Сталинская решимость внедрить суровый дисциплинарный режим в вооружённых силах была продемонстрирована наказанием командования злосчастного Западного фронта, который потерпел катастрофическое поражение под Минском. Были арестованы генерал Дмитрий Павлов, командующий фронтом, и ряд его офицеров. В резолюции ГКО от 16 июля говориться, что аресты произведены открыто, чтобы дать урок другим высшим офицерам, которые нарушают дисциплину. После ареста в начале июля Павлов был обвинён в антисоветском заговоре, также, как и Тухачевский в 1937 году. Но когда трибунал приговорил его к смерти 22 июля, он обвинялся в трусости, преступной халатности и отступлении без приказа. Другая группа высших командиров, павшая жертвой сталинского гнева, была из состава Красных Воздушных Сил. Их арестовали и расстреляли за то, что они допустили уничтожающую атаку люфтваффе на советские аэродромы 22 июня 1941 года. Среди этих арестованных генералы Проскуров, Птахин, Рычагов и Смушкевич были расстреляны без суда в октябре 1941 года. Также жертвой сталинских репрессий чуть не стал начальник Ген. штаба Мерецков, арестованный, когда Павлов под пытками назвал его соучастником антисоветского заговора. Возможно Мерецков был подвергнут жестокому допросу в НКВД, но освобождён без обвинений и в сентябре возвращён на свою старую должность в Ленинграде, где он оставался представителем ставки до окончания войны в 1945 году.
Вместо Павлова командующим Западным фронтом стал генерал А.И. Ерёменко. Когда фронт был преобразован в Направление в середине июля, Ерёменко остался командующим фронтом, Тимошенко был сделан командующим Западного направления, а Шапошников назначен начальником Ген. штаба. В конце июля Шапошникова вызвали в Москву, где он и сменил Жукова на посту начальника Ген. штаба. Жуков стал командовать двумя резервными армиями, формируемыми в тылу Западного направления в центральном секторе около Москвы. Новый пост Жукова имел важное значение. Он должен был начать главное контрнаступление против группы армий Центр в районе Смоленска. Жуков писал в своих мемуарах: «Операция под Ельней была моей первой самостоятельной операцией, первой проверкой моих оперативных способностей в великой войне с гитлеровской Германией». Операция началась в середине августа, и к началу сентября войска Жукова освободили город, и очистили порядочный кусок территории от немцев. В советской прессе успех под Ельней был превознесён, как великая победа. Для иностранных корреспондентов было организовано посещение полей сражений.
Наступление под Ельней было первым из серии операций Красной Армии в смоленском регионе летом 1941 года. Город был взят немцами в середине июля, но жестокие сражения в районе Смоленска продолжались. Оборона советских войск блокировала продвижение немцев к Москве на расстоянии менее 200 километров от неё. Однако Ставка не рассматривала сражение под Смоленском, как оборонительное. Её стратегией оставалось наступление и нанесение контрударов, контратак, и контрнаступлений, подобных ельнинскому. Часто определяют задним числом эту стратегию, как успешную. Немцев задержали под Смоленском на два месяца, и тяжёлый опыт вермахта убедил Гитлера отложить продвижение на Москву, и перевести войска на более лёгкие, как тогда казалось, цели: Ленинград на севере, и Киев на юге. Психологическое превосходство над Красной Армией споткнулось, хотя в ряде случаев группе армий Центр удалось продвинуться весьма значительно. Но цена этих успехов была весьма высока. 100.000-я армия Жукова, например, потеряла треть своего состава под Ельней. И когда немцы возобновили своё наступление на Москву в конце сентября, Красная Армия оказалась не в состоянии их остановить, и потеряла отвоёванные такой дорогой ценой несколькими неделями ранее территории. Общие потери Красной Армии за два месяца сражений с немцами в смоленском сражении составили полмиллиона убитых и пропавших без вести, и четверть миллиона раненых.