1840-е годы стали переломными в жизни христианских общин Святой Земли: в Иерусалим вернулся из Константинополя Иерусалимский патриарх. До этого в течение нескольких столетий Иерусалимские православные патриархи жили в Константинополе. Отсюда – традиция поставления греков в епископы и патриархи Иерусалимской церкви: арабов в Константинополе не было, так что все поставления совершались в среде столичных греков. А когда патриарх вернулся в Иерусалим, поставление именно греков, а не арабов в епископы и патриархи Иерусалимской церкви уже стало восприниматься как традиция. В 1841 г. в Иерусалиме было учреждено первое протестантское епископство, англикано-лютеранское, а в 1847-м – иерусалимский Латинский патриархат (до этого Католическая церковь в Палестине была представлена францисканской миссией – кустодией). В том же 1847 г. в Иерусалиме появилось первое представительство Русской церкви. Начальником этой первой миссии, просуществовавшей семь лет, был архим. Порфирий (Успенский, 1804–1885) – выдающийся путешественник, знаток христианских древностей, много сделавший для популяризации в России знаний о христианском Востоке.
Первая Русская миссия пробыла в Иерусалиме семь лет, с 1847 до 1854 г., и была прервана Крымской войной. По своему статусу ее члены считались паломниками, задержавшимися в Иерусалиме, а не постоянными его жителями. «Иду туда, – писал о. Порфирий, – иду с радостию, с самоотвержением, с упованием на помощь Божию… Любо мне жить в Иерусалиме, где я господин своего ума, своей воли, своего времени и дела» (3.151, 354). Как и позже о. Антонин (Капустин), о. Порфирий чувствовал себя в Иерусалиме свободным от всех петербургских синодальных ограничений. В непосредственной близости не было никаких начальников. Члены миссии делали новое дело, успех которого зависел от их собственного усердия и молитв. И главное, им самим было
После Крымской войны Русская Духовная Миссия получила возможность вернуться в Иерусалим. Русский Синод назначил ее главой не архимандрита, как было раньше, а епископа. Эта мера должна была повысить статус миссии в глазах местных властей и жителей Иерусалима – в новых условиях это казалось очень важным. Аналогичный случай будет иметь место в 20-е годы XX столетия, когда для наблюдения за делами Русской миссии со стороны Русского зарубежного синода тоже будет назначаться архиерей.
Период с окончания Крымской войны и до назначения в Иерусалим о. Антонина (Капустина) в 1864 году был для Русской Духовной Миссии переходным. С одной стороны, в составе миссии работали замечательные люди, помогавшие церкви на иных поприщах. С другой – все эти годы миссию сотрясали непрерывные конфликты: с русским МИДом, с Иерусалимским патриархом, внутри миссии – между ее сотрудниками и начальником. В конце концов, миссия оказалась на грани закрытия и превращения в обычную посольскую церковь, а Иерусалимский патриарх в какой-то момент даже отказал начальнику миссии в праве служения на святых местах. Эта ситуация будет распутана в середине 60-х годов о. Антонином (Капустиным, 1817–1894), который умел совмещать собственную инициативу с тонким лавированием между российским Синодом и МИДом.
О. Антонин был выходцем из примерно той же среды, что и его предшественник – архим. Порфирий (Успенский), первый начальник Русской Духовной Миссии. Это была среда провинциального русского духовенства. Несколько поколений предков архимандрита Антонина были священниками в Зауралье – в селе Батурине Пермской губернии. Учился будущий архимандрит в Далматовском духовном училище, в Пермской семинарии и затем в Киевской Духовной Академии.
Круг интеллектуальных интересов о. Антонина был удивительно широк: его увлекали современные и древние языки, богословие, история, археология, эпиграфика, палеография, нумизматика, астрономия, изобразительное искусство и архитектура. При этом он обладал еще и выдающимися организационными способностями.
Во главе Русской Духовной Миссии он стоял почти тридцать лет: с 1865 по 1894 год. Эти десятилетия стали целой эпохой в истории русского присутствия на Святой Земле. Большинство храмов, монастырей и других русских построек, которые сохранились до сегодняшнего дня, было воздвигнуто при личном участии о. Антонина. Большая часть земельных участков, и по сей день принадлежащих русской церкви, была куплена им. Три из пяти русских монастырей, находящихся в наше время на Святой Земле, также были основаны о. Антонином, притом что сам он в монастыре никогда не жил.