Выступление Пранайтиса в суде ослабило позиции обвинения: при перекрестном допросе выяснилось, что эксперт нетвердо помнит собственное заключение, иудейские источники знает слабо, в догматике разбирается плохо. Со стороны защиты по историко-богословским вопросам выступила блестящая команда: ведущий российский гебраист академик П. К. Коковцов, профессор Петербургской духовной академии И. Г. Троицкий, приват-доцент Киевского университета П. В. Тихомиров, московский раввин Я. Мазе. Неудивительно, что от выкладок Пранайтиса они не оставили камня на камне.
Иустин Пранайтис был известен как автор брошюры, в которой он отстаивал тезис о принципиальной ненависти иудаизма ко всему неиудейскому миру: «Талмуд повелевает беспощадно истреблять христиан». У полиции имелись к нему серьезные претензии – в свое время священник оказался фигурантом дела о шантаже и был приговорен к ссылке. Очевидно, что, помимо отстаивания дорогих ему «научных» позиций, Пранайтис был заинтересован в административно-полицейской реабилитации. Примечательно, что ни один из представителей Русской православной церкви не согласился стать экспертом со стороны обвинения.
Характерно, что во время судебного следствия обе стороны довольно мало говорили о Менделе Бейлисе: обвинение пыталось утопить очевидный факт практического отсутствия улик в многословии общего характера, а защита слишком увлеклась принципиальным опровержением «кровавого навета» и отстаиванием своей версии убийства. Это вызывало недоумение даже у малограмотных присяжных, и полицейский наблюдатель передавал в донесении их разговоры между собой: «Як судить Бейлиса, коли разговоров о нем на суде нема?»
После того как адвокаты ответили на возражения обвинителей, последнее слово было предоставлено Бейлису. Совершенно измученный физически и нравственно двумя с половиной годами заключения и пятью неделями процесса, он смог произнести только: «Господа судьи, в свое оправдание я бы мог много сказать, но я устал, нет у меня сил, говорить не могу. Вы сами видите, господа судьи, господа присяжные заседатели, что я невиновен. Я прошу вас, чтобы вы меня оправдали, чтобы я мог еще увидеть своих несчастных детей, которые ждут меня два с половиной года».
Присяжные совещались около полутора часов. В их вердикте было установлено, что «…в одном из помещений кирпичного завода… тринадцатилетнему мальчику Андрею Ющинскому… были нанесены колющим орудием… раны…. давшие… обильное кровотечение, а затем, когда у Ющинского вытекла кровь в количестве до пяти стаканов, ему вновь были причинены таким же орудием раны… каковые ранения… вызвав мучительные страдания у Ющинского, повлекли за собой почти полное обескровливание тела и смерть его». По второму вопросу, о вине лично Бейлиса, присяжные ответили: «Нет, не виновен».
Вскоре после суда Бейлисы эмигрировали в Палестину, а после Первой мировой войны осели в Нью-Йорке. Менахем Бейлис написал о следствии и процессе книгу «История моих страданий» и скончался в США летом 1934 года.
Антисемитская литература по сей день распространяет утверждение, что присяжные сочли доказанным наличие у евреев кровавых жертвоприношений. Нетрудно убедиться, что для подобной интерпретации нужна немала фантазия. Вопрос о том, почему суд счел установленным факт убийства именно на заводе и, вопреки мнению большинства экспертов-медиков, в вердикт попала именно такая трактовка способа умерщвления, остается дискуссионным. Никто из присяжных заседателей воспоминаний не оставил. Вероятно, чувствительные к общественной атмосфере, в которой слушалось дело, они интуитивно нащупали своего рода компромисс между двумя непримиримыми позициями.
Дело Бейлиса часто называют самым значительным процессом дореволюционной России. Значительным не по формальным показателям, а по степени общественного напряжения вокруг него, по широкому, без преувеличения, международному резонансу. Сегодня соблазнительно увидеть в деталях процесса концентрированное выражение многих из тех проблем (консервативный правительственный курс, неравноправие народов, разгул шовинизма), которые через четыре года покончат со старой Россией. Так ли это было на самом деле – сейчас уже трудно понять…