшийся на растениеводстве, полагал, что на пробретение новых свойств растений может влиять наследственность и окружающая среда. Его взгляды привели к конфликту с советскими генетиками, которые утверждали, что наследование, это функция генов, а не влияние изменений окружающей среды, или научных манипуляций над природой.
Продолжительные дебаты между этими двумя фракциями в советской биологии закончились неожиданным разворотом событий в аперле 1948 года, когда Юрий Жданов, сын Андрея, стоявший во главе научной секции ЦК, выступил с лекцией, критикующей взгляды Лысенко. Лысенко написал Сталину жалобу. Результатом было официальное одобрение позиции Лысенко, давшее дорогу публикации в «Правде» материалов конференции от июля-августа 1948 года, где излагались взгляды Лысенко и были разгромлены генетики, критиковавшие его. Лысенко возможно был слабым учёным, но ловким политиком, и постарался выставить свою позицию, как «советскую», в противоположность «западной» науке, и «материалистическую, прогрессивную, и патриотическую биологию» противопоставил «реакционной, схоластической, и иностранной» биологии.
Лысенко стал триумфатором, так как Сталин поддержал его взгляды и высказал порицание Юрию Жданову за проталкивание своего личного мнения на наследственность в ходе дебатов по генетике. «В партии у нас нет персональных мнений, или персональных точек зрения», – говорил ему Сталин. «Есть только взгляды партии». Сталин поддержал взгляды Лысенко потому, что они во всём совпали с его собственными, с марксистской философией, призывавшей к радикальной трансформации мира.
В соответствии с этими взглядами советская пресса в октябре 1948 года анонсировала «Великий сталинский план преобразования природы», проект массовой высадки деревьев, засевания травой и создания 44.000 новых прудов, и водохранилищ. «Капитализм», – писала «Правда»: «не способен не только планировать преобразование природы, но и предотвращать грабительское использование её богатств».
В речи на выборах в феврале 1946 года Сталин сказал, что он был «уверен, что если мы поможем нашим учёным, то они вскоре превзойдут достижения заграничной науки». Двумя годами позже тон публичных рассуждений сместился к триумфальным заявлениям, что советские, и конечно русские достижения превосходят западные. «За всю историю великий русский народ обогатил национальную и мировую технику выдающимися открытиями, и изобретениями», – провозглашал обозреватель газеты «Правда» в январе 1949 года. Причиной, вызвавшей этот комментарий, стала сессия советской академии наук, посвящённая истории российской науки.
В том же месяце, в «Комсомольской правде» (газета молодых коммунистов) можно было прочесть заголовок: «Самолёт – российское изобретение». Согласно автору этой статьи:
«Невозможно найти хотя бы одну область, где русские люди не проложили бы новых дорог. А.С. Попов изобрёл радио. А.Н. Лодыгин создал лампу накаливания. И.К. Ползунов построил первую в мире паровую машину. Первый паровоз изобрели Черепановы… Крепостной крестьянин Фёдор Блинов полетел над русской землёй на самолёте тяжелее воздуха, созданном гениальным Александром Фёдоровичем Можайским за 21 год до братьев Райт».