После образования Израиля в мае 1948 года последовало быстрое установление дипломатических отношений с Советским Союзом. В сентябре первый посол из Тель-Авива прибыл в Москву. Голда Мейерсон (более известная, как Голда Мейер, позднее ставшая премьер-министром Израиля) сообщила домой 12 сентября, что 20.000 человек отпраздновали декларацию об образовании Израиля в московской синагоге. 6 октября Мейерсон сообщила, что на Рош Хану (еврейский новый год) огромная толпа окружала большую синагогу в Москве и, что на улице её встретили громовыми приветствиями и возгласами на иврите.
Другие сообщения от неё свидетельствуют о развитии контактов между израильским посольством и JАFС. По всей вероятности эти события повлекли разворот Сталина против JАFС. Ни при каких условиях он не стал бы поддерживать независимую политическую активность. Только те проявления национализма и патриотизма, которые были разрешены, одобрялись, и спонсировались советским государством.
В ноябре 1948 года Политбюро окончательно приняло решение распустить JAFС, как центр антисоветской пропаганды, который регулярно поставлял антисоветскую информацию зарубежным разведагентствам. Хотя резолюция уточняла, что «никто не будет арестован», прошло немного времени до того, как ведущих членов JАFС взяли в оборот. Среди этих обвиняемых в еврейском национализме, сионизме и шпионаже был С.А. Лозовский, бывший заместитель комиссара по иностранным делам, который имел несчастье отвечать за деятельность JАFС после войны, несмотря на то, что он лично содействовал закрытию комитета.
На суде Лозовский, политическая карьера которого, как большевика, включала руководство секцией рабочих профсоюзов в Коминтерне, отказался от своих признаний и решительно отверг обвинения, выдвинутые против него. Статус Лозовского и красноречие повлияли на судью Александра Чепцова, который попытался повторно расследовать дело JАFС. Даже после, испытывая давление, чтобы приговорить Лозовского и 12 других к смертной казни (один из обвиняемых умер в тюрьме, в то время, как другие были признаны виновными и приговорены к 3,5 годам заключения в трудовой лагерь с последующими пятью годами ссылки), Чепцов обжаловал решение суда и просил смягчить приговор – нечто немыслимое для сталинского суда в 30-х годах.
Одним из активистов JAFC была Полина Жемчужина, еврейка, жена Молотова. Её арестовали вместе с другими в январе 1949 года, но советские следователи в конце концов решили выделить дело из основного суда над JAFC, и её приговорили к ссылке в Казахстан. Когда вопрос об исключении его жены из партии был поднят на Политбюро, Молотов воздержался, но вскоре отрёкся, и согласился на сталинскую просьбу развестись с ней. (Оба не воссоединились после смерти Сталина).
Наказанием Молотова было увольнение в марте 1949 года с поста министра иностранных дел, но это было лишь видимостью. Он продолжал играть центральную роль в формировании советской внешней политики и оставался членом комиссии политбюро по иностранным делам. Прежний заместитель министра иностранных дел Андрей Вышинский, став министром, часто советовался со своим предшественником. Среди других важных задач, стоявших перед Молотовым в тот период, была подготовка сталинской корреспонденции военного времени с Черчиллем, Рузвельтом, Трумэном и Эттли для публикации.
Чистка и репрессии JAFC стали составной частью советской кампании против «безродного космополитизма», главной темой которой стала комбинация интернационализма с советским патриотизмом и уважением к русской культуре. Хотя евреи не были конкретной её целью, но кампания против космополитизма частично коснулась и их в контексте яростной антисионистской пропаганды, которая достигла кульминации в связи с разрывом советских дипломатических отношений с Израилем в 1952 году.
Кампания против сионизма и его, якобы, связей с западным империалистическим саботажем, и шпионской активностью в СССР вскоре распространилась на весь советский блок. В ноябре 1952 года 14 бывших лидеров коммунистической партии Чехословакии, включая генерального секретаря Рудольфа Сланского, были осуждены в Праге, как члены антигосударственной подпольной группировки, связанной с сионистами. Одиннадцать из четырнадцати обвиняемых, включая Сланского, были евреями. Трое обвиняемых получили пожизненное тюремное заключение. Oстальные были казнены, среди них и Сланский.
Личное отношение Сталина к евреям продолжает оставаться предметом споров, но наличие очевидных фактов, представленных Жоресом Медведевым, показывает, что он не был антисемитом, но враждебно относился к сионизму и еврейскому национализму, которые рассматривал, как предательство по отношению к своей власти. Официально советское государство было противником всех форм расизма, включая антисемитизм, и Сталин сделал много публичных заявлений на эту тему.