Но наиболее важные события и решения происходили на фронтах. В первые часы 22 июня Тимошенко и Жуков выдали директиву о неожиданном нападении Германии. Приграничным округам Красной Армии было приказано привести свои силы в полную боевую готовность и рассредоточить, и замаскировать авиацию до окончания 22 июня. В то же время командирам было приказано не отвечать на «провокационные действия». После беседы в Кремле со Сталиным вторая директива была выдана Тимошенко и Жуковым к 7.15 утра. Отвечая на немецкие воздушные и артиллерийские удары, войскам запрещалось пересекать границу без специального приказа. В 9.15 вечера Тимошеко и Жуков выдали третью директиву, приказывающую Северо-Западному и Западному фронтам Красной Армии атаковать, окружить, и уничтожить группу армий Север, и Юго-Западному фронту окружить, и уничтожить группу армий Юг. Красной Армии на Северном и Южном фронтах (уважая границы Финляндии и Румынии) было приказано оставаться в обороне. Западному фронту сдерживать группу армий Центр на направлении Варшава-Минск, координируя наступательные действия с Северо-Западным фронтом. Эта директива была дана в соответствии с предвоенными планами контрнаступательных действий на случай войны. Это показывает, что Сталин и высшее командование уверенно рассчитывали, что Красная Армия будет способна справиться с немецким нападением и выполнить собственную стратегическую задачу, включая начало эффективного контрнаступления на немецкую территорию. Действительно, согласно третьей директиве Красная Армия должна была по расчётам достичь первоначальных целей в Восточной Пруссии и южной Польше в течении двух дней. В соответствии с этими расчётами Жуков немедленно отправил Киеву приказ надзирать за наступательной операцией Юго-Западного фронта, где масса советских войск была сосредоточена в ожидании основных сил немецкого вторжения на Украину. Шапошников, начальник ген. штаба, и Кулик, начальник советской артиллерии, должны были выехать для помощи Западному фронту. Генерал Штеменко отмечал в своих мемуарах спокойствие и доверие, лежавшие в основе их первоначальных действий: «Атмосфера в ген. штабе была напряжённой, деловой. Никому из нас не приходило в голову, что неожиданная тактика Гитлера даст ему временное преимущество». Оба начальника и их подчинённые действовали с обычным доверием. Вера в победу была присуща генералам советского (разлива?) образца. В Москве многие люди были изумлены тем, что немцы бросили вызов своим нападением, и тысячные толпы шли добровольцами в армию, и народную милицию (ополчение?).
Когда советское контрнаступление 23-25 июня провалилось, и вермахт прорвался на всех фронтах, стало очевидно, что ген. штаб недооценил силу начавшегося немецкого вторжения. Как отметил Жуков в своих мемуарах:
«Мы прозевали неожиданное наступление, начатое внезапно всеми наличными силами, которые были развёрнуты заранее на всех важнейших стратегических направлениях. Короче, мы полностью не смогли разгадать сущности удара. Ни нарком, ни я лично, ни мои предшественники В.М. Шапошников и К.А. Мерецков, как и высшие офицеры ген. штаба, не рассчитывали, что противник сконцентрирует такое громадное количество сил, и моторизованных войск, и в первый день войны введёт их в действие в виде компактных ударных группировок на всех стратегических направлениях, с целью нанесения мощных клиновых ударов».
Для Сталина ужасающее осознание того, что не всё идёт по плану, пришло после доклада, что Минск, столица Белоруссии, захвачен немцами. Согласно Жукову (вернувшемуся в Москву после провала контрнаступления Юго-Западного фронта), Сталин дважды посетил наркома обороны 29 июня, чтобы высказать своё мнение о ситуации, развивающейся на Западном фронте. 30 июня не только Минск был захвачен, но и бОльшая часть четырёх советских армий была окружена западнее белоруской столицы, и «(советский) западный фронт прекратил своё существование, как организованная сила». В этот же день Сталин издал приказ о создании Государственного Комитета Обороны(ГКО), который сам и возглавил.