Кружок молодых людей, сложившийся вокруг вольнослушателя Московского университета Николая Ишутина, вдохновлялся идеями Чернышевского. Подобно героям «Что делать?» они организовали небольшую коммуну, имевшую свою кассу взаимопомощи, переплетную и швейную мастерские, бесплатную библиотеку и школу. Неудивительно, что в этой среде, сплошь состоявшей из лопуховых и кирсановых, рано или поздно должен был появиться Рахметов. Казалось, все идет к тому, что им будет сам Ишутин, уже организовавший внутри кружка особую террористическую группу «Ад». Но неожиданно ему пришлось уступить пальму первенства: его двоюродный брат Дмитрий Каракозов (Ишутин в детстве воспитывался в его доме) под влиянием жарких кружковских дискуссий решил убить царя.
Историки по сей день спорят, было ли это решение согласовано с кузеном; по-видимому, все-таки нет, решение было самостоятельным, оно превратилось для Каракозова в навязчивую идею. Ишутинцы вроде бы даже пытались Каракозова останавливать. Но 4 апреля 1866 года у ворот Летнего сада тот выстрелил в прогуливавшегося императора. По официальной версии Александра спасло то, что в последний момент случившийся рядом шляпный мастер Комиссаров, из костромских крестьян, толкнул убийцу под руку.
Очевидцы утверждали, что император поинтересовался у незадачливого террориста, не поляк ли он (что неудивительно: менее двух лет прошло после восстания 1863–1864 годов: тысячи поляков погибли, тысячи были отправлены на каторгу или сосланы в Сибирь, сотни казнены; следующее покушение год спустя действительно осуществит поляк Березовский). На вопрос о том, что двигало несостоявшимся убийцей, Каракозов якобы упрекнул царя в том, что тот обманул крестьян, пообещав им волю, но не дав ее.
Разумеется, жизнь шляпника Комиссарова после 4 апреля круто переменилась: он стал потомственным дворянином Комиссаровым-Костромским, владельцем имения, кавалером российских и иностранных орденов и офицером гвардейского полка. Его чествовали по всей стране как «второго Сусанина», благо родом он был из той же волости, что и герой Смутного времени. На этой почве у «спасителя Отечества» возникли серьезные проблемы с алкоголем, которые, по слухам, и свели его в могилу в возрасте 54 лет.
М. Н. Муравьев, поставленный во главе следственной комиссии, заявил: «Я счастлив, что поставлен государем во главе учреждения, которое должно служить к открытию злого умысла и преступника. Я скорее лягу в гроб, чем оставлю неоткрытым это зло, — зло не одного человека, но многих, действовавших в совокупности». Каракозов всячески скрывал свое имя и принадлежность к организации, но полиции довольно быстро удалось установить и то, и другое. Среди ишутинцев были произведены аресты.
Брат одного из первых декабристов Александра Муравьева и известного военного Николая Муравьева-Карского, Михаил Муравьев, ставший за успехи в подавлении Польского восстания Муравьевым-Виленским, вошел в историю как «Муравьев-вешатель». Поводом послужил его собственный неуклюжий и зловещий каламбур: после Польского восстания 1831 года один поляк спросил его, не родственник ли он казненному С. Муравьеву-Апостолу; «Я не из тех Муравьевых, что были повешены, а из тех, которые вешают», — ответил Михаил Николаевич.
Каракозова не били, но изнуряли бессонницей. Всего следственная комиссия допросила более сотни человек. Муравьев ставил перед своими сотрудниками задачу не только раскрыть заговор, в существовании которого он не сомневался, но и вскрыть «общественную атмосферу», которая способствовала случившемуся. Досталось и осудившим покушение либералам; журнал «Современник», несмотря на хвалебные стихи Некрасова в адрес Муравьева и Комиссарова, был закрыт.