12 марта 1911 года пропал отправившийся утром на занятия ученик Киевского Софийского духовного училища двенадцатилетний Андрей Ющинский. 20 марта его тело обнаружили мальчишки, игравшие в одной из небольших пещер на окраине Киева, в районе Лукьяновка. На трупе было зафиксировано около пятидесяти ранений большим шилом, одежда и вещи, в том числе ученические тетради, находились рядом. Экспертиза установила, что смерть наступила утром 12 марта, когда мальчик должен был находиться в училище. Тело было в значительной мере обескровлено. Отсутствие следов крови в пещере позволяло предположить, что она не являлась местом убийства.
Первоначально розыск и следствие рассматривали версию о корыстном характере преступления (ушедший в свое время из семьи отец убитого якобы оставил на его имя крупную сумму, поэтому подозревались мать, отчим и другие родственники). Однако уже во время похорон Андрея Ющинского представители ультранационалистической партии «Союз русского народа» начали раздавать в толпе листовки с призывом отомстить евреям за убийство православного мальчика с целью получения ритуальной крови, якобы необходимой для выпечки пасхальной мацы (иудейская пасха – Песах – в тот год приходилась на 1 апреля). Версию немедленно подхватила черносотенная пресса. В ответ либеральная печать начала всячески отстаивать «корыстную» версию. Шум, поднятый средствами массовой информации, и рост общественной напряженности вокруг дела крайне затрудняли работу следствия.
Меж тем подозрение полиции вызвала жена мелкого почтового служащего Вера Чеберяк, известная в уголовных кругах как Чеберячка и Верка-чиновница. Сводная сестра профессионального вора Сингаевского, она была хорошо известна полиции как содержательница притона и скупщица краденого. Ее сын Женя дружил с Андреем Ющинским, который часто бывал в доме у Чеберяков. По косвенным данным, в день убийства мальчики виделись и поссорились (на допросах Женя это отрицал, но дважды проговаривался в неофициальных беседах), причем Андрей якобы пригрозил товарищу, что расскажет полиции о занятиях его матери. Полицейские приняли версию убийства мальчика ворами – завсегдатаями притона, хотя и расходились в предположениях о мотивах. Некоторые полагали, что мальчика убили из-за его угрозы, а следы ритуального характера оставили, чтобы отвести от себя подозрения. Другие не исключали того, что воры сознательно хотели спровоцировать погром, во время которого рассчитывали поживиться. Существовала также версия, согласно которой мальчика пытались использовать как наводчика при планируемом ограблении Софийского собора (училище располагалось с ним в одном дворе). Веру Чеберяк дважды арестовывали и дважды освобождали по требованию прокурора Киевской судебной палаты Чаплинского. Сына Женю, тяжело больного дизентерией, женщина забрала из больницы (очевидно, для того чтобы исключить его контакты со следователями), и он умер у нее на руках; умерла и одна из дочерей – она тоже заболела, но Чеберяк отказалась отдавать ее врачам.
Мендель Бейлис (фото 1913 г.)
Тем временем в конце июля был арестован человек, которому суждено было стать единственным подсудимым на процессе. Менахем Мендель Бейлис, глава большой и бедной семьи, работал приказчиком на кирпичном заводе, расположенном неподалеку от места обнаружения тела. Первоначальное обвинение против него выдвинул лидер молодежной патриотической организации «Двуглавый орел», студент Владимир Голубев. Убежденный антисемит, Голубев самостоятельно проводил розыски, стремясь обнаружить в деле «еврейский след». Свою версию участия Бейлиса в убийстве он изложил Чаплинскому, тот получил одобрение министра юстиции Щегловитова, после чего был найден свидетель, неоднократно менявший показания, но в конце концов заявивший, будто Женя Чеберяк рассказывал ему, как они с Андреем гуляли рядом с заводом и их спугнул «приказчик Мендель».
Общественные разногласия вокруг убийства Ющинского и ареста Бейлиса еще более обострились после 1 сентября 1911 года, когда еврей Дмитрий Богров смертельно ранил П. А. Столыпина. Черносотенцы, относившиеся к премьер-министру по меньшей мере прохладно, тем не менее всячески подчеркивали национальность убийцы как доказательство «жидовского заговора против России». В свою очередь, либеральная пресса приводила арест Бейлиса как пример государственного антисемитизма и связывала участие евреев в революционных организациях (Богров был анархистом, хотя не исключено, что 1 сентября он действовал как агент охранного отделения) именно с ним.