Говорил духоносный старец и о приближающихся кровавых гонениях на веру и Церковь, когда будут разорять храмы и святые обители, а для православных наступит время непрестанных скорбей и исповедничества. Многим давал он советы, как жить в грядущие десятилетия безбожия. Пророчествовал и о грядущем возрождении Церкви перед концом времен: «Преследования против веры будут постоянно увеличиваться. Неслыханные доныне горе и мрак охватят все и вся, храмы будут закрыты. Но когда уже невмоготу станет терпеть, то наступит освобождение. И настанет время расцвета. Храмы опять начнут воздвигаться.
В конце января 1906 года отец Варнава тяжело занемог. Еще в начале года он многим загадочно говорил: «Скоро поеду к Царице», – однако, никто и не думал, к чему относились эти слова. Несмотря на высокую температуру и сильное недомогание, 31 января старец отправился в поездку в Иверско-Выксунский женский монастырь. Здесь, едва держась на ногах, преподал он благословение сестрам, всем до единой. На слова соболезнования батюшка отвечал: «Грехи мои разболелись ныне…» Затем отслужил Литургию и вновь собрался в дорогу: «Ну, уже теперь имейте меня отреченна! Я сегодня же уеду, а вас всех вручаю Царице Небесной. Мне необходимо съездить в Петербург, проститься со всеми и поблагодарить этих добрых людей…»
В северной столице батюшка Варнава всегда был желанным гостем. В Петербурге старец провел два дня, встречаясь со своими любимыми «детками», благодаря их за любовь к нему и благодеяния обители Иверской, прося их не оставлять ее впредь своей помощью. В те дни Василий Николаевич и Ольга Ивановна в последний раз видели своего духовного отца.
9 февраля старец вернулся в Москву. Он едва мог говорить и с трудом передвигался, но, по-прежнему, продолжал принимать людей, идущих к нему на исповедь и за советом. 17 февраля он исповедовал в Сергиево-Посадском Доме призрения. Исповедовав начальницу Дома Е. Н. Гончарову, батюшка попросил пригласить следующую исповедницу, а сам зашел в алтарь. Здесь он и был найден лежащим на левом боку лицом к Престолу…
«Так умирает воин на поле брани с оружием в руках, – говорил об этом владыка Трифон (Туркестанов). – Его давно предостерегали от переутомления и советовали отдохнуть, но он всегда отвечал: "Пока живешь, надо приносить пользу людям"».
Скорбная весть о кончине богомудрого старца быстро разнеслась по стране. Дрогнули любящие сердца… Осиротевшие чада поспешили ко гробу старца. В Сергиев Посад прибыло множество людей со всех концов России.
21 февраля после торжественного, архиерейским чином, служения Божественной Литургии было совершено отпевание. Три московских архиерея – преосвященные Трифон (Туркестанов), епископ Дмитровский, Евдоким (Мещерский), епископ Волоколамский и Никон (Рождественский), епископ Муромский в сослужении многочисленного духовенства и при огромном стечении народа проводили отца Варнаву в последний путь.
Еще при жизни старца никто не сомневался в его святости. Тысячи людей испытали на себе силу молитвы батюшки Варнавы. Не прервалась его духовная связь с учениками и после блаженной его кончины. Много чудес явил Господь по молитвенному предстательству Гефсиманского старца. Не раз обращались к нему за помощью в тяжелых обстоятельствах жизни супруги Муравьевы, всегда получая необходимую поддержку. Великий подвижник ходатайствовал о своих духовных детях теперь уже у Престола Божия. Память о дивном старце и его советах, молитвенное его поминовение необыкновенно помогали Василию и Ольге на дальнейшем пути, полном, как и предсказывал старец, множества скорбей как для них лично, так и для всей России.
Незадолго до своего перехода к Вечности отец Варнава, благословляя чету Муравьевых на будущие монашеские подвиги, подарил им свои рясу и скуфеечку. С великим благоговением берегли эти святыни преданные духовные чада преподобного старца в течение последующих затем десятилетий открытого богоборчества. В дни тяжелых искушений и особых скорбей они доставали одеяния своего великого наставника, прикладывались к ним, иногда надевали их и просили его заступления. Дар батюшки Варнавы по сей день хранится в семье Муравьевых.
И еще. В наследство от отца Варнавы Василию Николаевичу досталась удивительная дружба. В веках оправдала себя древняя мудрость: «Скажи мне, кто твой друг – и я скажу, кто ты…» Истинным духовным другом Василия Муравьева стал архимандрит Феофан (Быстров), духовник Царской семьи и будущий архиепископ Полтавский, бывший в те годы инспектором Санкт-Петербургской Духовной Академии (с 1909 года – ректором). И знакомство это состоялось через отца Варнаву, окормлявшего обоих [56, с. 22, 34–36].