За свои неустанные труды Кузьминов удостоен не только богатства, но и многих наград. Так, в 1997 году он был удостоен медали «В память 850-летия Москвы», в 1998 – благодарности возглавляемой им ВШЭ, а в 2001 году – премии той же ВШЭ «Золотая Вышка» и звания Общественного деятеля года в образовании. В 2002 году он был награжден орденом Почета, Почетной грамотой Минэкономразвития (где его жена работала первым замминистра) и стал Персоной года в образовании (по версии ИА «Росбизнесконсантинг»). В 2003 году он стал лауреатом Национальной премии «Золотая ветвь» и Офицером французского ордена Академической пальмовой ветви, был награжден Почетным знаком «Общественное признание» и Почетным знаком РСПП (возглавляемого президентом ВШЭ Шохиным).
Затем в наградах наступила болезненная пауза, но в 2006 году Кузьминов вошел в первый состав Общественной палаты, возглавил там Комиссию по вопросам интеллектуального потенциала нации и возглавил изготовление доклада Общественной палаты «О состоянии гражданского общества в Российской Федерации».
После этого дождь наград возобновился: в 2007 году он получил Знак отличия «Почетный работник» Минэкономразвития, медаль «За укрепление боевого содружества» Минобороны, памятный знак «200 лет Министерству обороны» и почетную грамоту Правительства России. В 2008 – грамоту ФСБ и благодарность президента России, в 2010 – грамоту Комитета общественных связей Москвы, в 2012 – орден «За заслуги перед Отечеством» IV степени и медаль «За содействие органам наркоконтроля». В 2013 году Кузьминов был удостоен медали «10 лет ФСКН России» и благодарности президента, в 2014 – медаль «За отличие в службе в Сухопутных войсках» (в которых, насколько можно понять по его биографиям, не служил).
Лояльный любой власти, позволяющей ему разрабатывать либеральные реформы и принимающей на себя ответственность за их последствия, Кузьминов – член 10 президентских и правительственных комиссией и советов, включая президиум Экономического совета при президенте и Экспертный совет при правительстве. Во время президентства Медведева вошел в Общественный комитет его сторонников.
Он «пропустил» второй состав Общественной палаты, но в 2010 году был введен Указом президента в ее третий состав и был оставлен в четвертом, где возглавлял Комиссию по развитию образования и был членом редакционной группы по подготовке ежегодного доклада «О состоянии гражданского общества в Российской Федерации». Под его руководством с 2010 года осуществляется мониторинг качества приема студентов в вузы России.
В феврале 2011 года, когда стал очевиден крах либеральной «Стратегии-2020», разработанной конкурирующей группой либералов во главе с Юргенсом для тогдашнего президента Медведева, Кузьминов и бывший помощник Гайдара, ректор Российской академии народного хозяйства и государственной службы Мау создали при правительстве В.В. Путина экспертные группы по ее доработке.
Результат под названием «Стратегия-2020: новая модель роста – новая социальная политика» был представлен в правительство в марте 2012 года, – как раз к избранию премьера В.В. Путина на пост президента. Насколько можно судить, положения этого доклада (сводившиеся к повторению на новый лад вечного требования Гайдара о сокращении социальных расходов) легли в основу реализуемой сейчас стратегии уничтожения социальной сферы России в рамках очередного витка ее «реформирования» под видом «оптимизации».
После этого успеха Кузьминов вместе с другими отъявленными либералами – Мау и возглавившим экономический факультет МГУ Аузаном – вошли в экспертный совет по разработке «Стратегии-2030».
В мае 2014 года распоряжением правительства Кузьминов был утвержден ректором ВШЭ еще на 5 лет, – а через 2 месяца зарегистрировался независимым кандидатом в депутаты Мосгордумы. Победивший на праймериз депутат Мосгордумы «единоросс» Щитов отказался от своего округа (сам он благополучно избрался в другом) и призвал избирателей голосовать за Кузьминова.
В ходе избирательной кампании Кузьминов проводил рейд против нелегальных мигрантов, живущих в предназначенных под снос домах, – при том, что представители ВШЭ настойчиво проповедуют необходимость миграции в Россию. Даже Навальный не удержался от издевки: «Интересно, напишут ли коллеги Ярослава Ивановича по ВШЭ колонки, где укажут на то, что желание мигрантов жить в домах под снос, питаясь дошираком, – это их уникальное конкурентное преимущество на рынке труда, позволяющая предпринимателям снижать издержки. А невидимая рука рынка утрет нос неконкурентным дуракам из Вологды и Саранска, желающим приезжать на работу в Москву на условиях найма нормального жилья. Ночные же прессухи на фоне изловленных нелегалов – фашизм, популизм и непонимание основ экономики.»
В Мосгордуме Кузьминов стал членом объединения самовыдвиженцев, поддерживаемых мэрией, «Моя Москва», комиссий по городскому хозяйству и жилищной политике, образованию, экономической политике и финансам.